Yakuternas muntliga berättelser börjar långt före den första kontakten med ryssarna på 1600-talet. Till exempel olonkho (epos) dateras åtminstone till 900-talet, en period av interetnisk blandning, spänningar och omvälvningar som kan ha varit en formativ period för att definiera yakuternas stamtillhörighet. Etnografiska och arkeologiska uppgifter tyder på att yakuternas förfäder, som enligt vissa teorier identifieras med Kuriakonfolket, bodde i ett område nära Bajkalsjön och kan ha varit en del av den uiguriska staten som gränsar tillKina. På 1300-talet vandrade yakuternas förfäder norrut, perhaos i små flyktinggrupper, med hjordar av hästar och boskap. Efter ankomsten till Lenadalen stred de och gifte sig med de inhemska nomaderna Evenk och Yukagir. Både fredliga och krigiska relationer med nordsibiriska, kinesiska, mongoliska och turkiska folk föregick således den ryska hegemonin.

När de första kosackerna anlände till Lenafloden på 1620-talet togs de emot med både gästfrihet och försiktighet av jakuterna. Flera skärmytslingar och uppror följde, först under ledning av den legendariske jakuthjälten Tygyn. 1642 var Lenadalen underkastad tsarens beskydd; freden kunde vinnas först efter en lång belägring av ett formidabelt jakutfort. 1700 var den befästa staden Yakutsk (grundad 1632)var ett livligt ryskt administrativt, kommersiellt och religiöst centrum och en utgångspunkt för vidare utforskning av Kamchatka och Chukotka. Vissa jakuter flyttade nordost till områden som de tidigare inte hade dominerat och assimilerades ytterligare med Evenk och Yukagir. De flesta jakuter stannade dock kvar i de centrala ängsmarkerna och assimilerades ibland med ryssar. Jakuternas ledare samarbetade med ryssarnabefälhavare och guvernörer, och blev aktiva inom handel, pälsskatteuppbörd, transport och postväsendet. Striderna mellan yakuterna minskade, även om häststölder och enstaka antiryska våldshandlingar fortsatte. Till exempel ledde en yakutisk Robin Hood vid namn Manchari ett band som stal från de rika (vanligtvis ryssar) för att ge till de fattiga (vanligtvis yakuter) under 1800-talet.Ortodoxa präster spred sig över Yakutia, men deras anhängare fanns främst i de större städerna.

År 1900 bildade en läskunnig yakutisk intelligentia, som påverkats av både ryska köpmän och politiska exilryssar, ett parti som kallades Yakutiska unionen. Yakutiska revolutionärer som Oiunskii och Ammosov ledde revolutionen och inbördeskriget i Yakutia tillsammans med bolsjeviker som den georgiske Ordzhonikidze. Konsolideringen av 1917 års revolution dröjde till 1920, delvis på grund av den omfattandevita under Koltjak mot de röda styrkorna. Republiken Jakut var inte säker förrän 1923. Efter relativt lugn under Lenins nya ekonomiska politik följde en hård kollektivisering och antinationalistisk kampanj. Intellektuella som Oiunskii, grundare av Institutet för språk, litteratur och historia, och Kulakovskii, en etnograf, förföljdes under 1920- och 1930-talen. Turbulensen iDen stalinistiska politiken och andra världskriget lämnade många yakuter utan sina traditionella hemgårdar och ovana vid avlönat industri- eller stadsarbete. Utbildning förbättrade både deras möjligheter att anpassa sig och stimulerade intresset för yakuternas förflutna.