Nu se știe sigur dacă vorbitori de emberá și wounaan au trăit în America Centrală în perioada prehispanică. Regiunea Darién din estul Panama a fost teritoriu Kuna între sfârșitul secolului al XVI-lea și secolul al XVIII-lea. Acolo spaniolii au înființat El Real în 1600 pentru a proteja ruta în amonte de minele de aur Cana, care se spune că erau cele mai bogate din America. Un alt fort a fostÎn 1638, misionarul Fray Adrián de Santo Tomás a ajutat la aglomerarea familiilor Kuna dispersate în sate la Pinogana, Capetí și Yaviza. Kuna au rezistat cererilor spaniolilor de a lucra în operațiunile miniere și au luptat, uneori alături de pirați, pentru a distruge așezările misionare în anii 1700.Spaniolii au înrolat mercenari "Chocó" (cu temutele lor sarbacane) și negri în contraofensivă; Kuna au fost împinși în ținuturile din spatele Darién și au început migrația lor istorică peste linia de demarcație continentală spre coasta San Blas. Ca urmare, efortul de colonizare a eșuat, iar spaniolii și-au demontat fortărețele și au părăsit regiunea la sfârșitul secolului al XVIII-lea.

Emberá au început să se stabilească în Darién la sfârșitul secolului al XVIII-lea, iar la începutul anilor 1900 ocupaseră majoritatea bazinelor fluviale. Unii europeni s-au reinstalat în cele din urmă acolo, formând noi orașe, care acum sunt dominate de negri vorbitori de spaniolă. Emberá s-au așezat departe de aceste orașe și de cele două zone Kuna rămase. Emberá au fost găsiți până în vest, până la canalul de drenaj, în anii 1950. Familiile Wounaana intrat în Panama în anii 1940.

Viața Emberá și Wounaan s-a schimbat dramatic în Panama la mijlocul secolului al XX-lea. Dorința de a obține produse occidentale i-a adus în economii de numerar. Au făcut comerț cu oameni de afaceri negri, vorbitori de limbă spaniolă, schimbând recolte și produse forestiere pentru bani. Printre sutele de produse manufacturate care acum sunt importante se numără macete, capete de topor, oale și tigăi, puști, gloanțe și țesături. Organizarea satuluia apărut din nevoia de a vorbi spaniola cu acești străini. Bătrânii Emberá au cerut guvernului național să furnizeze profesori pentru sectoarele lor riverane, iar școlile au fost înființate la Pulida, Río Tupisa, în 1953 și la Naranjal, Río Chico, în 1956. Inițial, "satele" erau doar câteva gospodării grupate în jurul unor școli cu acoperiș de paie. Activitatea misionară susținută a început cam în același timpMenoniții, sponsorizați de Ministerul Educației din Panama, au început un program de alfabetizare menit să înregistreze limbile emberá și wounaan pentru a produce traduceri ale materialelor religioase cu care să-i învețe pe indieni. Familiile indiene s-au grupat în jurul caselor misionare de la Lucas în 1954 și El Mamey, pe Río Jaqué, în 1956. În 1960 existau trei "sate școală" și trei "sate de misiune".

Un aventurier filantropic, Harold Baker Fernandez (poreclit "Peru"), care a început să trăiască cu Emberá în 1963, a adoptat obiceiurile Emberá și Wounaan, a învățat cultura lor din perspectiva unei persoane din interior și i-a învățat cum să își asigure drepturile asupra terenurilor. El i-a sfătuit că, prin formarea de sate, ar putea cere guvernului profesori, școli și medicamente. Prin intermediul unorcontrolul teritorial, le-a spus, ar putea obține un comarca, sau un district politic semiautonom, așa cum au avut Kuna, garantând drepturile indigenilor la pământ și resurse. Un "model de sat", cu o școală, un dormitor pentru profesori, o sală de ședințe și un magazin sătesc printre casele cu acoperiș de paie, s-a răspândit în Darién; până în 1968, existau douăsprezece sate Emberá. Guvernul generalului Omar Torrijos a sprijinit aceste inițiative, care i-au încurajat pe indieni săîși definesc propria structură politică. Un șef Kuna numit ( cacique ) a introdus modelul politic Kuna ( caciquismo În următorii doi ani, s-au format încă 18 sate, iar în 1970, Emberá și Wounaan din Darién au adoptat oficial o nouă organizație politică care includea șefi, congrese și lideri de sate, după modelul sistemului Kuna. Până în 1980, în Darién s-au format 50 de sate, iar altele s-au dezvoltat în direcția Panama central.

Emberá și Wounaan au primit statutul de comarca în 1983. Comarca Emberá - numită local "Emberá Drua" - este formată din două districte separate în Darién, Sambú și Cemaco, care acoperă 4.180 de kilometri pătrați din bazinele Sambú și Chucunaque-Tuira. În districtul Emberá Drua au rămas câțiva negri vorbitori de spaniolă, dar în cadrul districtului există doar un mic oraș neindian. În prezent, Emberá Drua are patruzeci de sate și peste 8.000 de locuitori.locuitori indigeni (83 la sută Emberá, 16 la sută Wounaan și 1 la sută alții).