On ne sait pas si des locuteurs emberá et wounaan vivaient en Amérique centrale à l'époque préhispanique. La région du Darién, à l'est du Panama, était un territoire kuna entre la fin du XVIe siècle et le XVIIIe siècle. C'est là que les Espagnols ont établi El Real en 1600 pour protéger la route en amont des mines d'or de Cana, qui auraient été les plus riches des Amériques. Un autre fort a été construit à l'époque.En 1638, le missionnaire Fray Adrián de Santo Tomás a aidé à regrouper des familles kuna dispersées dans des villages à Pinogana, Capetí et Yaviza. Les Kuna ont résisté aux demandes espagnoles de travailler dans les exploitations minières et se sont battus, parfois aux côtés de pirates, pour détruire les établissements des missions au cours des années 1700.Les Espagnols enrôlèrent des "Chocó" (avec leurs redoutables sarbacanes) et des mercenaires noirs dans la contre-offensive ; les Kuna furent repoussés dans l'arrière-pays du Darién et commencèrent leur migration historique à travers la ligne de partage des eaux vers la côte de San Blas. En conséquence, l'effort de colonisation échoua, et les Espagnols démantelèrent leurs forts et quittèrent la région à la fin du dix-huitième siècle.

Les Emberá ont commencé à s'installer dans le Darién à la fin du XVIIIe siècle et, au début des années 1900, ils occupaient la plupart des bassins fluviaux. Certains Européens ont fini par s'y réinstaller, formant de nouvelles villes, aujourd'hui dominées par des Noirs hispanophones. Les Emberá se sont installés à l'écart de ces villes et des deux zones kuna restantes. Dans les années 1950, on trouvait des Emberá aussi loin à l'ouest que le canal de drainage. Familles wounaanavait pénétré au Panama dans les années 1940.

La vie des Emberá et des Wounaan a radicalement changé au Panama au milieu du vingtième siècle. La soif de produits occidentaux les a amenés à pratiquer l'économie de marché. Ils ont fait du commerce avec des hommes d'affaires noirs hispanophones, échangeant des récoltes et des produits forestiers contre de l'argent. Parmi les centaines de produits manufacturés désormais importants, on trouve des machettes, des pointes de hache, des casseroles, des fusils, des balles et des tissus. Organisation du villageLes anciens Emberá ont demandé au gouvernement national de fournir des enseignants pour leurs secteurs fluviaux, et des écoles ont été créées à Pulida, Río Tupisa, en 1953 et à Naranjal, Río Chico, en 1956. Au début, les "villages" n'étaient que quelques foyers regroupés autour de maisons-écoles au toit de chaume. L'activité missionnaire soutenue a commencé à peu près à la même époque.Les mennonites, parrainés par le ministère de l'éducation du Panama, ont lancé un programme d'alphabétisation visant à enregistrer les langues emberá et wounaan afin de produire des traductions de documents religieux destinés à l'enseignement des Indiens. Les familles indiennes se sont regroupées autour des maisons missionnaires de Lucas en 1954 et d'El Mamey sur le Río Jaqué en 1956. Trois "villages-écoles" et trois "villages-missions" existaient en 1960.

Un aventurier philanthrope, Harold Baker Fernandez (surnommé "Peru"), qui a commencé à vivre avec les Emberá en 1963, a adopté les coutumes des Emberá et des Wounaan, a appris leur culture du point de vue d'un initié et leur a enseigné comment garantir les droits fonciers. Il leur a expliqué qu'en formant des villages, ils pouvaient demander au gouvernement de leur fournir des enseignants, des écoles et des fournitures médicales. Grâce à une plus grande efficacité, les Emberá et les Wounaan ont été en mesure d'améliorer leurs conditions de vie.contrôle territorial, il leur a dit qu'ils pourraient obtenir une comarca, Le gouvernement du général Omar Torrijos a soutenu ces initiatives, qui ont encouragé les Indiens à s'engager dans la voie de l'intégration sociale et économique. Le gouvernement du général Omar Torrijos a soutenu ces initiatives, qui ont encouragé les Indiens à s'engager dans la voie de l'intégration sociale et économique, qui ont encouragé les Indiens à s'engager dans la voie de l'intégration sociale et économique, qui ont encouragé les Indiens à s'engager dans la voie de l'intégration sociale et économique, qui ont encouragé les Indiens à s'engager dans la voie de l'intégration sociale et économique, qui ont encouragé les Indiens à s'engager dans la voie de l'intégration sociale et économique.Un chef kuna nommé ( cacique ) a introduit le modèle politique kuna ( caciquismo Dix-huit autres villages ont été créés au cours des deux années suivantes et, en 1970, les Emberá et les Wounaan du Darién ont officiellement adopté une nouvelle organisation politique comprenant des chefs, des congrès et des dirigeants de village, inspirée du système kuna. En 1980, cinquante villages avaient été créés dans le Darién et d'autres s'étaient développés en direction du centre du Panama.

Les Emberá et les Wounaan ont reçu le statut de comarca en 1983. La comarca Emberá - appelée localement "Emberá Drua" - se compose de deux districts distincts à Darién, Sambú et Cemaco qui couvrent 4 180 kilomètres carrés des bassins de Sambú et de Chucunaque-Tuira. Il reste quelques Noirs hispanophones, mais seule une petite ville non indienne se trouve dans le district. Aujourd'hui, Emberá Drua compte quarante villages et plus de 8 000 habitants.habitants autochtones (83 % d'Emberá, 16 % de Wounaan et 1 % d'autres).