Las historias orales de los yakutos comienzan mucho antes del primer contacto con los rusos en el siglo XVII, por ejemplo, olonkho (epopeyas) datan al menos del siglo X, un periodo de mezcla interétnica, tensiones y agitación que puede haber sido un periodo formativo en la definición de las afiliaciones tribales de los yakutos. Los datos etnográficos y arqueológicos sugieren que los antepasados de los yakutos, identificados en algunas teorías con el pueblo kuriakon, vivían en una zona cercana al lago Baikal y pueden haber formado parte del estado uigur fronterizo con el lago Baikal.China. En el siglo XIV, los antepasados yakutos emigraron hacia el norte, perhaos en pequeños grupos de refugiados, con rebaños de caballos y ganado. Tras su llegada al valle del Lena, lucharon y se casaron con los nómadas nativos evenk y yukagir. Así pues, las relaciones tanto pacíficas como beligerantes con los siberianos del norte, los chinos, los mongoles y los pueblos túrquicos precedieron a la hegemonía rusa.

Cuando las primeras partidas de cosacos llegaron al río Lena en la década de 1620, los yakutos los recibieron con hospitalidad y cautela. Siguieron varias escaramuzas y revueltas, lideradas al principio por el legendario héroe yakuto Tygyn. En 1642, el valle del Lena estaba bajo el tributo del zar; la paz sólo se consiguió tras un largo asedio a una formidable fortaleza yakuta. En 1700, el asentamiento fuerte de Yakutsk (fundado en 1632)fue un bullicioso centro administrativo, comercial y religioso ruso y un punto de partida para nuevas exploraciones en Kamchatka y Chukotka. Algunos yakutos se trasladaron al noreste, a territorios que antes no habían dominado, asimilando aún más a los evenk y los yukagir. La mayoría de los yakutos, sin embargo, permanecieron en las praderas centrales, a veces asimilando a los rusos. Los líderes yakutos cooperaron con los rusos.Las luchas entre las comunidades yakutas disminuyeron, aunque continuaron los robos de caballos y la violencia antirrusa ocasional. Por ejemplo, en el siglo XIX, un Robin Hood yakuta llamado Manchari lideraba una banda que robaba a los ricos (normalmente rusos) para dárselo a los pobres (normalmente yakutos). Los rusosLos sacerdotes ortodoxos se extendieron por Yakutia, pero sus seguidores se encontraban sobre todo en las grandes ciudades.

Hacia 1900, una intelligentsia yakutia alfabetizada, influida tanto por comerciantes rusos como por exiliados políticos, formó un partido llamado Unión Yakutia. Revolucionarios yakutios como Oiunskii y Ammosov lideraron la Revolución y la guerra civil en Yakutia, junto con bolcheviques como el georgiano Ordzhonikidze. La consolidación de la Revolución de 1917 se prolongó hasta 1920, en parte debido a la extensa guerra civil.La República de Yakutia no estuvo asegurada hasta 1923. Tras una relativa calma durante la Nueva Política Económica de Lenin, sobrevino una dura campaña de colectivización y antinacionalista. Intelectuales como Oiunskii, fundador del Instituto de Lenguas, Literatura e Historia, y Kulakovskii, etnógrafo, fueron perseguidos en los años 20 y 30. La agitación de los años 30 se extendió por todo el país.Las políticas estalinistas y la Segunda Guerra Mundial dejaron a muchos yakutos sin sus hogares tradicionales y poco acostumbrados al trabajo asalariado industrial o urbano. La educación mejoró sus posibilidades de adaptación y estimuló el interés por el pasado yakuto.