Yakuternes mundtlige historier begynder længe før den første kontakt med russerne i det 17. århundrede. For eksempel, olonkho (epos) dateres mindst til det 10. århundrede, en periode med interetnisk blanding, spændinger og omvæltninger, der kan have været en formativ periode i definitionen af yakut-stammens tilhørsforhold. Etnografiske og arkæologiske data antyder, at yakut-stammens forfædre, der i nogle teorier identificeres med Kuriakon-folket, levede i et område nær Baikal-søen og kan have været en del af den uighur-stat, der grænser op tilI det 14. århundrede vandrede yakutternes forfædre nordpå i små flygtningegrupper med flokke af heste og kvæg. Efter ankomsten til Lenadalen kæmpede de og giftede sig med de indfødte Evenk- og Yukagir-nomader. Således gik der både fredelige og krigeriske relationer med nordsibirere, kinesere, mongoler og tyrkiske folk forud for det russiske hegemoni.

Da de første grupper af kosakker ankom til Lena-floden i 1620'erne, modtog yakutterne dem med gæstfrihed og forsigtighed. Flere træfninger og oprør fulgte, først anført af den legendariske yakut-helt Tygyn. I 1642 var Lena-dalen underlagt zarens tribut; freden blev først vundet efter en lang belejring af en formidabel yakut-fæstning. I 1700 var fæstningsbyen Yakutsk (grundlagt i 1632)var et travlt russisk administrativt, kommercielt og religiøst center og et udgangspunkt for yderligere udforskning af Kamchatka og Chukotka. Nogle yakuter flyttede mod nordøst ind i områder, de ikke tidligere havde domineret, og assimilerede Evenk og Yukagir yderligere. De fleste yakuter forblev dog i de centrale engområder og assimilerede nogle gange russere. Yakutledere samarbejdede med russiskeDe blev aktive inden for handel, opkrævning af pelsskatter, transport og postvæsen. Kampene mellem yakutsamfundene aftog, selvom hestetyveri og lejlighedsvis antirussisk vold fortsatte. For eksempel ledte en yakut Robin Hood ved navn Manchari en bande, der stjal fra de rige (som regel russere) for at give til de fattige (som regel yakuter) i det 19. århundrede.Ortodokse præster spredte sig gennem Yakutia, men deres tilhængere var hovedsageligt i de større byer.

I 1900 dannede en belæst yakuttisk intelligentsia, påvirket af både russiske købmænd og politiske eksiler, et parti kaldet Yakut Union. Yakuttiske revolutionære som Oiunskii og Ammosov ledte revolutionen og borgerkrigen i Yakutia sammen med bolsjevikker som den georgiske Ordzhonikidze. Konsolideringen af 1917-revolutionen var langvarig indtil 1920, til dels på grund af omfattendeDe hvide under Koltjak modsatte sig de røde styrker. Republikken Yakut var ikke sikker før 1923. Efter relativ ro under Lenins nye økonomiske politik fulgte en hård kollektivisering og antinationalistisk kampagne. Intellektuelle som Oiunskii, grundlægger af Institut for Sprog, Litteratur og Historie, og Kulakovskii, en etnograf, blev forfulgt i 1920'erne og 1930'erne. Uroen iDen stalinistiske politik og Anden Verdenskrig efterlod mange yakuter uden deres traditionelle gårde og uvant med lønnet industri- eller byarbejde. Uddannelse forbedrede både deres chancer for at tilpasse sig og stimulerede interessen for yakuternes fortid.