Bizonytalan, hogy az emberá és wounaan nyelvűek éltek-e Közép-Amerikában a spanyolok előtti időkben. A Panama keleti részén fekvő Darién régió a XVI. század vége és a XVIII. század között kuna terület volt. 1600-ban a spanyolok itt hozták létre El Realt, hogy megvédjék a kánai aranybányák felfelé vezető útvonalát, amely egykor állítólag a leggazdagabb volt Amerikában. Egy másik erődöt is építettek.a Río Sabanas torkolatának közelében épültek, másutt pedig kisebb, aszfaltbányász települések alakultak ki. 1638-ban a misszionárius Fray Adrián de Santo Tomás segített a szétszórt kuna családokat Pinogana, Capetí és Yaviza falvaiba tömöríteni. A kunák ellenálltak a spanyol követeléseknek, hogy dolgozzanak a bányászatban, és az 1700-as években - néha kalózokkal együtt - harcoltak a missziós települések elpusztításáért.A spanyolok "chocó" (a rettegett fúvófegyverekkel) és fekete zsoldosokat soroztak be az ellentámadásba; a kunákat a Darién hátországába szorították, és megkezdték történelmi vándorlásukat a kontinentális választóvonalon át a San Blas partvidékre. Ennek eredményeként a gyarmatosítási törekvés kudarcot vallott, a spanyolok pedig a XVIII. század végén lebontották erődjeiket és elhagyták a régiót.

Az emberá-k a XVIII. század végén kezdték betelepíteni Dariént, és az 1900-as évek elejére a folyómedencék nagy részét elfoglalták. Néhány európai végül új városokat alapított, amelyeket ma már spanyolul beszélő feketék uralnak. Az emberá-k ezektől a városoktól és a két megmaradt kuna területtől távolabb telepedtek le. Az emberá-k az 1950-es évekre már a csatornák lefolyásáig nyugatra is megtalálhatóak voltak. Wounaan családokaz 1940-es években lépett be Panamába.

A huszadik század közepén az emberá és wounaanok élete drámaian megváltozott Panamában. A nyugati termékek iránti vágy a pénzgazdaságba vitte őket. Fekete, spanyolul beszélő üzletemberekkel kereskedtek, terményeket és erdei termékeket cseréltek készpénzre. A több száz manufakturális termék között macséták, fejszefejek, edények, puskák, töltények és ruhák váltak fontossá. Faluszervezés.Az emberá vének kérvényezték a nemzeti kormánytól, hogy biztosítsanak tanárokat a folyóparti szektorok számára, és 1953-ban iskolákat alapítottak a Tupisa folyó melletti Puldában és 1956-ban a Chico folyó melletti Naranjalban. Kezdetben a "falvak" csupán néhány háztartásból álltak, amelyek a nádtetős iskolaházak körül csoportosultak. A tartós missziós tevékenység körülbelül ugyanebben az időben kezdődött.idő. A mennoniták a panamai Oktatási Minisztérium támogatásával írástudási programba kezdtek, amelynek célja az emberá és wounaan nyelvek rögzítése volt, hogy az indiánok tanításához szükséges vallási anyagok fordításai készüljenek. 1954-ben Lucasban és 1956-ban a Río Jaqué folyón lévő El Mameyben indián családok csoportosultak a misszionáriusok házai köré. 1960-ban három "iskolafalu" és három "missziós falu" létezett.

Egy emberbarát kalandor, Harold Baker Fernandez (becenevén "Peru"), aki 1963-ban kezdett az emberákkal élni, átvette az emberák és a wounaanok szokásait, bennfentes szemszögből ismerte meg kultúrájukat, és megtanította őket a földjogok biztosítására. Azt tanácsolta nekik, hogy falvak kialakításával kérvényezhetik a kormánytól a tanárokat, iskolákat és orvosi ellátást. A hatékonyabbterületi ellenőrzés, azt mondta nekik, hogy talán kapnak egy comarca, vagy félautonóm politikai körzetet, mint a kunáknak volt, amely garantálta az őslakosok földhöz és erőforrásokhoz való jogait. A "falumodell", amely iskolaházzal, tanári lakással, gyülekezeti teremmel és faluházzal rendelkezett a nádtetős házak között, elterjedt Dariénben; 1968-ra tizenkét emberá falu létezett. Omar Torrijos tábornok kormánya támogatta ezeket a kezdeményezéseket, amelyek arra bátorították az indiánokat, hogymeghatározzák saját politikai struktúrájukat. Egy kinevezett kuna főnök ( cacique ) bevezette a Kuna politikai modellt ( caciquismo ), mint az első főnököket választották. A következő két évben további tizennyolc falu alakult, és 1970-ben a dariéni emberá és wounaanok hivatalosan is elfogadták az új politikai szervezetet, amely a kunák rendszerének mintájára főnökökkel, kongresszusokkal és faluvezetőkkel rendelkezett. 1980-ra ötven falu alakult Dariénben, és továbbiak fejlődtek Panama központi része felé.

Az Emberá és a Wounaan 1983-ban kapta meg a comarca státuszt. Az Emberá Comarca - helyi nevén "Emberá Drua" - két különálló körzetből áll Darién, Sambú és Cemaco területén, amelyek 4180 négyzetkilométert fednek le a Sambú és a Chucunaque-Tuira medencében. Néhány spanyolul beszélő fekete maradt, de csak egy kis nem indián város található a körzetben. Ma Emberá Drua negyven falut és több mint 8.000 főt számlál.őslakosok (83 százalék emberá, 16 százalék wounaan és 1 százalék egyéb).