Jakutske usmene povijesti počinju znatno prije prvog kontakta s Rusima u sedamnaestom stoljeću. Na primjer, olonkho (epovi) datiraju barem iz desetog stoljeća, razdoblja međuetničkog miješanja, napetosti i preokreta koje je moglo biti formativno razdoblje u definiranju jakutskih plemenskih pripadnosti. Etnografski i arheološki podaci upućuju na to da su preci Jakuta, koji se u nekim teorijama poistovjećuju s narodom Kuriakon, živjeli u području u blizini Bajkalskog jezera i da su možda bili dio ujgurske države koja je graničila s Kinom. Do četrnaestog stoljeća jakutski su preci migrirali na sjever, možda u malim skupinama izbjeglica, s krdima konja i goveda. Nakon dolaska u dolinu Lene, borili su se i ženili s domaćim nomadima Evencima i Yukagirima. Dakle, i miroljubivi i ratoborni odnosi sa sjevernim Sibircima, Kinezima, Mongolima i turskim narodima prethodili su ruskoj hegemoniji.

Kada su prve grupe kozaka stigle na rijeku Lenu 1620-ih, Jakuti su ih primili gostoprimljivo i oprezno. Uslijedilo je nekoliko okršaja i pobuna, koje je isprva predvodio legendarni jakutski junak Tygyn. Do 1642. dolina Lene bila je caru danak; mir je postignut tek nakon duge opsade strašne jakutske tvrđave. Do 1700. utvrda Yakutsk (utemeljena 1632.) bila je užurbano rusko administrativno, trgovačko i vjersko središte i ishodište zadaljnje istraživanje Kamčatke i Čukotke. Neki su se Jakuti preselili na sjeveroistok u teritorije kojima prije nisu dominirali, dodatno asimilirajući Evenke i Yukagire. Većina Jakuta, međutim, ostala je na središnjim livadama, ponekad asimilirajući Ruse. Jakutski vođe surađivali su s ruskim zapovjednicima i guvernerima, postajući aktivni u trgovini, prikupljanju poreza na krzno, transportu i poštanskom sustavu. Borbe među jakutskim zajednicama su se smanjile, iako su se šuškanje konja i povremeno proturusko nasilje nastavili. Na primjer, jakutski Robin Hood po imenu Manchari vodio je grupu koja je krala od bogatih (obično Rusa) da bi dala siromašnima (obično Jakutima) u devetnaestom stoljeću. Ruski pravoslavni svećenici raširili su se po Jakutiji, ali su njihovi sljedbenici bili uglavnom u većim gradovima.

Do 1900. pismena jakutska inteligencija, pod utjecajem ruskih trgovaca i političkih prognanika, osnovala je stranku pod nazivom Yakutski savez. Jakutski revolucionari kao što su Oiunskii i Ammosov vodili su revoluciju i građanski rat u Jakutiji, zajedno s boljševicima kao što je Gruzijac Ordžonikidze. Konsolidacija revolucije iz 1917. odužila se do 1920., djelomično zbog opsežnog protivljenja bijelih snagama Crvenih pod Kolchakom. Republika Jakut nije bila sigurna sve do 1923. Nakon relativnog zatišja tijekom Lenjinove nove ekonomske politike, uslijedila je oštra kolektivizacija i antinacionalistička kampanja.Intelektualci poput Oiunskog, osnivača Instituta za jezike, književnost i povijest, i Kulakovskog, etnografa, bili su progonjeni 1920-ih i 1930-ih. Previranja staljinističke politike i Drugog svjetskog rata ostavili su mnoge Jakute bez njihovih tradicionalnih domaćinstava i nenaviknutih na plaćeni industrijski ili urbani rad. Obrazovanje je poboljšalo njihove šanse za prilagodbu i potaknulo interes za jakutsku prošlost.