Dit is onseker of Emberá- en Wounaan-sprekendes in Sentraal-Amerika gedurende die pre-Spaanse tye gewoon het. Die Darién-streek van oostelike Panama was Kuna-gebied tussen die laat sestiende eeu en agtiende eeu. Dit was daar dat die Spanjaarde El Real in 1600 gestig het om die rivier-op-roete te beskerm teen die Kana-goudmyne, eens na bewering die rykste in die Amerikas. Nog 'n fort is naby die monding van die Río Sabanas gebou en klein plaser-mynnedersettings het elders ontwikkel. In 1638 het die sendeling Fray Adrián de Santo Tomás gehelp om verspreide Kuna-families in dorpe by Pinogana, Capetí en Yaviza te agglomereer. Die Kuna het Spaanse eise teengestaan ​​dat hulle in mynbedrywighede moet werk en het, soms saam met seerowers, geveg om sendingnedersettings gedurende die 1700's te vernietig. Die Spanjaarde het "Chocó" (met hul gevreesde blaasgewere) en Swart huursoldate in die teenoffensief ingespan; die Kuna is in die Darién-agterlande ingedruk en het hul historiese migrasie oor die kontinentale skeiding na die San Blas-kus begin. As gevolg hiervan het die kolonisasiepoging misluk, en die Spanjaarde het hul forte afgebreek en die streek in die laat agtiende eeu verlaat.

Emberá het Darién gedurende die laat agtiende eeu begin vestig, en het teen die vroeë 1900's die meeste van die rivierbekken beset. Sommige Europeërs het hulle uiteindelik daar hervestig en nuwe dorpe gevorm, wat nou oorheers wordSpaanssprekende Swartes. Die Emberá het hulle weg van hierdie dorpe en die twee oorblywende Kuna-gebiede gevestig. Emberá is teen die 1950's so ver wes as die kanaaldreinering gevind. Wounaan-gesinne het Panama gedurende die 1940's binnegekom.

Emberá en Wounaan se lewe het dramaties verander in Panama gedurende die middel van die twintigste eeu. Die begeerte na Westerse produkte het hulle in kontantekonomieë gebring. Hulle het handel gedryf met Swart, Spaanssprekende sakemanne en oeste en bosprodukte vir kontant verruil. Onder die honderde vervaardigde goedere wat nou belangrik is, is kapmes, bylkoppe, potte en panne, gewere, koeëls en lap. Dorpsorganisasie het ontstaan ​​uit die behoefte om Spaans met hierdie buitestanders te praat. Ouderlinge van Emberá het die nasionale regering versoek om onderwysers vir hul riviersektore te voorsien, en skole is in Pulida, Río Tupisa, in 1953 en by Naranjal, Río Chico, in 1956 gestig. Aanvanklik was "dorpies" bloot 'n paar huishoudings wat rondom grasdak gegroepeer was. onderdak skoolhuise. Volgehoue ​​sendingaktiwiteit het omtrent dieselfde tyd begin. Mennoniete, geborg deur Panama se Ministerie van Onderwys, het 'n geletterdheidsprogram begin wat ontwerp is om die Emberá- en Wounaan-tale op te teken om vertalings van godsdienstige materiaal te produseer waarmee die Indiane onderrig kan word. Indiese gesinne het in 1954 rondom sendinghuise by Lucas en El Mamey aan die Río Jaqué in 1956 gegroepeer. Drie "skooldorpies" en drie "sendingdorpe" het in 1960 bestaan.

'n Filantropiese avonturier, Harold Baker Fernandez (met die bynaam "Peru"), wat in 1963 by die Emberá begin woon het, het Emberá- en Wounaan-maniere aangeneem, hul kultuur vanuit 'n insider se perspektief geleer, en het hulle geleer oor die verkryging van grondregte. Hy het hulle aangeraai dat, deur dorpe te vorm, hulle die regering kon petisie vir onderwysers, skole en mediese voorrade. Deur meer effektiewe territoriale beheer, het hy vir hulle gesê, kan hulle 'n comarca kry, of semi-outonome politieke distrik, soos die Kuna gehad het, wat inheemse regte op grond en hulpbronne waarborg. 'n "Dorpsmodel," met 'n skoolhuis, onderwyserskoshuis, vergadersaal en dorpswinkel te midde van grasdakhuise, versprei oor Darién; deur 1968, was daar twaalf Emberá-dorpe. Die regering van Generaal Omar Torrijos het hierdie inisiatiewe ondersteun, wat die Indiërs aangemoedig het om hul eie politieke struktuur te definieer. 'n Aangestelde Kuna-hoof ( cacique ) het die Kuna politieke model bekendgestel ( caciquismo ) aangesien die eerste hoofmanne gekies is. 'n Bykomende agtien dorpe is oor die volgende twee jaar gevorm, en in 1970 het die Darién Emberá en Wounaan formeel 'n nuwe politieke organisasie aangeneem wat hoofmanne, kongresse en dorpsleiers bevat, volgens die Kuna-stelsel. Teen 1980 is vyftig dorpe in Darién gevorm en ander het ontwikkel in die rigting vansentraal Panama.

Die Emberá en Wounaan het comarca-status in 1983 ontvang. Die Comarca Emberá—plaaslik "Emberá Drua" genoem—bestaan ​​uit twee afsonderlike distrikte in Darién, Sambú en Cemaco wat 4 180 vierkante kilometer van die Sambú en Chucunaque beslaan. Tuira wasbakke. Sommige Spaanssprekende Swartes bly oor, maar slegs een klein nie-Indiese dorpie is binne die distrik. Vandag het Emberá Drua veertig dorpe en meer as 8 000 inheemse inwoners (83 persent Emberá, 16 persent Wounaan en 1 persent ander).