Jakutų žodiniai pasakojimai prasideda gerokai anksčiau nei pirmieji kontaktai su rusais XVII a. Pvz, olonkho (epai) datuojami bent X a., t. y. etninio maišymosi, įtampos ir sukrėtimų laikotarpiu, kuris galėjo lemti jakutų gentinę priklausomybę. Etnografiniai ir archeologiniai duomenys leidžia manyti, kad jakutų protėviai, kai kuriose teorijose tapatinami su kuriakonų tauta, gyveno vietovėje netoli Baikalo ežero ir galėjo būti uigūrų valstybės, besiribojančios su Baikalo ežeru, dalis.Kinija. XIV a. jakutų protėviai migravo į šiaurę, perhaos mažomis pabėgėlių grupėmis, su arklių ir galvijų bandomis. Atvykę į Lenos slėnį, jie kariavo ir maišėsi su vietiniais evenkų ir jukagirų klajokliais. Taigi prieš Rusijos hegemoniją buvo užmegzti ir taikūs, ir karingi santykiai su šiaurės sibiriečiais, kinais, mongolais ir tiurkų tautomis.

Kai 1620 m. prie Lenos upės atvyko pirmieji kazokų būriai, jakutai juos priėmė svetingai ir karingai. Po to įvyko keletas susirėmimų ir sukilimų, kuriems iš pradžių vadovavo legendinis jakutų didvyris Tyginas. 1642 m. Lenos slėnis buvo pavaldus carui; taika buvo pasiekta tik po ilgos grėsmingos jakutų tvirtovės apgulties. 1700 m. Jakutsko tvirtovė (įkurta 1632 m.)Kai kurie jakutai persikėlė į šiaurės rytus į teritorijas, kuriose anksčiau nedominavo, ir toliau asimiliavosi su evenkais ir jukagiriais. Tačiau dauguma jakutų liko centrinėse pievose, kartais asimiliuodamiesi su rusais.XIX a. sumažėjo kovų tarp jakutų bendruomenių, nors ir toliau vyko arklių vagystės ir retkarčiais pasitaikydavo antirusiškas smurtas. Pavyzdžiui, jakutų Robinas Hudas, vardu Mančari, vadovavo būriui, kuris vogė iš turtingųjų (dažniausiai rusų), kad atiduotų vargšams (dažniausiai jakutams).Stačiatikių šventikai pasklido po Jakutiją, tačiau jų pasekėjai daugiausia gyveno didžiuosiuose miestuose.

Iki 1900 m. raštinga jakutų inteligentija, kuriai įtaką darė Rusijos pirkliai ir politiniai tremtiniai, įkūrė partiją, pavadintą Jakutų sąjunga. Jakutų revoliucionieriai, tokie kaip Oiunskis ir Ammosovas, vadovavo revoliucijai ir pilietiniam karui Jakutijoje kartu su bolševikais, tokiais kaip gruzinas Ordžonikidzė. 1917 m. revoliucijos įtvirtinimas užsitęsė iki 1920 m., iš dalies dėl didelio mastoKolčako vadovaujami baltieji pasipriešino raudonosioms pajėgoms. Jakutų respublika nebuvo užtikrinta iki 1923 m. Po santykinės ramybės Lenino naujosios ekonominės politikos laikotarpiu prasidėjo griežta kolektyvizacija ir antinacionalistinė kampanija. 1920-1930 m. buvo persekiojami tokie intelektualai kaip Kalbos, literatūros ir istorijos instituto įkūrėjas Oiunskis ir etnografas Kulakovskis.Dėl stalinistinės politikos ir Antrojo pasaulinio karo daugelis jakutų liko be savo tradicinių sodybų ir nepriprato prie samdomo darbo pramonėje ar mieste. Švietimas pagerino jų galimybes prisitaikyti ir paskatino domėjimąsi jakutų praeitimi.