Jakuuttien suulliset kertomukset alkavat jo kauan ennen ensikontaktia venäläisiin 1600-luvulla. Esimerkiksi, olonkho (eepokset) ajoittuvat ainakin kymmenennelle vuosisadalle, joka on etnisten ryhmien välisen sekoittumisen, jännitteiden ja mullistusten ajanjakso, joka on saattanut olla ratkaiseva ajanjakso jakuuttiheimojen kuulumisen määrittelyssä. Etnografiset ja arkeologiset tiedot viittaavat siihen, että joidenkin teorioiden mukaan jakuuttien esi-isät, jotka on tunnistettu kuriakon-kansaksi, asuivat Baikal-järven läheisyydessä olevalla alueella ja saattoivat olla osa Uiguuri-valtiota, joka rajoittuu Baikal-järven rannalla sijaitsevaan Uiguuri-alueeseen.Kiina. 1300-luvulle tultaessa jakuuttien esi-isät vaelsivat pohjoiseen pienissä pakolaisryhmissä hevos- ja karjalaumojen kanssa. Saavuttuaan Lenan laaksoon he taistelivat ja solmivat avioliittoja alkuperäisten evenkkien ja jukagirien kanssa. Venäjän hegemoniaa edelsivät siis sekä rauhanomaiset että sotaisat suhteet pohjoissiperialaisiin, kiinalaisiin, mongoleihin ja turkkilaisiin kansoihin.

Kun ensimmäiset kasakoiden joukot saapuivat Lena-joelle 1620-luvulla, jakuutit ottivat heidät vastaan vieraanvaraisesti ja varautuneesti. Seurasi useita kahakoita ja kapinoita, joita johti aluksi legendaarinen jakuuttien sankari Tygyn. Vuoteen 1642 mennessä Lenan laakso oli tsaarin veronmaksuvelvollinen; rauha voitettiin vasta mahtavan jakuuttilinnoituksen pitkän piirityksen jälkeen. Vuoteen 1700 mennessä Jakutskin linnoitusasutus (perustettu vuonna 1632)oli vilkas venäläinen hallinnollinen, kaupallinen ja uskonnollinen keskus ja lähtökohta Kamtshatkan ja Tšukotkan tutkimusmatkoille. Jotkut jakuutit siirtyivät koilliseen alueille, joita he eivät olleet aiemmin hallinneet, ja assimiloituivat entisestään evenkkeihin ja jukagireihin. Suurin osa jakuuteista pysyi kuitenkin keskellä sijaitsevilla niittymailla, joskus assimiloituen venäläisiin. Jakuuttijohtajat tekivät yhteistyötä venäläisten kanssa.komentajat ja kuvernöörit, ja heistä tuli aktiivisia kaupan, turkisveronkeruun, liikenteen ja postijärjestelmän alalla. Jakuuttiyhteisöjen väliset taistelut vähenivät, vaikka hevosvarkaudet ja satunnaiset venäläisvastaiset väkivaltaisuudet jatkuivat. Esimerkiksi Jakuuttien Robin Hood nimeltä Manchari johti 1800-luvulla joukkoa, joka varasti rikkailta (yleensä venäläisiltä) antaakseen rahaa köyhille (yleensä jakuuteille).Ortodoksiset papit levittäytyivät Jakutiassa, mutta heidän kannattajansa olivat pääasiassa suurimmissa kaupungeissa.

Vuoteen 1900 mennessä lukutaitoinen jakuuttien älymystö, johon vaikuttivat sekä venäläiset kauppiaat että poliittiset maanpakolaiset, muodosti puolueen nimeltä Jakuuttien liitto. Jakuuttien vallankumoukselliset, kuten Oiunskii ja Ammosov, johtivat vallankumousta ja sisällissotaa Jakutiassa yhdessä bolshevikkien, kuten georgialaisen Ordzhonikidzen, kanssa. Vuoden 1917 vallankumouksen vakiinnuttaminen venyi vuoteen 1920, osittain siksi, että laajojavalkoisten vastustus punaisia joukkoja vastaan Koltshakin johdolla. Jakuuttien tasavalta oli turvattu vasta vuonna 1923. Leninin uuden talouspolitiikan aikaisen suhteellisen rauhallisuuden jälkeen seurasi ankara kollektivisointi- ja kansallismielisyyden vastainen kampanja. Älymystöä, kuten kielten, kirjallisuuden ja historian instituutin perustajaa Oiunskia ja kansatieteilijää Kulakovskia, vainottiin 1920- ja 1930-luvuilla. 1920- ja 1930-luvun myllerryksen aikanaStalinistinen politiikka ja toinen maailmansota jättivät monet jakuutit vaille perinteisiä kotiseutujaan eivätkä olleet tottuneet palkalliseen teollisuus- tai kaupunkityöhön. Koulutus paransi heidän sopeutumismahdollisuuksiaan ja herätti kiinnostusta jakuuttien menneisyyttä kohtaan.