यह संभव है कि कराजा का "सभ्यता" के साथ पहला संपर्क सोलहवीं शताब्दी के अंत और सत्रहवीं शताब्दी की शुरुआत में हुआ, जब खोजकर्ता अरागुआया-टोकैंटिन्स घाटी में पहुंचने लगे। वे भारतीय दासों और सोने की तलाश में साओ पाउलो से जमीन के रास्ते या परनाइबा बेसिन की नदियों के रास्ते आए थे। जब 1725 के आसपास गोइआस में सोने की खोज हुई, तो कई क्षेत्रों के खनिक वहां चले गए और इस क्षेत्र में गांवों की स्थापना की। यह इन लोगों के खिलाफ था कि भारतीयों को अपने क्षेत्र, परिवारों और स्वतंत्रता की रक्षा के लिए लड़ना पड़ा। नेविगेशन की सुविधा के लिए 1774 में एक सैन्य चौकी स्थापित की गई थी। करजा और जावा उस पोस्ट पर रहते थे जिसे नोवा बीरा कॉलोनी कहा जाता था। बाद में अन्य उपनिवेश स्थापित किये गये लेकिन कोई भी सफल नहीं हो सका। भारतीयों को जीवन के एक नए तरीके को अपनाना पड़ा और वे विभिन्न संक्रामक रोगों के अधीन हो गए, जिनके प्रति उनके पास कोई प्रतिरक्षा नहीं थी और जिनके लिए उनके पास कोई इलाज नहीं था।

गोइआस में उपनिवेशीकरण का एक नया चरण तब शुरू हुआ जब अठारहवीं शताब्दी के अंत में सोने की खदानें समाप्त हो गईं। ब्राजील की स्वतंत्रता के साथ, सरकार गोइआस की क्षेत्रीय एकता को संरक्षित करने और अर्थव्यवस्था के पुनर्गठन में अधिक रुचि रखने लगी। 1863 में गोइयास के गवर्नर कूटो डी मैगलहेस, रियो अरागुआया के वंशज बने। उनका इरादा भाप नेविगेशन विकसित करने और नदी की सीमा के साथ भूमि के उपनिवेशीकरण को बढ़ावा देने का था। नये गाँव स्थापित किये गयेइस पहल के परिणामस्वरूप, अरागुआया के साथ भाप नेविगेशन में वृद्धि हुई। हालाँकि, हाल ही में इस क्षेत्र को राष्ट्रीय अर्थव्यवस्था में शामिल किया गया है। भारतीयों की सुरक्षा की सेवा (एसपीआई) ने पशुपालकों को नदी की सीमा से लगे खेतों पर कब्ज़ा करने की अनुमति दी, जिसमें धीरे-धीरे करजा, जावे, तापिरापे और अवा (कैनोइरोस) भारतीयों को शामिल किया गया और उनके जीवन में बहुत बदलाव आया, क्योंकि भारतीय क्षेत्र थे बरसात के मौसम में मवेशियों के झुंडों द्वारा आक्रमण किया जाता है। 1964 में जब सैन्य सरकार ने सत्ता संभाली, तो एसपीआई का अस्तित्व समाप्त हो गया और समान कार्यों के साथ फंडाकाओ नैशनल डो इंडियो (नेशनल इंडियन फाउंडेशन, एफयूएनएआई) बनाया गया। लेखकों, यात्रियों, सरकारी कर्मचारियों और नृवंशविज्ञानियों की रिपोर्टें सत्रहवीं से बीसवीं शताब्दी तक करजा के बीच तीव्र जनसंख्या ह्रास का संकेत देती हैं।