On tõenäoline, et Karajá esimesed kontaktid "tsivilisatsiooniga" pärinevad kuueteistkümnenda sajandi lõpust ja seitsmeteistkümnenda algusest, kui Araguaia-Tocantini orgu hakkasid saabuma maadeavastajad. Nad tulid Sao Paulost maismaad või Parnaíba basseini jõgesid mööda, otsides indiaanlaste orje ja kulda. Kui 1725. aasta paiku avastati Goiásest kuld, tulid kaevurid mitmetestpiirkonda suundusid ja asutasid sinna külasid. Nende meeste vastu pidid indiaanlased võitlema, et kaitsta oma territooriumi, perekondi ja vabadust. 1774. aastal loodi sõjaväepost, et hõlbustada meresõitu. Karajá ja Javaé elasid postil, mida nimetati Nova Beira kolooniaks. Hiljem asutati ka teisi kolooniaid, kuid ükski neist ei olnud edukas. Indiaanlased pidid kohanema uue moodielu ja olid allutatud mitmesugustele nakkushaigustele, mille vastu neil puudus immuunsus ja mille vastu neil ei olnud ravi.

Goiásis algas uus koloniseerimise etapp, kui kullakaevandused ammendusid 18. sajandi lõpu poole. Brasiilia iseseisvumisega hakkas valitsus rohkem huvi tundma Goiási territoriaalse ühtsuse säilitamise ja majanduse ümberkorraldamise vastu. 1863. aastal laskus Goiási kuberner Couto de Magalhães Rio Araguaia jõge mööda. Ta kavatses arendada aurulaevandust ja edendadajõe äärsete maade koloniseerimine. Selle algatuse tulemusel rajati uusi külasid ja aurulaevandus kasvas mööda Araguaia jõge. Alles hiljuti kaasati piirkond siiski riigi majandusse. Indiaanlaste kaitseteenistus (SPI) lubas karjakasvatajatel hõivata jõega piirnevad põllud, kaasates järk-järgult Karajá, Javaé,Tapirapé ja Avá (Canoeiros) indiaanlased ja põhjustas palju muutusi nende elus, kuna vihmaperioodil tungisid indiaanlaste territooriumile karjakarjad. Kui 1964. aastal tuli võimule sõjaväeline valitsus, lõpetas SPI tegevuse ja loodi Fundação Nacional do Indio (FUNAI), millel olid sarnased funktsioonid. Kirjanike, reisijate, valitsustöötajate jaetnoloogid viitavad karajá rahvastiku süvenevale vähenemisele alates XVII sajandist kuni XX sajandini.