Không rõ liệu những người nói tiếng Emberá và Wounaan có sống ở Trung Mỹ trong thời kỳ tiền gốc Tây Ban Nha hay không. Vùng Darién ở phía đông Panama là lãnh thổ của Kuna từ cuối thế kỷ XVI đến thế kỷ XVIII. Chính tại đó, người Tây Ban Nha đã thành lập El Real vào năm 1600 để bảo vệ tuyến đường thượng nguồn khỏi các mỏ vàng Cana, từng được cho là giàu có nhất ở châu Mỹ. Một pháo đài khác được xây dựng gần cửa sông Río Sabanas và các khu định cư khai thác sa khoáng nhỏ được phát triển ở những nơi khác. Năm 1638, nhà truyền giáo Fray Adrián de Santo Tomás đã giúp tập hợp các gia đình Kuna phân tán vào các làng ở Pinogana, Capetí và Yaviza. Người Kuna chống lại yêu cầu của Tây Ban Nha rằng họ phải làm việc trong các hoạt động khai thác mỏ và chiến đấu, đôi khi cùng với cướp biển, để phá hủy các khu định cư của sứ mệnh trong những năm 1700. Người Tây Ban Nha đã chiêu mộ "Chocó" (với khẩu súng ngắn đáng sợ của họ) và lính đánh thuê Da đen trong cuộc phản công; người Kuna bị đẩy vào vùng đất phía sau Darién và bắt đầu cuộc di cư lịch sử của họ qua đường phân chia lục địa đến bờ biển San Blas. Kết quả là, nỗ lực thuộc địa hóa đã thất bại, và người Tây Ban Nha đã dỡ bỏ pháo đài của họ và rời khỏi khu vực vào cuối thế kỷ thứ mười tám.

Emberá bắt đầu định cư tại Darién vào cuối thế kỷ 18 và đến đầu những năm 1900 đã chiếm hầu hết các lưu vực sông. Một số người châu Âu cuối cùng đã tái định cư ở đó, thành lập các thị trấn mới, hiện đang bị chi phối bởingười da đen nói tiếng Tây Ban Nha. Người Emberá định cư cách xa những thị trấn này và hai khu vực Kuna còn sót lại. Emberá đã được tìm thấy xa về phía tây như hệ thống thoát nước của kênh đào vào những năm 1950. Các gia đình Wounaan đã đến Panama trong những năm 1940.

Cuộc sống của Emberá và Wounaan ở Panama đã thay đổi đáng kể vào giữa thế kỷ XX. Mong muốn các sản phẩm phương Tây đã đưa họ vào nền kinh tế tiền mặt. Họ giao dịch với các doanh nhân da đen nói tiếng Tây Ban Nha, trao đổi cây trồng và lâm sản để lấy tiền mặt. Trong số hàng trăm mặt hàng được sản xuất hiện nay, quan trọng là dao rựa, đầu rìu, xoong nồi, súng trường, đạn và vải. Tổ chức làng bắt nguồn từ nhu cầu nói tiếng Tây Ban Nha với những người bên ngoài này. Những người lớn tuổi ở Emberá đã kiến ​​nghị chính phủ quốc gia cung cấp giáo viên cho các khu vực ven sông của họ, và các trường học được thành lập tại Pulida, Río Tupisa, vào năm 1953 và tại Naranjal, Río Chico, vào năm 1956. Ban đầu, "làng" chỉ đơn giản là một vài hộ gia đình quây quần bên mái tranh. những ngôi trường mái tôn. Hoạt động truyền giáo được duy trì bắt đầu vào khoảng thời gian đó. Mennonites, được tài trợ bởi Bộ Giáo dục Panama, đã bắt đầu một chương trình xóa mù chữ được thiết kế để ghi lại các ngôn ngữ Emberá và Wounaan để tạo ra các bản dịch tài liệu tôn giáo để dạy cho người da đỏ. Các gia đình Ấn Độ tụ tập quanh các ngôi nhà truyền giáo tại Lucas vào năm 1954 và El Mamey trên Río Jaqué vào năm 1956. Ba "làng trường học" và ba "khu truyền giáo"làng" tồn tại vào năm 1960.

Một nhà thám hiểm từ thiện, Harold Baker Fernandez (biệt danh "Peru"), người bắt đầu sống với Emberá vào năm 1963, đã áp dụng cách thức của Emberá và Wounaan, tìm hiểu văn hóa của họ từ quan điểm của người trong cuộc và dạy họ về việc đảm bảo quyền về đất đai. Ông khuyên họ rằng, bằng cách thành lập các làng, họ có thể kiến ​​nghị chính phủ cấp giáo viên, trường học và vật tư y tế. Thông qua việc kiểm soát lãnh thổ hiệu quả hơn, ông nói với họ, họ có thể nhận được comarca, hoặc khu chính trị bán tự trị, như Kuna đã có, đảm bảo các quyền của người bản địa đối với đất đai và tài nguyên. Năm 1968, có 12 làng Emberá. Chính phủ của Tướng Omar Torrijos ủng hộ những sáng kiến ​​này, khuyến khích người da đỏ xác định cấu trúc chính trị của riêng họ. Một thủ lĩnh Kuna được bổ nhiệm ( cacique ) đã giới thiệu mô hình chính trị Kuna ( caciquismo ) với tư cách là thủ lĩnh đầu tiên được chọn. Thêm mười tám ngôi làng được thành lập trong hai năm tiếp theo, và vào năm 1970, Darién Emberá và Wounaan chính thức áp dụng một tổ chức chính trị mới bao gồm các thủ lĩnh, đại hội và trưởng làng, theo khuôn mẫu của hệ thống Kuna. Đến năm 1980, năm mươi ngôi làng đã được hình thành ở Darién và những ngôi làng khác phát triển theo hướngtrung tâm Pa-na-ma.

Emberá và Wounaan nhận được quy chế comarca vào năm 1983. Comarca Emberá—tên địa phương là "Emberá Drua"—gồm hai quận riêng biệt ở Darién, Sambú và Cemaco bao phủ 4.180 km2 của Sambú và Chucunaque- lưu vực Tuira. Một số người da đen nói tiếng Tây Ban Nha vẫn còn, nhưng chỉ có một thị trấn nhỏ không phải người da đỏ nằm trong huyện. Ngày nay Emberá Drua có 40 ngôi làng và hơn 8.000 cư dân bản địa (83% Emberá, 16% Wounaan và 1% khác).