Неизвесно је да ли су говорници Ембера и Воунаан живели у Централној Америци током пре-Хиспанских времена. Регион Даријен у источној Панаме био је територија Куне између касног шеснаестог и осамнаестог века. Ту су Шпанци основали Ел Реал 1600. године како би заштитили узводну руту од рудника злата у Кани, некада наводно најбогатијих у Америци. Још једна тврђава је изграђена у близини ушћа Рио Сабанас, а мала насеља за рударење су се развила на другим местима. Године 1638. мисионар фрај Адријан де Санто Томас помогао је да се агломерирају расељене породице Куна у села у Пиногани, Капети и Јавизи. Куне су се одупрле шпанским захтевима да раде у рударским операцијама и бориле су се, понекад заједно са пиратима, да униште насеља мисија током 1700-их. Шпанци су у контраофанзиву ангажовали "Чоко" (са својим пухачима) и црне плаћенике; Куне су потиснуте у залеђе Даријена и започеле су своју историјску миграцију преко континенталне поделе до обале Сан Бласа. Као резултат тога, покушај колонизације је пропао, а Шпанци су демонтирали своје тврђаве и напустили регион крајем осамнаестог века.

Ембера је почела да насељава Даријен крајем осамнаестог века, а до раних 1900-их је заузела већину речних сливова. Неки Европљани су се на крају тамо населили, формирајући нове градове, којима сада доминирајуЦрнци који говоре шпански. Ембера су се населили даље од ових градова и два преостала подручја Куне. Ембера је пронађена чак на западу до одводње канала до 1950-их. Породице Воунаан ушле су у Панаму током 1940-их.

Живот Ембера и Воунаан се драматично променио у Панами средином двадесетог века. Жеља за западним производима довела их је у готовинске економије. Трговали су са црним бизнисменима који говоре шпански, мењајући усеве и шумске производе за готовину. Међу стотинама произведених производа који су сада важни су мачете, главе секира, лонци и тигањи, пушке, меци и тканина. Организација села је настала из потребе да се прича шпански са овим странцима. Старешине Ембера су поднеле петицију националној влади да обезбеди наставнике за њихове речне секторе, а школе су основане у Пулиди, Рио Туписа, 1953. и у Наранхалу, Рио Чико, 1956. У почетку су „села“ била само неколико домаћинстава груписаних око сламе. наткривене школске зграде. Отприлике у исто време почела је стална мисионарска активност. Менонити, спонзорисани од стране Министарства просвете Панаме, започели су програм описмењавања који је осмишљен за снимање језика Ембера и Воунаан како би се произвели преводи верских материјала помоћу којих би се Индијанци подучавали. Индијске породице груписане око мисионарских домова у Лукасу 1954. и Ел Мамеју на Рио Јакеу 1956. Три „школска села“ и три „мисијесела“ постојала 1960.

Филантропски авантуриста, Харолд Бакер Фернандез (надимак „Перу“), који је почео да живи са Ембера 1963. године, усвојио је начине Ембера и Воунаан, научио њихову културу из перспективе инсајдера и учио их о обезбеђивању права на земљиште. Саветовао их је да, формирањем села, могу да поднесу петицију влади за наставнике, школе и санитет. Кроз ефикаснију територијалну контролу, рекао им је, могли би да добију цомарца, или полуаутономни политички дистрикт, какав је имала Куна, који гарантује аутохтоно право на земљу и ресурсе. „Модел села“, са школском кућом, студентским домом, салом за састанке и сеоском продавницом усред кућа са сламнатим кровом, раштрканим широм Даријена; 1968. постојало је дванаест села Ембера. Влада генерала Омара Торијеса је подржала ове иницијативе, које су охрабриле Индијанце да дефинишу сопствену политичку структуру. Именовани поглавица Куне ( цацикуе ) увео је Куна политички модел ( цацикуисмо ) као први поглавице изабрани су. У наредне две године формирано је додатних осамнаест села, а 1970. Даријен Ембера и Воунаан су формално усвојили нову политичку организацију која је садржала поглавице, конгресе и сеоске вође, по узору на Куна систем. До 1980. у Даријену је формирано педесет села, а друга су се развила у правцуцентрална Панама.

Ембера и Воунаан су добили статус цомарца 1983. Цомарца Ембера—локално назван „Ембера Друа“—састоји се од два одвојена округа у Даријен, Самбу и Цемацо који покривају 4.180 квадратних километара Самбу и Цхуцунакуе- Туира басени. Неки црнци који говоре шпански су остали, али само један мали неиндијски град је унутар округа. Данас Ембера Друа има четрдесет села и преко 8.000 аутохтоних становника (83 посто Ембера, 16 посто Воунаан и 1 посто остали).