Ada kemungkinan bahawa kenalan pertama Karajá dengan "tamadun" bermula pada akhir abad keenam belas dan permulaan abad ketujuh belas, apabila penjelajah mula tiba di Lembah Araguaia-Tocantins. Mereka datang dari Sao Paulo melalui darat atau di tepi sungai Parnaíba Basin, mencari hamba dan emas India. Apabila emas ditemui di Goiás sekitar 1725, pelombong dari beberapa wilayah menuju ke sana dan mengasaskan kampung di wilayah itu. Ia menentang lelaki ini bahawa orang India terpaksa berjuang untuk mempertahankan wilayah, keluarga, dan kebebasan mereka. Sebuah pos tentera telah ditubuhkan pada 1774 untuk memudahkan pelayaran. Karajá dan Javaé tinggal di pos yang dipanggil koloni Nova Beira. Tanah jajahan lain telah diasaskan kemudian tetapi tidak ada yang berjaya. Orang India terpaksa menyesuaikan diri dengan cara hidup baru dan tertakluk kepada pelbagai penyakit berjangkit yang mereka tidak mempunyai imuniti dan tidak mempunyai rawatan.

Fasa baru penjajahan bermula di Goiás apabila lombong emas menjadi letih menjelang akhir abad kelapan belas. Dengan kemerdekaan Brazil, kerajaan menjadi lebih berminat untuk memelihara perpaduan wilayah Goiás dan menyusun semula ekonomi. Pada tahun 1863 Couto de Magalhães gabenor Goiás, turun ke Rio Araguaia. Beliau berhasrat untuk membangunkan navigasi wap dan mempromosikan penjajahan tanah di sepanjang sempadan sungai. Kampung baru telah diasaskanhasil daripada inisiatif ini, dan navigasi wap meningkat di sepanjang Araguaia. Walau bagaimanapun, baru-baru ini rantau ini telah ditarik ke dalam ekonomi negara. Perkhidmatan Perlindungan kepada Orang India (SPI) membenarkan penternak lembu untuk menduduki ladang yang bersempadan dengan sungai, secara beransur-ansur melibatkan Karajá, Javaé, Tapirapé, dan Avá (Canoeiros) India dan menyebabkan banyak perubahan dalam kehidupan mereka, kerana wilayah India adalah diceroboh oleh kumpulan lembu semasa musim hujan. Apabila kerajaan tentera mengambil alih kuasa pada tahun 1964, SPI tidak lagi wujud, dan Fundação Nacional do Indio (Yayasan India Kebangsaan, FUNAI) telah diwujudkan, dengan fungsi yang serupa. Laporan penulis, pengembara, pekerja kerajaan, dan ahli etnologi menunjukkan penurunan populasi yang ketara di kalangan Karajá dari abad ketujuh belas hingga abad kedua puluh.