Nie ma pewności, czy Emberá i Wounaan żyli w Ameryce Środkowej w czasach przedhiszpańskich. Region Darién we wschodniej Panamie był terytorium Kuna od końca XVI do XVIII wieku. To tam Hiszpanie założyli El Real w 1600 roku, aby chronić szlak w górę rzeki z kopalni złota Cana, niegdyś podobno najbogatszych w obu Amerykach. Inny fort byłW 1638 r. misjonarz Fray Adrián de Santo Tomás pomógł w skupieniu rozproszonych rodzin Kuna w wioskach Pinogana, Capetí i Yaviza. Kuna opierali się hiszpańskim żądaniom, aby pracowali w kopalniach i walczyli, czasem u boku piratów, aby zniszczyć osady misji w 1700 roku.Hiszpanie zaciągnęli do kontrofensywy "Chocó" (z ich przerażającymi strzelbami) i czarnych najemników; Kuna zostali zepchnięci na tereny Darién i rozpoczęli historyczną migrację przez podział kontynentalny do wybrzeża San Blas. W rezultacie wysiłki kolonizacyjne zakończyły się niepowodzeniem, a Hiszpanie rozebrali swoje forty i opuścili region pod koniec XVIII wieku.

Emberá zaczęli osiedlać się w Darién pod koniec XVIII wieku, a na początku XX wieku zajęli większość dorzecza. Niektórzy Europejczycy ostatecznie przesiedlili się tam, tworząc nowe miasta, które są obecnie zdominowane przez hiszpańskojęzycznych Murzynów. Emberá osiedlili się z dala od tych miast i dwóch pozostałych obszarów Kuna. Emberá znaleźli się tak daleko na zachód, jak drenaż kanałów do lat 50. XX wieku. Rodziny Wounaanwkroczył do Panamy w latach czterdziestych.

Życie Emberá i Wounaan zmieniło się dramatycznie w Panamie w połowie XX wieku. Pragnienie zachodnich produktów doprowadziło ich do gospodarki pieniężnej. Handlowali z czarnymi, hiszpańskojęzycznymi biznesmenami, wymieniając plony i produkty leśne na gotówkę. Wśród setek wytwarzanych obecnie towarów ważne są maczety, siekiery, garnki i patelnie, karabiny, naboje i tkaniny. Organizacja wioskiStarszyzna Emberá zwróciła się z petycją do rządu krajowego o zapewnienie nauczycieli dla ich sektorów rzecznych, a szkoły zostały założone w Pulida, Río Tupisa, w 1953 r. i w Naranjal, Río Chico, w 1956 r. Początkowo "wioski" były po prostu kilkoma gospodarstwami domowymi skupionymi wokół domów szkolnych krytych strzechą. Trwała działalność misyjna rozpoczęła się mniej więcej w tym samym czasie.Mennonici, sponsorowani przez panamskie Ministerstwo Edukacji, rozpoczęli program alfabetyzacji, mający na celu utrwalenie języków Emberá i Wounaan, aby stworzyć tłumaczenia materiałów religijnych, za pomocą których można nauczać Indian. Rodziny indiańskie zgrupowały się wokół domów misyjnych w Lucas w 1954 r. i El Mamey na Río Jaqué w 1956 r. W 1960 r. istniały trzy "wioski szkolne" i trzy "wioski misyjne".

Filantropijny poszukiwacz przygód, Harold Baker Fernandez (pseudonim "Peru"), który zaczął mieszkać z Emberá w 1963 roku, przyjął zwyczaje Emberá i Wounaan, poznał ich kulturę z perspektywy wtajemniczonego i nauczył ich zabezpieczania praw do ziemi. Doradził im, że tworząc wioski, mogą składać petycje do rządu o nauczycieli, szkoły i środki medyczne. Dzięki bardziej efektywnemukontroli terytorialnej, powiedział im, że mogą uzyskać comarca, lub półautonomiczny okręg polityczny, podobnie jak Kuna, gwarantujący rdzennym mieszkańcom prawa do ziemi i zasobów. "Model wioski", ze szkołą, akademikiem dla nauczycieli, salą spotkań i wiejskim sklepem pośród domów krytych strzechą, rozprzestrzenił się w Darién; do 1968 r. istniało dwanaście wiosek Emberá. Rząd generała Omara Torrijosa wspierał te inicjatywy, które zachęcały Indian doMianowany wódz Kuna ( cacique ) wprowadził model polityczny Kuna ( caciquismo W ciągu następnych dwóch lat utworzono dodatkowe osiemnaście wiosek, a w 1970 r. Darién Emberá i Wounaan formalnie przyjęli nową organizację polityczną, która obejmowała wodzów, kongresy i przywódców wiosek, wzorowaną na systemie Kuna. Do 1980 r. w Darién powstało pięćdziesiąt wiosek, a inne rozwinęły się w kierunku środkowej Panamy.

Emberá i Wounaan otrzymali status comarca w 1983 r. Comarca Emberá - lokalnie nazywana "Emberá Drua" - składa się z dwóch oddzielnych dystryktów w Darién, Sambú i Cemaco, które obejmują 4 180 kilometrów kwadratowych dorzecza Sambú i Chucunaque-Tuira. Niektórzy hiszpańskojęzyczni Murzyni pozostali, ale tylko jedno małe nieindiańskie miasto znajduje się w obrębie dystryktu. Dziś Emberá Drua ma czterdzieści wiosek i ponad 8 000 mieszkańców.rdzennych mieszkańców (83% Emberá, 16% Wounaan i 1% innych).