Не е сигурно дали говорещите на ембера и унаански език са живели в Централна Америка в предиспанските времена. Районът Дариен в източна Панама е бил територия на куна между края на XVI и XVIII в. Там испанците създават Ел Реал през 1600 г., за да защитят пътя нагоре по реката от златните мини на Кана, които някога са били най-богатите в Америка.През 1638 г. мисионерът Фрей Адриан де Санто Томас помага за обединяването на разпръснатите семейства на куна в селища в Пиногана, Капети и Явиза. Куна се противопоставят на испанските искания да работят в миньорските операции и се сражават, понякога заедно с пирати, за да унищожат селищата на мисията през 1700-те години.Испанците привличат в контранастъплението "чоко" (с техните страховити пушки) и чернокожи наемници; куна са изтласкани в задните земи на Дариен и започват историческата си миграция през континенталния разлом към крайбрежието на Сан Блас. В резултат на това колонизационните усилия се провалят и в края на XVIII в. испанците разглобяват крепостите си и напускат региона.

Ембера започват да се заселват в Дариен в края на XVIII в. и до началото на XIX в. заемат по-голямата част от речните басейни. В крайна сметка някои европейци се преселват там, като създават нови градове, в които сега преобладават испаноговорящите чернокожи. Ембера се заселват далеч от тези градове и от двата останали района на куна. до 50-те години на XX в. ембера се срещат чак до каналите за отводняване. Семейства от унаане влязъл в Панама през 40-те години на миналия век.

Животът на ембера и унаан се променя драматично в Панама в средата на ХХ в. Желанието за западни продукти ги довежда до парични икономики. Те търгуват с чернокожи испаноговорящи бизнесмени, разменяйки култури и горски продукти срещу пари. Сред стотиците произведени стоки, които сега са важни, са мачетета, глави на брадви, тенджери и тигани, пушки, куршуми и платове.Старейшините на Ембера се обръщат към националното правителство с молба да осигури учители за техните речни сектори и училищата са създадени в Пулида, Рио Туписа, през 1953 г. и в Наранджал, Рио Чико, през 1956 г. Първоначално "селата" са просто няколко домакинства, скупчени около училищни сгради със сламени покриви.време. Менонитите, спонсорирани от Министерството на образованието на Панама, започват програма за ограмотяване, целяща записване на езиците ембера и унаан, за да се изготвят преводи на религиозни материали, с които да се обучават индианците. индианските семейства се групират около мисионерските домове в Лукас през 1954 г. и Ел Мамей на Рио Джаке през 1956 г. През 1960 г. съществуват три "училищни села" и три "мисионерски села".

Харолд Бейкър Фернандес (по прякор "Перу"), филантроп и авантюрист, който започва да живее с ембера през 1963 г., възприема начините на живот на ембера и унаан, опознава културата им от вътрешна гледна точка и ги учи как да си осигурят права върху земята. Той ги съветва, че като създават села, могат да подават молби до правителството за учители, училища и медицински материали.териториален контрол, той им каза, те могат да получат comarca, или полуавтономен политически район, какъвто имаха куна, гарантиращ правата на коренното население върху земята и ресурсите. "Моделът на селото" с училище, учителска стая, зала за събрания и селски магазин сред къщи със сламени покриви се разпространява в Дариен; до 1968 г. има дванадесет села Ембера. Правителството на генерал Омар Торихос подкрепя тези инициативи, които насърчават индианците даопределят своя собствена политическа структура. Назначава се вожд на куна ( касик ) въвежда политическия модел на куна ( caciquismo През следващите две години са създадени още осемнадесет села, а през 1970 г. дариенските ембера и уунаан официално приемат нова политическа организация, която включва вождове, конгреси и селски лидери по подобие на системата на куна. До 1980 г. в Дариен са създадени петдесет села, а други се развиват в посока към централна Панама.

Ембера и уонан получават статут на комарка през 1983 г. Комарка Ембера - наричана на местно ниво "Ембера Друа" - се състои от два отделни района в Дариен, Самбу и Чемако, които обхващат 4180 кв. км от басейните Самбу и Чукунаке-Туира. Останали са някои испаноговорящи чернокожи, но в рамките на района има само един малък неиндиански град. днес Ембера Друа има четиридесет села и над 8000коренното население (83% от тях са от племето ембера, 16% от племето уунаан и 1% от други).