ไม่แน่ใจว่าผู้พูด Emberá และ Wounaan อาศัยอยู่ในอเมริกากลางในช่วงก่อนยุคสเปนหรือไม่ ภูมิภาคDariénทางตะวันออกของปานามาคือดินแดน Kuna ระหว่างปลายศตวรรษที่สิบหกถึงศตวรรษที่สิบแปด ที่นั่นชาวสเปนก่อตั้ง El Real ในปี 1600 เพื่อปกป้องเส้นทางต้นน้ำจากเหมืองทองคำ Cana ซึ่งครั้งหนึ่งเคยได้รับรายงานว่าร่ำรวยที่สุดในอเมริกา ป้อมปราการอีกแห่งถูกสร้างขึ้นใกล้ปากแม่น้ำ Río Sabanas และการตั้งถิ่นฐานการทำเหมืองขนาดเล็กที่พัฒนาที่อื่น ในปี ค.ศ. 1638 มิชชันนารี Fray Adrián de Santo Tomás ได้ช่วยรวบรวมครอบครัว Kuna ที่กระจัดกระจายไปตามหมู่บ้านต่างๆ ที่ Pinogana, Capetí และ Yaviza Kuna ต่อต้านความต้องการของสเปนที่ให้พวกเขาทำงานในเหมืองและบางครั้งก็ต่อสู้ร่วมกับโจรสลัดเพื่อทำลายการตั้งถิ่นฐานของภารกิจในช่วงปี 1700 ชาวสเปนเกณฑ์ "Chocó" (ด้วยปืนลูกโม่ที่พวกเขากลัว) และทหารรับจ้างผิวดำในการตอบโต้ Kuna ถูกผลักเข้าสู่พื้นที่ทุรกันดารDarién และเริ่มการอพยพครั้งประวัติศาสตร์ข้ามการแบ่งภาคพื้นทวีปไปยังชายฝั่ง San Blas เป็นผลให้ความพยายามในการล่าอาณานิคมล้มเหลว และชาวสเปนได้รื้อป้อมของพวกเขาและออกจากพื้นที่ในช่วงปลายศตวรรษที่สิบแปด

Emberá เริ่มตั้งถิ่นฐานใน Darién ในช่วงปลายศตวรรษที่ 18 และในช่วงต้นทศวรรษ 1900 ได้ยึดครองพื้นที่ลุ่มแม่น้ำส่วนใหญ่ ในที่สุดชาวยุโรปบางส่วนก็ตั้งถิ่นฐานใหม่ที่นั่น สร้างเมืองใหม่ซึ่งปัจจุบันถูกปกครองโดยคนผิวดำที่พูดภาษาสเปน Emberáตั้งถิ่นฐานห่างจากเมืองเหล่านี้และพื้นที่ Kuna สองแห่งที่เหลืออยู่ Emberá ถูกพบทางตะวันตกไกลที่สุดเท่าที่คลองระบายน้ำในปี 1950 ครอบครัว Wounaan เข้ามาในปานามาในช่วงทศวรรษที่ 1940

ชีวิต Emberá และ Wounaan เปลี่ยนไปอย่างมากในปานามาในช่วงกลางศตวรรษที่ 20 ความต้องการสินค้าตะวันตกทำให้พวกเขากลายเป็นเศรษฐกิจเงินสด พวกเขาค้าขายกับนักธุรกิจผิวดำที่พูดภาษาสเปน แลกเปลี่ยนพืชผลและผลิตภัณฑ์จากป่าเป็นเงินสด ในบรรดาสินค้าที่ผลิตหลายร้อยรายการในปัจจุบันที่สำคัญ ได้แก่ มีดพร้า หัวขวาน หม้อและกระทะ ปืนไรเฟิล กระสุน และผ้า องค์กรหมู่บ้านเกิดขึ้นจากความต้องการพูดภาษาสเปนกับคนนอกเหล่านี้ ผู้เฒ่าชาวเมือง Emberá ยื่นคำร้องต่อรัฐบาลแห่งชาติให้จัดหาครูสำหรับภาคส่วนแม่น้ำของพวกเขา และโรงเรียนได้ก่อตั้งขึ้นที่ Pulida, Río Tupisa ในปี 1953 และที่ Naranjal, Río Chico ในปี 1956 ในขั้นต้น "หมู่บ้าน" เป็นเพียงครัวเรือนไม่กี่ครัวเรือนที่รวมกลุ่มกันรอบ ๆ มุงจาก โรงเรียนมีหลังคา กิจกรรมเผยแผ่ศาสนาที่ยั่งยืนเริ่มขึ้นในเวลาเดียวกัน Mennonites ซึ่งได้รับการสนับสนุนจากกระทรวงศึกษาธิการของปานามา ได้เริ่มโปรแกรมการรู้หนังสือที่ออกแบบมาเพื่อบันทึกภาษา Emberá และ Wounaan เพื่อแปลเอกสารทางศาสนาเพื่อใช้สอนชาวอินเดีย ครอบครัวชาวอินเดียรวมกลุ่มกันที่บ้านมิชชันนารีที่ Lucas ในปี 1954 และ El Mamey ที่ Río Jaqué ในปี 1956 "หมู่บ้านโรงเรียน" สามแห่งและ "มิชชันนารีสามแห่ง"หมู่บ้านต่างๆ" เกิดขึ้นในปี 1960

Harold Baker Fernandez นักผจญภัยผู้ใจบุญ (ชื่อเล่น "เปรู") ซึ่งเริ่มอาศัยอยู่กับ Emberá ในปี 1963 รับเอาแนวทางของ Emberá และ Wounaan มาใช้ เรียนรู้วัฒนธรรมของพวกเขาจากมุมมองของคนวงใน และ สอนพวกเขาเกี่ยวกับการรักษาสิทธิในที่ดิน เขาแนะนำพวกเขาว่า โดยการจัดตั้งหมู่บ้าน พวกเขาสามารถยื่นคำร้องต่อรัฐบาลเพื่อขอครู โรงเรียน และเวชภัณฑ์ เขาบอกพวกเขาผ่านการควบคุมดินแดนที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น พวกเขาอาจได้รับ comarca, หรือเขตการเมืองกึ่งปกครองตนเอง เช่น Kuna รับประกันสิทธิของชนพื้นเมืองในที่ดินและทรัพยากร "หมู่บ้านจำลอง" ที่มีโรงเรียน หอพักครู ห้องประชุม และร้านค้าในหมู่บ้านท่ามกลางบ้านหลังคามุงจากกระจายไปทั่วดาริเอน โดย พ.ศ. 2511 มีหมู่บ้าน Emberá 12 แห่ง รัฐบาลของนายพล Omar Torrijos สนับสนุนความคิดริเริ่มเหล่านี้ซึ่งสนับสนุนให้ชาวอินเดียกำหนดโครงสร้างทางการเมืองของตนเอง หัวหน้า Kuna ที่ได้รับการแต่งตั้ง ( cacique ) แนะนำรูปแบบทางการเมืองของ Kuna ( caciquismo ) ในฐานะหัวหน้าคนแรกที่ได้รับเลือก มีการจัดตั้งหมู่บ้านเพิ่มขึ้นอีก 18 หมู่บ้านในอีก 2 ปีข้างหน้า และในปี 1970 Darién Emberá และ Wounaan ได้นำองค์กรทางการเมืองใหม่อย่างเป็นทางการซึ่งมีหัวหน้า รัฐสภา และผู้นำหมู่บ้านตามแบบระบบ Kuna ในปี พ.ศ. 2523 หมู่บ้านห้าสิบแห่งได้ก่อตั้งขึ้นในDarién และหมู่บ้านอื่น ๆ ก็พัฒนาไปตามทิศทางของปานามาตอนกลาง

Emberá และ Wounaan ได้รับสถานะ comarca ในปี 1983 Comarca Emberá—เรียกในท้องถิ่นว่า "Emberá Drua"—ประกอบด้วยสองเขตที่แยกจากกันใน Darién, Sambú และ Cemaco ซึ่งครอบคลุมพื้นที่ 4,180 ตารางกิโลเมตรของ Sambú และ Chucunaque- อ่าง Tuira คนผิวดำที่พูดภาษาสเปนบางคนยังคงอยู่ แต่มีเพียงเมืองเล็กๆ ที่ไม่ใช่อินเดียเพียงแห่งเดียวที่อยู่ภายในเขต วันนี้ Emberá Drua มีสี่สิบหมู่บ้านและมากกว่า 8,000 คนพื้นเมือง (Emberá 83 เปอร์เซ็นต์ Wounaan 16 เปอร์เซ็นต์และอื่น ๆ 1 เปอร์เซ็นต์)