É probable que os primeiros contactos dos Karajá coa "civilización" datan de finais do século XVI e principios do XVII, cando os exploradores comezaron a chegar ao Val de Araguaia-Tocantins. Viñan de Sao Paulo por terra ou polos ríos da conca do Parnaíba, buscando escravos indios e ouro. Cando se descubriu ouro en Goiás cara a 1725, mineiros de varias rexións dirixíronse ata alí e fundaron aldeas na rexión. Foi contra estes homes que os indios tiveron que loitar para defender o seu territorio, as súas familias e a súa liberdade. En 1774 estableceuse un posto militar para facilitar a navegación. Karajá e Javaé vivían no posto que se chamaba colonia Nova Beira. Máis tarde fundáronse outras colonias pero ningunha tivo éxito. Os indios tiveron que adaptarse a un novo modo de vida e estaban sometidos a diversas enfermidades contaxiosas ás que non tiñan inmunidade e para as que non tiñan tratamento.

Unha nova fase de colonización comezou en Goiás cando as minas de ouro se esgotaron a finais do século XVIII. Coa independencia brasileira, o goberno interesouse máis en preservar a unidade territorial de Goiás e reestruturar a economía. En 1863 Couto de Magalhães gobernador de Goiás, descendeu o Río Araguaia. Pretendía desenvolver a navegación a vapor e promover a colonización das terras á beira do río. Fundáronse novas vilasfroito desta iniciativa, e aumentou a navegación a vapor polo Araguaia. Non obstante, só recentemente a rexión entrou na economía nacional. O Servizo de Protección dos Indios (SPI) permitiu aos gandeiros ocupar os campos que bordean o río, implicando aos indíxenas Karajá, Javaé, Tapirapé e Avá (Canoeiros) aos poucos e provocando moitos cambios nas súas vidas, como eran os territorios indios. invadida polos rabaños de gando durante a época de chuvias. Cando o goberno militar tomou o poder en 1964, o SPI deixou de existir e creouse a Fundación Nacional do Indio (FUNAI), con funcións similares. Informes de escritores, viaxeiros, traballadores do goberno e etnólogos indican un despoboamento acentuado entre os Karajá desde os séculos XVII ata o XX.