Es ist ungewiss, ob Emberá- und Wounaan-Sprecher in vorspanischer Zeit in Mittelamerika lebten. Die Darién-Region im Osten Panamas war zwischen dem späten sechzehnten und dem achtzehnten Jahrhundert Kuna-Territorium. Dort errichteten die Spanier im Jahr 1600 El Real, um den Weg flussaufwärts von den Goldminen von Cana zu schützen, die einst die reichsten in ganz Amerika gewesen sein sollen. Ein weiteres Fort wurdein der Nähe der Mündung des Río Sabanas gebaut, und auch andernorts entstanden kleine Siedlungen für den Seifenbergbau. 1638 trug der Missionar Fray Adrián de Santo Tomás dazu bei, die verstreuten Kuna-Familien in Dörfern in Pinogana, Capetí und Yaviza zusammenzuführen. Die Kuna widersetzten sich den spanischen Forderungen, im Bergbau zu arbeiten, und kämpften, manchmal an der Seite von Piraten, um die Siedlungen der Missionare in den 1700er Jahren zu zerstören.Die Spanier zogen "Chocó" (mit ihren gefürchteten Blasrohren) und schwarze Söldner für die Gegenoffensive heran; die Kuna wurden ins Hinterland des Darién gedrängt und begannen ihre historische Wanderung über die Kontinentalscheide zur San-Blas-Küste. Infolgedessen scheiterten die Kolonisierungsbemühungen, und die Spanier bauten ihre Festungen ab und verließen die Region im späten achtzehnten Jahrhundert.

Die Emberá begannen im späten 18. Jahrhundert mit der Besiedlung des Darién und besetzten zu Beginn des 19. Jahrhunderts die meisten Flussgebiete. Einige Europäer siedelten schließlich dorthin um und gründeten neue Städte, die heute von spanischsprachigen Schwarzen dominiert werden. Die Emberá siedelten sich abseits dieser Städte und der beiden verbliebenen Kuna-Gebiete an. In den 1950er Jahren waren die Emberá bis zur Kanalisation im Westen anzutreffen. Familien Wounaanwar in den 1940er Jahren nach Panama gekommen.

Mitte des zwanzigsten Jahrhunderts veränderte sich das Leben der Emberá und Wounaan in Panama dramatisch. Der Wunsch nach westlichen Produkten brachte sie in die Bargeldwirtschaft. Sie handelten mit schwarzen, spanisch sprechenden Geschäftsleuten und tauschten Ernten und Waldprodukte gegen Bargeld ein. Zu den Hunderten von hergestellten Waren, die heute wichtig sind, gehören Macheten, Axtköpfe, Töpfe und Pfannen, Gewehre, Kugeln und Stoffe. DorforganisationDie Ältesten der Emberá baten die nationale Regierung, Lehrer für ihre Flussabschnitte zur Verfügung zu stellen, und so wurden 1953 in Pulida am Río Tupisa und 1956 in Naranjal am Río Chico Schulen gegründet. Anfangs bestanden die "Dörfer" nur aus einigen wenigen Haushalten, die sich um strohgedeckte Schulhäuser gruppierten. Eine nachhaltige Missionstätigkeit begann etwa zur gleichen ZeitDie Mennoniten begannen mit Unterstützung des panamaischen Bildungsministeriums ein Alphabetisierungsprogramm, um die Sprachen der Emberá und Wounaan zu erfassen und Übersetzungen religiöser Materialien für den Unterricht der Indianer zu erstellen. 1954 schlossen sich indianische Familien um die Missionshäuser in Lucas und 1956 in El Mamey am Río Jaqué zusammen. 1960 gab es drei "Schuldörfer" und drei "Missionsdörfer".

Der philanthropische Abenteurer Harold Baker Fernandez (Spitzname "Peru"), der seit 1963 bei den Emberá lebte, nahm die Lebensweise der Emberá und Wounaan an, lernte ihre Kultur aus der Perspektive eines Insiders kennen und lehrte sie, wie man sich Landrechte sichert. Er riet ihnen, durch die Bildung von Dörfern bei der Regierung um Lehrer, Schulen und medizinische Versorgung zu bitten. Durch effektivereterritoriale Kontrolle, sagte er ihnen, könnten sie eine comarca, oder halbautonomen politischen Distrikt, wie es die Kuna hatten, der den Eingeborenen Rechte auf Land und Ressourcen garantierte. Ein "Dorfmodell" mit einem Schulhaus, einem Lehrerwohnheim, einer Versammlungshalle und einem Dorfladen inmitten von strohgedeckten Häusern verbreitete sich im Darién; bis 1968 gab es zwölf Emberá-Dörfer. Die Regierung von General Omar Torrijos unterstützte diese Initiativen, die die Indianer dazu ermutigtenSie definieren ihre eigene politische Struktur: Ein ernannter Kuna-Häuptling ( Kakadu ) führte das politische Modell der Kuna ( caciquismo In den nächsten zwei Jahren wurden weitere achtzehn Dörfer gegründet, und 1970 nahmen die Emberá und Wounaan im Darién formell eine neue politische Organisation an, die Häuptlinge, Kongresse und Dorfvorsteher nach dem Vorbild der Kuna vorsah. 1980 waren im Darién bereits fünfzig Dörfer entstanden, und weitere entwickelten sich in Richtung Zentralpanama.

Die Emberá und Wounaan erhielten 1983 den Status einer Comarca. Die Comarca Emberá - örtlich "Emberá Drua" genannt - besteht aus zwei getrennten Bezirken in Darién, Sambú und Cemaco, die sich über 4.180 Quadratkilometer des Sambú- und Chucunaque-Tuira-Beckens erstrecken. Einige spanischsprachige Schwarze sind geblieben, aber nur eine kleine nicht-indianische Stadt befindet sich innerhalb des Bezirks. Heute hat Emberá Drua vierzig Dörfer und über 8.000indigene Einwohner (83 Prozent Emberá, 16 Prozent Wounaan und 1 Prozent andere).