Устните разкази на якутите започват много преди първия контакт с руснаците през XVII в. Например, olonkho (епоси) датират поне от X в. - период на междуетническо смесване, напрежение и сътресения, който може да е бил формиращ период за определяне на якутската племенна принадлежност. Етнографските и археологическите данни сочат, че предците на якутите, отъждествявани в някои теории с народа курякон, са живели в район близо до езерото Байкал и може би са били част от уйгурската държава, граничеща сКитай. към XIV в. предците на якутите мигрират на север, на малки бежански групи, със стада коне и говеда. след пристигането си в долината на Лена те се сражават и сключват бракове с местните евенкски и юкагирски номади. по този начин както мирните, така и войнствените отношения със северните сибиряци, китайците, монголите и тюркските народи предшестват руската хегемония.

Когато през 20-те години на XVI в. първите отряди от казаци пристигат на река Лена, якутите ги посрещат гостоприемно и войнствено. Следват няколко сблъсъка и въстания, водени отначало от легендарния якутски герой Тигин. До 1642 г. долината на Лена е подложена на данък на царя; мирът е извоюван едва след дълга обсада на внушителна якутска крепост. Към 1700 г. крепостното селище Якутск (основано през 1632 г.)Някои якути се придвижват на североизток в територии, които преди това не са владеели, като допълнително асимилират евенките и юкагирите. Повечето якути обаче остават в централните ливади, като понякога асимилират руснаците.Сраженията между якутските общности намаляват, въпреки че продължават да се извършват кражби на коне и случайни антируски прояви. Например през XIX в. якутски Робин Худ на име Манчари ръководи група, която краде от богатите (обикновено руснаци), за да дава на бедните (обикновено якути).Православните свещеници се разпространяват из Якутия, но последователите им са предимно в големите градове.

Към 1900 г. грамотната якутска интелигенция, повлияна както от руски търговци, така и от политически изгнаници, създава партия, наречена Якутски съюз. Якутски революционери като Ойунски и Аммосов ръководят революцията и гражданската война в Якутия, заедно с болшевики като грузинеца Орджоникидзе. Консолидацията на революцията от 1917 г. се проточва до 1920 г., отчасти поради обширнитеопозиция на червените сили от страна на белите под ръководството на Колчак. Якутската република не е сигурна до 1923 г. След относително спокойствие по време на новата икономическа политика на Ленин, следва сурова колективизация и антинационалистическа кампания. Интелектуалци като Ойунски, основател на Института за езици, литература и история, и Кулаковски, етнограф, са преследвани през 20-те и 30-те години на ХХ в.Сталинистката политика и Втората световна война оставят много якути без традиционните им домове и непривикнали към наемен труд в промишлеността или в градовете. Образованието подобрява шансовете им за адаптация и стимулира интереса към миналото на якутите.