Neizvjesno je da li su govornici Emberá i Wounaan živjeli u Centralnoj Americi u vrijeme prije Španije. Regija Darién u istočnoj Paname bila je teritorija Kune između kasnog šesnaestog i osamnaestog stoljeća. Tu su Španci osnovali El Real 1600. godine kako bi zaštitili uzvodnu rutu od rudnika zlata u Kani, nekada navodno najbogatijih u Americi. Još jedna tvrđava je izgrađena u blizini ušća Rio Sabanas, a mala rudarska naselja su se razvila na drugim mjestima. Godine 1638. misionar Fray Adrián de Santo Tomás pomogao je da se aglomeriraju rastjerane porodice Kuna u sela u Pinogani, Capeti i Yavizi. Kune su se opirali španjolskim zahtjevima da rade u rudarskim operacijama i borili se, ponekad zajedno s piratima, da unište naselja misija tokom 1700-ih. Španci su u kontraofanzivu angažovali "Čoko" (sa svojim puhačima) i crne plaćenike; Kune su potisnute u zaleđe Darijena i započele su svoju istorijsku migraciju preko kontinentalne podjele do obale San Blasa. Kao rezultat toga, pokušaj kolonizacije je propao, a Španci su demontirali svoje utvrde i napustili region krajem osamnaestog veka.

Emberá je počela naseljavati Darién tokom kasnog osamnaestog stoljeća, a do ranih 1900-ih je zauzela većinu riječnih slivova. Neki Evropljani su se na kraju tamo naselili, formirajući nove gradove, kojima sada dominirajuCrnci koji govore španski. Emberá su se naselili dalje od ovih gradova i dva preostala područja Kune. Emberá su pronađene čak na zapadu do odvodnje kanala do 1950-ih. Porodice Wounaan ušle su u Panamu tokom 1940-ih.

Život Embera i Wounaana dramatično se promijenio u Panami sredinom dvadesetog stoljeća. Želja za zapadnim proizvodima dovela ih je u gotovinske ekonomije. Trgovali su sa crnim biznismenima koji govore španski, razmjenjujući usjeve i šumske proizvode za gotovinu. Među stotinama proizvedenih proizvoda koji su sada važni su mačete, glave sjekire, lonci i tave, puške, meci i tkanina. Organizacija sela je nastala iz potrebe da se priča španski sa ovim strancima. Starešine Emberá podnijele su peticiju nacionalnoj vladi da obezbijedi nastavnike za njihove riječne sektore, a škole su osnovane u Pulidi, Rio Tupisa, 1953. i u Naranjalu, Rio Chico, 1956. U početku su „sela“ bila samo nekoliko domaćinstava okupljenih oko slamnate natkrivene školske zgrade. Otprilike u isto vrijeme počela je trajna misionarska aktivnost. Menoniti, sponzorirani od strane Ministarstva obrazovanja Paname, započeli su program opismenjavanja dizajniran za snimanje jezika Emberá i Wounaan kako bi proizveli prijevode vjerskih materijala pomoću kojih bi poučavali Indijance. Indijske porodice grupisane oko misionarskih domova u Lucasu 1954. i El Mamey na Rio Jaquéu 1956. Tri "školska sela" i tri "misijesela" postojala 1960.

Filantropski avanturista, Harold Baker Fernandez (nadimak "Peru"), koji je počeo živjeti s Emberáom 1963. godine, usvojio je načine Emberá i Wounaan, naučio njihovu kulturu iz perspektive insajdera i učio ih o osiguranju prava na zemljište. Savjetovao ih je da, formiranjem sela, mogu podnijeti peticiju vladi za učitelje, škole i medicinske potrepštine. Kroz efikasniju teritorijalnu kontrolu, rekao im je, mogli bi dobiti comarca, ili poluautonomni politički distrikt, kakav je imala Kuna, koji jamči autohtono pravo na zemlju i resurse. "Model sela", sa školskom kućom, studentskim domom, salom za sastanke i seoskom prodavnicom usred kuća sa slamnatim krovom, raštrkanim preko Dariéna; 1968. postojalo je dvanaest sela Emberá. Vlada generala Omara Torrijosa podržala je ove inicijative, koje su ohrabrile Indijance da definiraju vlastitu političku strukturu. Imenovani poglavica Kune ( cacique ) uveo je Kuna politički model ( caciquismo ) kao prvi poglavice izabrani su. U sljedeće dvije godine formirano je dodatnih osamnaest sela, a 1970. Darién Emberá i Wounaan su formalno usvojili novu političku organizaciju koja je sadržavala poglavice, kongrese i seoske vođe, po uzoru na Kuna sistem. Do 1980. u Darijenu je formirano pedeset sela, a druga su se razvila u pravcucentralna Panama.

Emberá i Wounaan su dobili status comarca 1983. Comarca Emberá—lokalno nazvan "Emberá Drua"—sastoji se od dva odvojena okruga u Darién, Sambú i Cemaco koji pokrivaju 4.180 kvadratnih kilometara Sambú i Chucunaque- Tuira bazeni. Neki crnci koji govore španjolski su ostali, ali samo jedan mali neindijski grad je unutar okruga. Danas Emberá Drua ima četrdeset sela i preko 8.000 autohtonih stanovnika (83 posto Emberá, 16 posto Wounaan i 1 posto ostali).