On epävarmaa, asuivatko Emberá- ja Wounaan-kieliset Keski-Amerikassa esihispaanisena aikana. Dariénin alue Panaman itäosassa oli Kuna-aluetta 1500-luvun lopun ja 1800-luvun välisenä aikana. Espanjalaiset perustivat sinne vuonna 1600 El Realin suojaamaan ylävirran reittiä Kanan kultakaivoksilta, jotka olivat aikoinaan Amerikan rikkaimmat. Toinen linnoitus oliRío Sabanas -joen suulle ja muualle kehittyi pieniä louhinta-asutuksia. Vuonna 1638 lähetyssaarnaaja Fray Adrián de Santo Tomás auttoi hajallaan olevien Kuna-perheiden kokoamisessa Pinoganan, Capetín ja Yavizan kyliin. Kuna-heimo vastusti espanjalaisten vaatimuksia työskennellä kaivostoiminnassa ja taisteli, joskus merirosvojen rinnalla, lähetyssaarnaajien asutusten tuhoamiseksi 1700-luvulla.Espanjalaiset värväsivät vastahyökkäykseen "Chocó"- ja mustia palkkasotureita (pelättyine puhalluspistooleineen); kunat työnnettiin Dariénin takamaille ja he aloittivat historiallisen vaelluksensa mannermaisen kuilun yli San Blasin rannikolle. Tämän seurauksena kolonisaatiopyrkimykset epäonnistuivat, ja espanjalaiset purkivat linnoituksensa ja poistuivat alueelta 1700-luvun lopulla.

Emberat alkoivat asettua Dariéniin 1700-luvun loppupuolella, ja 1900-luvun alkuun mennessä he olivat vallanneet suurimman osan jokialueista. Jotkut eurooppalaiset asettuivat lopulta uudelleen sinne ja muodostivat uusia kaupunkeja, joita nykyään hallitsevat espanjankieliset mustat. Emberat asettuivat kauemmas näistä kaupungeista ja kahdesta jäljellä olevasta Kuna-alueesta. 1950-luvulle tultaessa emberat asettuivat länteen kanavien viemäröintiin asti. Wounaan-perheetoli tullut Panamaan 1940-luvulla.

Emberá- ja wounaanien elämä muuttui dramaattisesti Panamassa 1900-luvun puolivälissä. Länsimaisten tuotteiden himo sai heidät siirtymään käteistalouteen. He kävivät kauppaa mustien, espanjankielisten liikemiesten kanssa ja vaihtoivat satoja viljelykasveja ja metsätuotteita käteiseen. Satojen nykyään tärkeiden teollisuustuotteiden joukossa on macheteita, kirveiden päitä, kattiloita ja pannuja, kivääreitä, luoteja ja kankaita. Kylien organisaatio.syntyi tarpeesta puhua espanjaa näiden ulkopuolisten kanssa. Emberá-vanhimmat pyysivät kansallista hallitusta antamaan opettajia jokialueille, ja kouluja perustettiin Puldaan, Tupisa-joen varrelle, vuonna 1953 ja Naranjaliin, Chicojoen varrelle, vuonna 1956. Aluksi "kylät" koostuivat vain muutamasta kotitaloudesta, jotka olivat ryhmittäytyneet tuohikattojen ympäröimiksi. Jatkuva lähetystoiminta alkoi samoihin aikoihin.Mennoniitit aloittivat Panaman opetusministeriön tukemana lukutaito-ohjelman, jonka tarkoituksena oli tallentaa emberá- ja wounaan-kielet, jotta voitaisiin tuottaa käännöksiä uskonnollisista aineistoista, joiden avulla intiaaneja voitaisiin opettaa. Intiaaniperheet ryhmittyivät lähetyssaarnaajien kotien ympärille Lucasissa vuonna 1954 ja El Mameyssa Jaqué-joen varrella vuonna 1956. Vuonna 1960 oli olemassa kolme "koulukylää" ja kolme "lähetyskylää".

Filantrooppinen seikkailija Harold Baker Fernandez (lempinimeltään "Peru"), joka alkoi asua emberájen kanssa vuonna 1963, omaksui emberájen ja wounaanien tavat, oppi heidän kulttuurinsa sisäpiirin näkökulmasta ja opetti heille maaoikeuksien turvaamista. Hän neuvoi heitä, että muodostamalla kyliä he voisivat anoa hallitukselta opettajia, kouluja ja lääkintätarvikkeita. Tehokkaammallaalueellinen valvonta, hän kertoi heille, he voisivat saada comarca, tai puoliautonominen poliittinen alue, kuten kunoilla oli, joka takasi alkuperäiskansojen oikeudet maahan ja luonnonvaroihin. "Kylämalli", jossa oli koulurakennus, opettajien asuntola, kokoushuone ja kyläkauppa kattorakenteisten talojen keskellä, levisi koko Dariéniin; vuoteen 1968 mennessä siellä oli kaksitoista emberá-kylää. Kenraali Omar Torrijosin hallitus tuki näitä aloitteita, jotka rohkaisivat intiaanienmäärittelevät oman poliittisen rakenteensa. Nimitetty Kuna-päällikkö ( cacique ) esitteli Kuna-poliittisen mallin ( caciquismo ) ensimmäisiksi päälliköiksi valittiin. Kahden seuraavan vuoden aikana muodostettiin kahdeksantoista kylää lisää, ja vuonna 1970 Dariénin emberá- ja wounaanit ottivat virallisesti käyttöön uuden poliittisen organisaation, johon kuului päälliköitä, kongresseja ja kyläpäälliköitä ja joka mukaili Kuna-järjestelmää. Vuoteen 1980 mennessä Dariéniin oli muodostettu viisikymmentä kylää, ja muita kehittyi Panaman keskiosien suuntaan.

Emberá ja Wounaan saivat comarca-statuksen vuonna 1983. Comarca Emberá - jota kutsutaan paikallisesti nimellä "Emberá Drua" - koostuu kahdesta erillisestä Dariénin, Sambún ja Cemacon piirikunnasta, jotka kattavat 4180 neliökilometriä Sambún ja Chucunaque-Tuira-altaan alueella. Joitakin espanjankielisiä mustaihoisia on jäljellä, mutta piirikunnan alueella on vain yksi pieni ei-intiaanien kaupunki. Nykyään Emberá Druassa on neljäkymmentä kylää ja yli 8 000alkuperäisasukkaita (83 prosenttia Emberá, 16 prosenttia Wounaan ja 1 prosentti muita).