यह अनिश्चित है कि पूर्व-हिस्पैनिक काल के दौरान एम्बेरा और वूनान भाषी मध्य अमेरिका में रहते थे या नहीं। पूर्वी पनामा का डेरियन क्षेत्र सोलहवीं शताब्दी के अंत और अठारहवीं शताब्दी के बीच कुना क्षेत्र था। यहीं पर स्पेनियों ने 1600 में काना सोने की खदानों से ऊपरी मार्ग की रक्षा के लिए एल रियल की स्थापना की थी, जो कभी कथित तौर पर अमेरिका में सबसे अमीर थी। एक और किला रियो सबाना के मुहाने के पास बनाया गया था और अन्य जगहों पर छोटी प्लेसर-खनन बस्तियाँ विकसित की गईं। 1638 में मिशनरी फ़्रे एड्रियन डी सैंटो टॉमस ने बिखरे हुए कुना परिवारों को पिनोगाना, कैपेटी और यविज़ा के गांवों में एकत्रित करने में मदद की। कुना ने स्पेनिश मांगों का विरोध किया कि वे खनन कार्यों में काम करें और 1700 के दशक के दौरान मिशन बस्तियों को नष्ट करने के लिए, कभी-कभी समुद्री डाकुओं के साथ मिलकर लड़ाई लड़ी। स्पेनियों ने जवाबी हमले में "चोको" (अपने खतरनाक ब्लोगन के साथ) और काले भाड़े के सैनिकों को शामिल किया; कुना को डेरियन बैकलैंड में धकेल दिया गया और महाद्वीपीय विभाजन के पार सैन ब्लास तट पर उनका ऐतिहासिक प्रवास शुरू हुआ। परिणामस्वरूप, उपनिवेशीकरण का प्रयास विफल हो गया और स्पेनियों ने अपने किलों को नष्ट कर दिया और अठारहवीं शताब्दी के अंत में इस क्षेत्र को छोड़ दिया।

एम्बेरा ने अठारहवीं शताब्दी के अंत में डेरियन को बसाना शुरू किया और 1900 के दशक की शुरुआत तक अधिकांश नदी घाटियों पर कब्जा कर लिया था। कुछ यूरोपीय लोग अंततः वहां फिर से बस गए, जिससे नए शहर बन गए, जिन पर अब उनका प्रभुत्व हैस्पैनिश भाषी अश्वेत। एम्बेरा इन कस्बों और दो शेष कुना क्षेत्रों से दूर बस गए। एम्बेरा 1950 के दशक तक नहर जल निकासी के पश्चिम में पाए गए थे। 1940 के दशक के दौरान वूनान परिवारों ने पनामा में प्रवेश किया था।

बीसवीं सदी के मध्य के दौरान पनामा में एम्बेरा और वूनान का जीवन नाटकीय रूप से बदल गया। पश्चिमी उत्पादों की चाहत ने उन्हें नकदी अर्थव्यवस्था में ला दिया। वे काले, स्पैनिश भाषी व्यापारियों के साथ व्यापार करते थे, नकदी के बदले फसलों और वन उत्पादों का आदान-प्रदान करते थे। सैकड़ों निर्मित वस्तुओं में से अब महत्वपूर्ण हैं छुरी, कुल्हाड़ी, बर्तन, राइफलें, गोलियां और कपड़ा। ग्राम संगठन इन बाहरी लोगों के साथ स्पैनिश बोलने की आवश्यकता से उत्पन्न हुआ। एम्बेरा के बुजुर्गों ने अपने नदी क्षेत्रों के लिए शिक्षक उपलब्ध कराने के लिए राष्ट्रीय सरकार से याचिका दायर की, और 1953 में पुलिडा, रियो टुपिसा और 1956 में नारंजल, रियो चिको में स्कूल स्थापित किए गए। प्रारंभ में, "गांव" छप्पर के आसपास बसने वाले कुछ घर थे- छत वाले स्कूल के घर. सतत मिशनरी गतिविधि लगभग उसी समय शुरू हुई। पनामा के शिक्षा मंत्रालय द्वारा प्रायोजित मेनोनाइट्स ने एम्बेरा और वूनान भाषाओं को रिकॉर्ड करने के लिए एक साक्षरता कार्यक्रम शुरू किया, ताकि भारतीयों को पढ़ाने के लिए धार्मिक सामग्रियों के अनुवाद तैयार किए जा सकें। भारतीय परिवार 1954 में लुकास में मिशनरी घरों और 1956 में रियो जैक्वे में एल मैमी के आसपास समूहबद्ध हुए। तीन "स्कूल गांव" और तीन "मिशन"गाँव" 1960 में अस्तित्व में थे।

एक परोपकारी साहसी, हेरोल्ड बेकर फर्नांडीज (उपनाम "पेरू"), जिन्होंने 1963 में एम्बेरा के साथ रहना शुरू किया, एम्बेरा और वूनान तरीकों को अपनाया, एक अंदरूनी सूत्र के दृष्टिकोण से उनकी संस्कृति को सीखा, और उन्हें भूमि अधिकार सुरक्षित करने के बारे में सिखाया। उन्होंने उन्हें सलाह दी कि, गांव बनाकर, वे शिक्षकों, स्कूलों और चिकित्सा आपूर्ति के लिए सरकार से याचिका दायर कर सकते हैं। उन्होंने उन्हें बताया कि अधिक प्रभावी क्षेत्रीय नियंत्रण के माध्यम से, वे कॉमरका प्राप्त कर सकते हैं, या कुना जैसा अर्धस्वायत्त राजनीतिक जिला, भूमि और संसाधनों पर स्वदेशी अधिकारों की गारंटी देता है। एक "गांव मॉडल", जिसमें एक स्कूलहाउस, शिक्षक छात्रावास, मीटिंग हॉल और छप्पर वाले छत वाले घरों के बीच गांव की दुकान है, जो डेरियन में फैली हुई है; द्वारा 1968, वहाँ बारह एम्बेरा गाँव थे। जनरल उमर टोरिजोस की सरकार ने इन पहलों का समर्थन किया, जिसने भारतीयों को अपनी राजनीतिक संरचना को परिभाषित करने के लिए प्रोत्साहित किया। एक नियुक्त कुना प्रमुख ( कैसीक ) ने कुना राजनीतिक मॉडल पेश किया ( कैसिकिस्मो ) को पहले प्रमुखों के रूप में चुना गया था। अगले दो वर्षों में अतिरिक्त अठारह गांवों का गठन किया गया, और 1970 में डेरियन एम्बेरा और वूनान ने औपचारिक रूप से एक नए राजनीतिक संगठन को अपनाया जिसमें प्रमुख, कांग्रेस और ग्राम नेता शामिल थे, जो कुना प्रणाली के अनुरूप थे। 1980 तक डेरियन में पचास गाँव बन चुके थे और अन्य गाँव विकसित हो चुके थेमध्य पनामा.

एम्बेरा और वूनान को 1983 में कॉमरका का दर्जा प्राप्त हुआ। कोमरका एम्बेरा - जिसे स्थानीय रूप से "एम्बरा ड्रुआ" कहा जाता है - डेरियन, सांबू और सेमाको में दो अलग-अलग जिलों से मिलकर बना है, जो सांबू और चुकुनाके के 4,180 वर्ग किलोमीटर क्षेत्र को कवर करते हैं। तुइरा बेसिन. कुछ स्पैनिश भाषी अश्वेत बचे हैं, लेकिन जिले के भीतर केवल एक छोटा गैर-भारतीय शहर है। आज एम्बेरा ड्रूआ में चालीस गाँव और 8,000 से अधिक स्वदेशी निवासी हैं (83 प्रतिशत एम्बेरा, 16 प्रतिशत वूनान, और 1 प्रतिशत अन्य)।