เป็นไปได้ว่าการติดต่อครั้งแรกของ Karajá กับ "อารยธรรม" มีอายุจนถึงปลายศตวรรษที่ 16 และต้นศตวรรษที่ 17 เมื่อนักสำรวจเริ่มมาถึงหุบเขา Araguaia-Tocantins พวกเขามาจากเซาเปาโลทางบกหรือทางแม่น้ำของ Parnaíba Basin เพื่อตามหาทาสชาวอินเดียและทองคำ เมื่อมีการค้นพบทองคำใน Goiás ประมาณปี 1725 คนงานเหมืองจากหลายภูมิภาคก็มุ่งหน้าไปที่นั่นและก่อตั้งหมู่บ้านในภูมิภาคนั้น ชาวอินเดียต้องต่อสู้เพื่อปกป้องดินแดน ครอบครัว และเสรีภาพของพวกเขา ตำแหน่งทางทหารก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2317 เพื่ออำนวยความสะดวกในการเดินเรือ Karajá และ Javaé อาศัยอยู่บนเสาที่เรียกว่าอาณานิคม Nova Beira อาณานิคมอื่น ๆ ก่อตั้งขึ้นในภายหลัง แต่ก็ไม่ประสบความสำเร็จ ชาวอินเดียนแดงต้องปรับตัวเข้ากับวิถีชีวิตใหม่และต้องเผชิญกับโรคติดต่อต่างๆ ที่พวกเขาไม่มีภูมิต้านทานและไม่มีทางรักษา

ระยะใหม่ของการล่าอาณานิคมเริ่มขึ้นใน Goiás เมื่อเหมืองทองเริ่มหมดลงในช่วงปลายศตวรรษที่สิบแปด ด้วยความเป็นอิสระของบราซิล รัฐบาลเริ่มสนใจที่จะรักษาเอกภาพในดินแดนของโกยาสและปรับโครงสร้างเศรษฐกิจมากขึ้น ในปี 1863 Couto de Magalhães ผู้ว่าการ Goiás สืบเชื้อสายมาจาก Rio Araguaia เขาตั้งใจที่จะพัฒนาการเดินเรือด้วยไอน้ำและส่งเสริมการล่าอาณานิคมของดินแดนตามแนวชายแดนของแม่น้ำ มีการก่อตั้งหมู่บ้านใหม่อันเป็นผลมาจากความคิดริเริ่มนี้ และการนำทางด้วยไอน้ำเพิ่มขึ้นตาม Araguaia ภูมิภาคนี้เพิ่งถูกดึงเข้าสู่เศรษฐกิจของประเทศเมื่อไม่นานมานี้ บริการคุ้มครองชาวอินเดียนแดง (SPI) อนุญาตให้คนเลี้ยงวัวครอบครองทุ่งที่ติดกับแม่น้ำ โดยค่อยๆ เกี่ยวข้องกับชาวอินเดียนแดง Karajá, Javaé, Tapirapé และ Avá (Canoeiros) และทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงมากมายในชีวิตของพวกเขา เนื่องจากดินแดนของอินเดียเคยเป็น ถูกฝูงวัวบุกรุกในฤดูฝน เมื่อรัฐบาลทหารเข้ายึดอำนาจในปี พ.ศ. 2507 SPI ก็ยุติลง และมูลนิธิ Fundação Nacional do Indio (มูลนิธิอินเดียแห่งชาติ FUNAI) ก็ถูกสร้างขึ้นโดยมีหน้าที่คล้ายคลึงกัน รายงานของนักเขียน นักเดินทาง เจ้าหน้าที่รัฐ และนักชาติพันธุ์วิทยาบ่งชี้ถึงการลดจำนวนประชากรในหมู่ Karajá ตั้งแต่คริสต์ศตวรรษที่ 17 ถึงศตวรรษที่ 20