Líklegt er að fyrstu samskipti Karajá við "siðmenningu" séu frá lokum sextándu aldar og byrjun þeirrar sautjándu, þegar landkönnuðir fóru að koma til Araguaia-Tocantins dalsins. Þeir komu frá Sao Paulo landleiðina eða við árnar í Parnaíba-skálinni, í leit að indverskum þrælum og gulli. Þegar gull fannst í Goiás um 1725 fóru námumenn frá nokkrum héruðum þangað og stofnuðu þorp á svæðinu. Það var gegn þessum mönnum sem Indverjar þurftu að berjast til að verja landsvæði sitt, fjölskyldur og frelsi. Herstöð var stofnuð árið 1774 til að auðvelda siglingar. Karajá og Javaé bjuggu á póstinum sem var kallaður Nova Beira nýlendan. Aðrar nýlendur voru stofnaðar síðar en engin tókst. Indverjar þurftu að aðlagast nýjum lífsháttum og voru háðir ýmsum smitsjúkdómum sem þeir höfðu ekkert ónæmi fyrir og höfðu enga meðferð við.

Nýr áfangi landnáms hófst í Goiás þegar gullnámurnar urðu útþreyttar undir lok átjándu aldar. Með sjálfstæði Brasilíu fengu stjórnvöld meiri áhuga á að varðveita landhelgiseiningu Goiás og endurskipuleggja efnahagslífið. Árið 1863 steig Couto de Magalhães landstjóri Goiás niður Rio Araguaia. Hann ætlaði að þróa gufusiglingar og stuðla að landnámi landa við landamæri árinnar. Ný þorp voru stofnuðvegna þessa framtaks og gufusiglingar jukust meðfram Araguaia. Aðeins nýlega hefur svæðið þó verið dregið inn í þjóðarbúið. Verndunarþjónusta indíána (SPI) leyfði nautgriparæktendum að hernema akrana sem liggja að ánni, og smám saman komu Karajá, Javaé, Tapirapé og Avá (Canoeiros) indíána við sögu og olli miklum breytingum á lífi þeirra, þar sem indverska yfirráðasvæðin voru ráðist inn af nautgripahjörðunum á regntímanum. Þegar herstjórnin tók við völdum árið 1964 hætti SPI að vera til og Fundação Nacional do Indio (National Indian Foundation, FUNAI) var stofnaður, með svipaðar aðgerðir. Skýrslur rithöfunda, ferðalanga, ríkisstarfsmanna og þjóðfræðinga benda til aukinnar fólksfækkunar meðal Karajá frá sautjándu til tuttugustu aldarinnar.