Ústní historie Jakutů začíná dávno před prvním kontaktem s Rusy v 17. století. Např, olonkho (eposy) se datují přinejmenším do 10. století, tedy do období mezietnického míšení, napětí a otřesů, které mohlo být formativním obdobím pro určení kmenové příslušnosti Jakutů. Etnografické a archeologické údaje naznačují, že předkové Jakutů, v některých teoriích ztotožňovaní s Kuriakony, žili v oblasti poblíž jezera Bajkal a mohli být součástí ujgurského státu sousedícího s Ujgury.Čína. Ve čtrnáctém století se předkové Jakutů stěhovali na sever, perhaos v malých uprchlických skupinách, se stády koní a dobytka. Po příchodu do údolí Leny bojovali a mísili se s domorodými kočovníky Evenky a Jukagiry. Ruské hegemonii tak předcházely mírové i válečné vztahy se severní Sibiří, Čínou, Mongoly a turkickými národy.

Když ve dvacátých letech 16. století dorazily k řece Leně první skupiny kozáků, Jakuti je přijali pohostinně a bojovně. Následovalo několik potyček a povstání, zpočátku vedených legendárním jakutským hrdinou Tygynem. V roce 1642 bylo údolí Leny podřízeno caru; mír byl získán až po dlouhém obléhání hrozivé jakutské pevnosti. V roce 1700 byla založena pevnostní osada Jakutsk (založená v roce 1632).bylo rušným ruským správním, obchodním a náboženským centrem a výchozím bodem pro další průzkum Kamčatky a Čukotky. Někteří Jakuti se přesunuli na severovýchod na území, která předtím neovládali, a dále asimilovali Evenky a Jukagiry. Většina Jakutů však zůstala v centrálních lužních oblastech, někdy asimilovaných Rusy. Jakutští vůdci spolupracovali s ruskýmiBojů mezi jakutskými komunitami ubylo, i když zlodějství koní a občasné protiruské násilí pokračovalo. Například v 19. století vedl jakýsi jakutský Robin Hood jménem Manchari bandu, která okrádala bohaté (obvykle Rusy), aby je rozdávala chudým (obvykle Jakutům).Pravoslavní kněží se rozšířili po Jakutsku, ale jejich stoupenci byli hlavně ve velkých městech.

Do roku 1900 vytvořila vzdělaná jakutská inteligence, ovlivněná ruskými obchodníky i politickými emigranty, stranu nazvanou Jakutský svaz. Jakutští revolucionáři jako Ojunskij a Ammosov vedli revoluci a občanskou válku v Jakutsku spolu s bolševiky, jako byl Gruzínec Ordžonikidze. Konsolidace revoluce z roku 1917 se protáhla až do roku 1920, zčásti kvůli rozsáhlým bojům proti bolševikům.Jakutská republika byla zajištěna až v roce 1923. Po relativním klidu během Leninovy nové ekonomické politiky následovala tvrdá kolektivizace a protinárodní kampaň. Intelektuálové, jako byl Oiunskij, zakladatel Institutu jazyků, literatury a historie, a etnograf Kulakovskij, byli ve 20. a 30. letech pronásledováni.Stalinská politika a druhá světová válka připravily mnoho Jakutů o jejich tradiční usedlosti a nezvykli si na placenou práci v průmyslu nebo ve městech. Vzdělání zlepšilo jejich šance na adaptaci a zároveň podnítilo zájem o jakutskou minulost.