È probabile che i primi contatti dei Karajá con la "civiltà" risalgano alla fine del XVI secolo e all'inizio del XVII, quando nella Valle di Araguaia-Tocantins cominciarono ad arrivare esploratori provenienti da San Paolo via terra o dai fiumi del bacino del Parnaíba, alla ricerca di schiavi indiani e di oro. Quando, intorno al 1725, fu scoperto l'oro a Goiás, i minatori provenienti da diverse regioni del mondo si misero in contatto con la civiltà.Si diressero lì e fondarono villaggi nella regione. Contro questi uomini gli indiani dovettero lottare per difendere il loro territorio, le loro famiglie e la loro libertà. Nel 1774 fu istituita una postazione militare per facilitare la navigazione. Karajá e Javaé vissero in questa postazione che fu chiamata colonia di Nova Beira. In seguito furono fondate altre colonie, ma nessuna ebbe successo. Gli indiani dovettero adattarsi a un nuovo modo di vivere la vita.di vita ed erano soggetti a varie malattie contagiose a cui non erano immuni e per le quali non avevano cure.

Una nuova fase di colonizzazione iniziò a Goiás quando le miniere d'oro si esaurirono verso la fine del XVIII secolo. Con l'indipendenza brasiliana, il governo divenne più interessato a preservare l'unità territoriale di Goiás e a ristrutturare l'economia. Nel 1863 Couto de Magalhães, governatore di Goiás, discese il Rio Araguaia. Intendeva sviluppare la navigazione a vapore e promuovereLa colonizzazione delle terre lungo il confine del fiume ha portato alla nascita di nuovi villaggi e all'aumento della navigazione a vapore lungo l'Araguaia. Solo di recente, però, la regione è stata coinvolta nell'economia nazionale: il Servizio di Protezione degli Indiani (SPI) ha permesso agli allevatori di bestiame di occupare i campi che costeggiano il fiume, coinvolgendo gradualmente i Karajá, Javaé,Tapirapé e Avá (Canoeiros) e causando molti cambiamenti nella loro vita, dato che i territori indiani erano invasi dalle mandrie di bestiame durante la stagione delle piogge. Quando il governo militare prese il potere nel 1964, lo SPI cessò di esistere e fu creata la Fundação Nacional do Indio (Fondazione Nazionale degli Indiani, FUNAI), con funzioni analoghe. I resoconti di scrittori, viaggiatori, lavoratori governativi eGli etnologi indicano un accentuato spopolamento tra i Karajá dal XVII al XX secolo.