De mondelinge verhalen van de Yakut beginnen al lang voor het eerste contact met de Russen in de zeventiende eeuw, bijvoorbeeld, olonkho (heldendichten) dateren op zijn minst uit de tiende eeuw, een periode van interetnische vermenging, spanningen en omwentelingen die een vormende periode kan zijn geweest in het bepalen van de stamverwantschap van de Yakut. Ethnografische en archeologische gegevens suggereren dat de voorouders van de Yakut, in sommige theorieën geïdentificeerd met het Kuriakon volk, leefden in een gebied in de buurt van het Baikalmeer en mogelijk deel uitmaakten van de Oeigoerse staat grenzend aanChina. In de veertiende eeuw trokken de voorouders van de Jakoeten naar het noorden, perhaos in kleine vluchtelingengroepen, met kuddes paarden en vee. Na hun aankomst in de Lena-vallei vochten en wedijverden ze met de inheemse Evenk- en Yukagir-nomaden. Zo ontstonden er zowel vreedzame als oorlogszuchtige relaties met noordelijke Siberiërs, Chinezen, Mongolen en Turkse volkeren, voorafgaand aan de Russische hegemonie.

Toen de eerste groepen Kozakken in de jaren 1620 bij de rivier de Lena arriveerden, werden ze door de Jakoeten gastvrij en wantrouwend ontvangen. Er volgden verschillende schermutselingen en opstanden, aanvankelijk onder leiding van de legendarische Jakoetische held Tygyn. In 1642 stond de Lena-vallei onder schatting van de tsaar; de vrede werd pas gewonnen na een lange belegering van een formidabel Jakoetisch fort. Tegen 1700 werd de vestingstad Jakoetsk (gesticht in 1632)was een bruisend Russisch administratief, commercieel en religieus centrum en een startpunt voor verdere verkenningen in Kamtsjatka en Tsjoekotka. Sommige Jakoeten trokken noordoostwaarts naar gebieden die ze eerder niet hadden overheerst en assimileerden verder met Evenk en Joekagir. De meeste Jakoeten bleven echter in de centrale weidegebieden, waar ze soms Russen assimileerden. Jakoetische leiders werkten samen met RussischeDe gevechten tussen de Yakut-gemeenschappen namen af, hoewel het ritselen van paarden en af en toe anti-Russisch geweld doorgingen. Een Yakut Robin Hood genaamd Manchari leidde bijvoorbeeld een bende die stal van de rijken (meestal Russen) om aan de armen (meestal Yakut) te geven in de negentiende eeuw.Orthodoxe priesters verspreidden zich door Jakoetië, maar hun volgelingen waren voornamelijk in de grote steden te vinden.

Rond 1900 vormde een geletterde Jakoetische intelligentsia, beïnvloed door zowel Russische kooplieden als politieke bannelingen, een partij die de Jakoetische Unie werd genoemd. Jakoetische revolutionairen zoals Oiunskii en Ammosov leidden de revolutie en burgeroorlog in Jakoetië, samen met bolsjewieken zoals de Georgiër Ordzhonikidze. De consolidatie van de revolutie van 1917 duurde tot 1920, deels vanwege uitgebreideoppositie tegen de Rode troepen door de blanken onder Koltsjak. De republiek Jakoet was pas veilig in 1923. Na de relatieve rust tijdens Lenins Nieuwe Economische Politiek, volgde een harde collectivisatie en antinationalistische campagne. Intellectuelen zoals Oiunskii, oprichter van het Instituut voor Taal, Literatuur en Geschiedenis, en Kulakovskii, een etnograaf, werden vervolgd in de jaren 1920 en 1930. De onrust vanDoor het stalinistische beleid en de Tweede Wereldoorlog hadden veel Jakoeten hun traditionele boerderijen niet meer en waren ze niet gewend aan betaald industrieel of stedelijk werk. Onderwijs verbeterde hun kansen op aanpassing en stimuleerde de interesse in het verleden van de Jakoeten.