Vjerovatno je da prvi kontakti Karaja sa "civilizacijom" datiraju s kraja šesnaestog stoljeća i početka sedamnaestog, kada su istraživači počeli stizati u dolinu Araguaia-Tocantins. Došli su iz Sao Paula kopnom ili rijekama sliva Parnaíba, tražeći indijanske robove i zlato. Kada je zlato otkriveno u Goiásu oko 1725. godine, rudari iz nekoliko regija krenuli su tamo i osnovali sela u regiji. Protiv ovih ljudi Indijanci su se morali boriti da bi odbranili svoju teritoriju, porodice i slobodu. Vojna pošta osnovana je 1774. godine kako bi se olakšala plovidba. Karajá i Javaé su živjeli na postaji koja se zvala kolonija Nova Beira. Kasnije su osnovane i druge kolonije, ali nijedna nije bila uspješna. Indijanci su se morali prilagoditi novom načinu života i bili su podložni raznim zaraznim bolestima na koje nisu imali imunitet i za koje se nisu liječili.

Nova faza kolonizacije započela je u Goiásu kada su rudnici zlata iscrpljeni krajem osamnaestog stoljeća. Sa brazilskom neovisnošću, vlada je postala više zainteresirana za očuvanje teritorijalnog jedinstva Goiása i restrukturiranje ekonomije. Godine 1863. Couto de Magalhães guverner Gojasa, spustio se niz Rio Araguaia. Namjeravao je razviti parnu plovidbu i promovirati kolonizaciju zemalja duž granice rijeke. Osnovana su nova selakao rezultat ove inicijative, i parna plovidba se povećala duž Araguaie. Međutim, region je tek nedavno uvučen u nacionalnu ekonomiju. Služba zaštite Indijanaca (SPI) dozvolila je stočarima da zauzmu polja koja graniče sa rijekom, postepeno uključivajući Indijance Karaja, Javaé, Tapirapé i Avá (Canoeiros) i uzrokujući mnogo promjena u njihovim životima, budući da su indijske teritorije bile napadnuta stada stoke tokom kišne sezone. Kada je 1964. godine vojna vlada preuzela vlast, SPI je prestao da postoji i stvoren je Fundação Nacional do Indio (Nacionalna indijska fondacija, FUNAI) sa sličnim funkcijama. Izvještaji pisaca, putnika, državnih službenika i etnologa ukazuju na naglašenu depopulaciju među Karaja od sedamnaestog do dvadesetog stoljeća.