Nije sigurno jesu li govornici Emberá i Wounaan živjeli u Srednjoj Americi u predhispansko doba. Regija Darién u istočnoj Panami bila je teritorij Kuna između kasnog šesnaestog i osamnaestog stoljeća. Ondje su Španjolci osnovali El Real 1600. kako bi zaštitili uzvodni put od rudnika zlata u Cani, nekoć navodno najbogatijih u Americi. Još jedna utvrda izgrađena je u blizini ušća Río Sabanasa, a mala rudarska naselja razvila su se drugdje. Godine 1638. misionar Fray Adrián de Santo Tomás pomogao je aglomerirati raspršene obitelji Kuna u sela u Pinogani, Capetíju i Yavizi. Kuna se opirala španjolskim zahtjevima da rade u rudarskim operacijama i borila se, ponekad zajedno s gusarima, da unište misionarska naselja tijekom 1700-ih. Španjolci su uključili "Chocó" (sa svojim strašnim puhaljkama) i crne plaćenike u protuofenzivu; Kune su potisnute u zaleđe Dariéna i započele su svoju povijesnu migraciju preko kontinentalne podjele do obale San Blasa. Kao rezultat toga, pokušaj kolonizacije nije uspio, a Španjolci su demontirali svoje utvrde i napustili regiju u kasnom osamnaestom stoljeću.

Emberá je počela naseljavati Darién tijekom kasnog osamnaestog stoljeća, a do ranih 1900-ih zauzela je većinu riječnih slivova. Neki su se Europljani naposljetku tamo naselili, formirajući nove gradove, kojima sada dominiraCrnci koji govore španjolski. Emberá su se naselili dalje od ovih gradova i dva preostala područja Kune. Emberá su 1950-ih pronađene zapadno od drenaže kanala. Obitelji Wounaan ušle su u Panamu tijekom 1940-ih.

Život Emberá i Wounaana dramatično se promijenio u Panami sredinom dvadesetog stoljeća. Želja za zapadnim proizvodima dovela ih je u ekonomiju gotovine. Trgovali su s crnim biznismenima koji govore španjolski, razmjenjujući usjeve i šumske proizvode za gotovinu. Među stotinama proizvedenih proizvoda koji su sada važni su mačete, glave sjekira, lonci i tave, puške, meci i tkanina. Organizacija sela proizašla je iz potrebe da se govori španjolski s tim autsajderima. Starješine Emberá uputile su peticiju nacionalnoj vladi da osigura učitelje za njihove riječne sektore, a škole su osnovane u Pulidi, Río Tupisa, 1953. i u Naranjal, Río Chico, 1956. U početku su "sela" bila samo nekoliko kućanstava okupljenih oko slamnatih krovova. natkrivene školske zgrade. Stalna misionarska aktivnost započela je otprilike u isto vrijeme. Menoniti, pod pokroviteljstvom panamskog Ministarstva obrazovanja, započeli su program opismenjavanja osmišljen kako bi zabilježili jezike Emberá i Wounaan kako bi proizveli prijevode vjerskih materijala pomoću kojih bi podučavali Indijce. Indijske obitelji grupirale su se oko misionarskih domova u Lucasu 1954. i El Mameyu na Río Jaquéu 1956. Tri "školska sela" i tri "misijesela" postojalo je 1960.

Filantropski pustolov, Harold Baker Fernandez (nadimak "Peru"), koji je počeo živjeti s Emberáima 1963., usvojio je Emberá i Wounaan načine, naučio njihovu kulturu iz insajderske perspektive i poučio ih je o osiguravanju prava na zemlju. Savjetovao ih je da, formiranjem sela, mogu zatražiti od vlade učitelje, škole i medicinske potrepštine. Kroz učinkovitiju teritorijalnu kontrolu, rekao im je, mogli bi dobiti comarca, ili poluautonomni politički okrug, kakav je imala Kuna, koji jamči domorodačka prava na zemlju i resurse. "Model sela", sa školskom zgradom, učiteljskim domom, dvoranom za sastanke i seoskom trgovinom usred kuća sa slamnatim krovovima, raširen po Dariénu; 1968. bilo je dvanaest Emberá sela. Vlada generala Omara Torriosa podržala je ove inicijative, koje su potaknule Indijance da definiraju vlastitu političku strukturu. Imenovani poglavica Kuna ( cacique ) uveo je politički model Kuna ( caciquismo ) kao prvi poglavari su izabrani. Dodatnih osamnaest sela formirano je tijekom sljedeće dvije godine, a 1970. Darién Emberá i Wounaan formalno su usvojili novu političku organizaciju koja je sadržavala poglavice, kongrese i vođe sela, po uzoru na Kuna sustav. Do 1980. u Dariénu je formirano pedeset sela, a druga su se razvila u smjerusredišnja Panama.

Emberá i Wounaan dobili su status comarca 1983. Comarca Emberá — lokalno nazvana "Emberá Drua" — sastoji se od dva odvojena okruga u Dariénu, Sambúu i Cemacu koji pokrivaju 4180 četvornih kilometara Sambúa i Chucunaque- Tuira bazeni. Neki Crnci koji govore španjolski ostaju, ali samo je jedan mali neindijanski grad unutar okruga. Danas Emberá Drua ima četrdeset sela i preko 8000 autohtonih stanovnika (83 posto Emberá, 16 posto Wounaan i 1 posto ostali).