Det är osäkert om emberá- och wounaan-talare levde i Centralamerika under förspansk tid. Darién-regionen i östra Panama var Kuna-område mellan slutet av 1500-talet och 1700-talet. Det var där som spanjorerna grundade El Real år 1600 för att skydda vägen uppströms från guldgruvorna i Cana, en gång enligt uppgift de rikaste i Amerika. Ett annat fort byggdesbyggdes nära Río Sabanas mynning och små gruvbyar utvecklades på andra håll. 1638 hjälpte missionären Fray Adrián de Santo Tomás till att samla spridda Kuna-familjer i byar vid Pinogana, Capetí och Yaviza. Kuna motsatte sig spanska krav på att de skulle arbeta i gruvdriften och kämpade, ibland tillsammans med pirater, för att förstöra missionsbyarna under 1700-talet.Spanjorerna värvade "Chocó" (med sina fruktade blåsrör) och svarta legosoldater till motoffensiven; Kuna drevs in i Dariéns bakland och började sin historiska vandring över kontinentklyftan till San Blas-kusten. Som ett resultat misslyckades koloniseringsförsöket och spanjorerna monterade ned sina fort och lämnade regionen i slutet av artonhundratalet.

Emberá började bosätta sig i Darién under slutet av 1700-talet och hade i början av 1900-talet ockuperat de flesta flodområdena. Vissa européer bosatte sig så småningom där och bildade nya städer, som nu domineras av spansktalande svarta. Emberá bosatte sig på avstånd från dessa städer och de två kvarvarande Kuna-områdena. På 1950-talet fanns Emberá så långt västerut som till kanalavrinningsområdet. Wounaan-familjerhade gått in i Panama under 1940-talet.

Livet för Emberá och Wounaan förändrades dramatiskt i Panama under mitten av 1900-talet. Begäret efter västerländska produkter gjorde dem till penningekonomier. De handlade med svarta, spansktalande affärsmän och bytte grödor och skogsprodukter mot kontanter. Bland de hundratals tillverkade varor som nu är viktiga finns machetes, yxhuvuden, kastruller, gevär, kulor och tyg. Byorganisationuppstod ur behovet att tala spanska med dessa utomstående. Emberás äldste bad den nationella regeringen att tillhandahålla lärare för sina flodområden, och skolor inrättades i Pulida, Río Tupisa, 1953 och i Naranjal, Río Chico, 1956. Till en början var "byarna" bara några hushåll som samlades runt skolhus med halmtak. Ihållande missionsverksamhet började ungefär samtidigt somMennoniterna, som sponsrades av Panamas utbildningsministerium, inledde ett alfabetiseringsprogram för att registrera språken emberá och wounaan, så att man kunde göra översättningar av religiöst material för att undervisa indianerna. Indianska familjer grupperade sig kring missionärshus i Lucas 1954 och El Mamey vid Río Jaqué 1956. 1960 fanns det tre "skolbyar" och tre "missionsbyar".

En filantropisk äventyrare, Harold Baker Fernandez (smeknamnet "Peru"), som började leva med Emberá 1963, antog Emberá och Wounaan sätt, lärde sig deras kultur från en insiders perspektiv och lärde dem att säkra markrättigheter. Han rådde dem att genom att bilda byar kunde de göra framställningar till regeringen om lärare, skolor och medicinsk utrustning. Genom en mer effektivterritoriell kontroll, sa han till dem, skulle de kunna få en comarca, eller semiautonomt politiskt distrikt, som Kuna hade, där ursprungsbefolkningens rättigheter till mark och resurser garanterades. En "bymodell" med skolhus, lärarbostad, möteslokal och bybutik bland hus med halmtak spreds över Darién; 1968 fanns det tolv Emberá-byar. General Omar Torrijos regering stödde dessa initiativ, som uppmuntrade indianerna attdefinierar sin egen politiska struktur. En utsedd Kuna-hövding ( kacik ) införde den politiska modellen Kuna ( Caciquismo Ytterligare arton byar bildades under de kommande två åren och 1970 antog Darién Emberá och Wounaan formellt en ny politisk organisation med hövdingar, kongresser och byledare, utformad efter Kuna-systemet. 1980 hade femtio byar bildats i Darién och andra utvecklades i riktning mot centrala Panama.

Emberá och Wounaan fick comarca-status 1983. Comarca Emberá - lokalt kallat "Emberá Drua" - består av två separata distrikt i Darién, Sambú och Cemaco som täcker 4 180 kvadratkilometer av Sambú- och Chucunaque-Tuira-bassängerna. Några spansktalande svarta finns kvar, men endast en liten icke-indiansk stad ligger inom distriktet. Idag har Emberá Drua fyrtio byar och över 8 000ursprungsbefolkning (83 procent Emberá, 16 procent Wounaan och 1 procent övriga).