Dit is waarskynlik dat die eerste kontakte van die Karajá met "beskawing" tot die einde van die sestiende eeu en die begin van die sewentiende dateer, toe ontdekkingsreisigers in die Araguaia-Tocantins-vallei begin aankom het. Hulle het van Sao Paulo oor land of by die riviere van die Parnaíba-kom gekom, op soek na Indiese slawe en goud. Toe goud omstreeks 1725 in Goiás ontdek is, het mynwerkers uit verskeie streke soontoe gegaan en dorpe in die streek gestig. Dit was teen hierdie mans wat die Indiane moes veg om hul grondgebied, families en vryheid te verdedig. 'n Militêre pos is in 1774 gestig om navigasie te vergemaklik. Karajá en Javaé het op die pos gewoon wat die Nova Beira-kolonie genoem is. Ander kolonies is later gestig, maar geeneen was suksesvol nie. Die Indiane moes aanpas by 'n nuwe lewenswyse en was onderworpe aan verskeie aansteeklike siektes waarteen hulle geen immuniteit gehad het nie en waarvoor hulle geen behandeling gehad het nie.

'n Nuwe fase van kolonisasie het in Goiás begin toe die goudmyne teen die einde van die agtiende eeu uitgeput geraak het. Met Brasiliaanse onafhanklikheid het die regering meer belang gestel in die behoud van die territoriale eenheid van Goiás en die herstrukturering van die ekonomie. In 1863 het Couto de Magalhães, goewerneur van Goiás, die Rio Araguaia afgestorm. Hy was van plan om stoomnavigasie te ontwikkel en om kolonisasie van lande langs die grens van die rivier te bevorder. Nuwe dorpe is gestigas gevolg van hierdie inisiatief, en stoomnavigasie het langs die Araguaia toegeneem. Eers onlangs is die streek egter by die nasionale ekonomie ingetrek. Die Diens van Beskerming aan die Indiane (SPI) het beestelers toegelaat om die velde wat aan die rivier grens te beset, wat geleidelik die Karajá, Javaé, Tapirapé en Avá (Canoeiros) Indiane betrek het en baie verandering in hul lewens veroorsaak het, aangesien die Indiese gebiede was in die reënseisoen deur die beeskuddes binnegeval. Toe die militêre regering in 1964 die bewind oorgeneem het, het die SPI opgehou om te bestaan, en die Fundação Nacional do Indio (Nasionale Indiese Stigting, FUNAI) is geskep, met soortgelyke funksies. Verslae van skrywers, reisigers, staatswerkers en etnoloë dui op die beklemtoonde ontvolking onder die Karajá van die sewentiende tot die twintigste eeue.