Het is niet zeker of er al Emberá- en Wounaan-sprekers in Midden-Amerika leefden in de pre-Spaanse tijd. De Darién-regio in het oosten van Panama was Kuna-gebied tussen het einde van de zestiende eeuw en de achttiende eeuw. Daar stichtten de Spanjaarden in 1600 El Real om de route stroomopwaarts van de goudmijnen van Cana, naar verluidt ooit de rijkste van Amerika, te beschermen. Een ander fort wasIn 1638 hielp de missionaris Fray Adrián de Santo Tomás om verspreide Kuna-families samen te brengen in dorpen in Pinogana, Capetí en Yaviza. De Kuna verzetten zich tegen de Spaanse eisen dat ze in de mijnbouw moesten werken en vochten, soms samen met piraten, om de nederzettingen van de missies te vernietigen in de jaren 1700.De Spanjaarden riepen "Chocó" (met hun gevreesde blaaspijpen) en zwarte huurlingen in het tegenoffensief op; de Kuna werden naar de Darién-ruglanden geduwd en begonnen aan hun historische migratie over de continentale scheidslijn naar de San Blas-kust. Als gevolg hiervan mislukte de kolonisatie en ontmantelden de Spanjaarden hun forten en verlieten ze de regio aan het eind van de achttiende eeuw.

Aan het eind van de achttiende eeuw begonnen Emberá zich in Darién te vestigen en aan het begin van de twintigste eeuw hadden ze het grootste deel van de rivierbekkens bezet. Sommige Europeanen vestigden zich er uiteindelijk opnieuw en vormden nieuwe steden, die nu worden gedomineerd door Spaanssprekende zwarten. De Emberá vestigden zich weg van deze steden en de twee overgebleven Kuna-gebieden. In de jaren 1950 werden Emberá gevonden tot aan de afwatering van het kanaal. Wounaan-familiesPanama was binnengedrongen in de jaren 1940.

Het leven van de Emberá en Wounaan in Panama veranderde drastisch in het midden van de twintigste eeuw. Verlangen naar westerse producten bracht hen in een geldeconomie. Ze dreven handel met zwarte, Spaanssprekende zakenlieden en ruilden gewassen en bosproducten voor geld. Onder de honderden geproduceerde goederen die nu belangrijk zijn, bevinden zich machetes, bijlen, potten en pannen, geweren, kogels en stoffen. Organisatie van het dorpDe Emberá-oudsten vroegen de nationale regering om leraren voor hun riviersectoren en in 1953 werden er scholen opgericht in Pulida, Río Tupisa, en in 1956 in Naranjal, Río Chico. Aanvankelijk bestonden de "dorpen" slechts uit een paar huishoudens rond schoolgebouwen met rieten daken. Rond dezelfde tijd begonnen er duurzame zendingsactiviteiten.De mennonieten, gesponsord door het Panamese Ministerie van Onderwijs, begonnen een alfabetiseringsprogramma om de Emberá- en Wounaan-talen te leren om vertalingen te maken van religieus materiaal waarmee de Indianen onderwezen konden worden. In 1954 groepeerden Indianengezinnen zich rond de missiehuizen in Lucas en in 1956 in El Mamey aan de Río Jaqué. In 1960 waren er drie 'schooldorpen' en drie 'missiedorpen'.

Een filantropische avonturier, Harold Baker Fernandez (bijgenaamd "Peru"), die in 1963 bij de Emberá ging wonen, nam de Emberá en Wounaan gewoonten over, leerde hun cultuur vanuit het perspectief van een ingewijde en leerde hen over het veiligstellen van landrechten. Hij adviseerde hen dat ze, door dorpen te vormen, petities konden indienen bij de regering voor leraren, scholen en medische voorzieningen. Door effectievereterritoriale controle, vertelde hij hen, zouden ze een comarca, of semi-autonoom politiek district, zoals de Kuna hadden, dat de inheemse rechten op land en hulpbronnen garandeerde. Een "dorpsmodel", met een schoolgebouw, lerarenwoning, vergaderzaal en dorpswinkel te midden van huizen met rieten daken, verspreidde zich over Darién; in 1968 waren er twaalf Emberá-dorpen. De regering van generaal Omar Torrijos steunde deze initiatieven, die de Indianen aanmoedigden ombepalen hun eigen politieke structuur. Een benoemd Kuna-hoofd ( cacique ) introduceerde het politieke model van de Kuna ( caciquismo In de daaropvolgende twee jaar werden nog eens achttien dorpen gevormd en in 1970 namen de Darién Emberá en Wounaan formeel een nieuwe politieke organisatie aan met stamhoofden, congressen en dorpshoofden, naar het voorbeeld van het Kuna-systeem. In 1980 waren er vijftig dorpen gevormd in Darién en andere ontwikkelden zich in de richting van centraal Panama.

De Emberá en Wounaan kregen in 1983 de status van comarca. De Comarca Emberá - plaatselijk "Emberá Drua" genoemd - bestaat uit twee afzonderlijke districten in Darién, Sambú en Cemaco die 4.180 vierkante kilometer van de Sambú- en Chucunaque-Tuira-bekkens beslaan. Er zijn nog enkele Spaanssprekende zwarten, maar er ligt slechts één kleine niet-Indiaanse stad in het district. Vandaag de dag telt Emberá Drua veertig dorpen en meer dan 8.000 inwoners.inheemse inwoners (83 procent Emberá, 16 procent Wounaan en 1 procent overig).