Det er usikkert, om emberá- og wounaan-talere levede i Mellemamerika i førspansk tid. Darién-regionen i det østlige Panama var Kuna-territorium mellem slutningen af det 16. århundrede og det 18. århundrede. Det var her, spanierne etablerede El Real i 1600 for at beskytte ruten op ad floden fra Cana-guldminerne, der engang angiveligt var de rigeste i Amerika. Et andet fort varbygget nær udmundingen af Río Sabanas, og andre steder udviklede der sig små miner. I 1638 hjalp missionæren Fray Adrián de Santo Tomás med at samle spredte Kuna-familier i landsbyer ved Pinogana, Capetí og Yaviza. Kunaerne modsatte sig spanske krav om at arbejde i minedriften og kæmpede, nogle gange sammen med pirater, for at ødelægge missionærernes bosættelser i 1700-tallet.Spanierne hvervede "Chocó" (med deres frygtede blæsepistoler) og sorte lejesoldater til modoffensiven; Kunaerne blev skubbet ind i Dariéns bagland og begyndte deres historiske vandring over kontinentalkløften til San Blas-kysten. Som et resultat mislykkedes koloniseringsforsøget, og spanierne demonterede deres forter og forlod regionen i slutningen af det 18. århundrede.

Emberá begyndte at bosætte sig i Darién i slutningen af 1700-tallet, og i begyndelsen af 1900-tallet havde de besat det meste af flodområdet. Nogle europæere bosatte sig til sidst igen og dannede nye byer, som nu er domineret af spansktalende sorte. Emberá bosatte sig væk fra disse byer og de to tilbageværende Kuna-områder. Emberá fandtes så langt mod vest som kanalafvandingen i 1950'erne. Wounaan-familiervar gået ind i Panama i løbet af 1940'erne.

Emberá- og Wounaan-liv ændrede sig dramatisk i Panama i midten af det 20. århundrede. Ønsket om vestlige produkter bragte dem ind i pengeøkonomier. De handlede med sorte, spansktalende forretningsfolk og byttede afgrøder og skovprodukter for kontanter. Blandt de hundredvis af fremstillede varer, der nu er vigtige, er macheter, øksehoveder, gryder og pander, rifler, kugler og klæder. Landsbyorganisationudsprang af behovet for at tale spansk med disse fremmede. Emberá-ældste anmodede den nationale regering om at skaffe lærere til deres flodområder, og der blev oprettet skoler i Pulida, Río Tupisa, i 1953 og i Naranjal, Río Chico, i 1956. I begyndelsen var "landsbyerne" blot nogle få husstande, der var samlet omkring stråtækte skolehuse. Vedvarende missionsaktivitet begyndte omkring sammeMennonitterne, sponsoreret af Panamas undervisningsministerium, begyndte et alfabetiseringsprogram, der skulle registrere emberá- og wounaan-sprogene for at kunne producere oversættelser af religiøse materialer, som indianerne kunne undervises i. Indianske familier grupperede sig omkring missionærhjem i Lucas i 1954 og El Mamey ved Río Jaqué i 1956. Tre "skolelandsbyer" og tre "missionslandsbyer" eksisterede i 1960.

En filantropisk eventyrer, Harold Baker Fernandez (med kælenavnet "Peru"), som begyndte at bo hos Emberá i 1963, adopterede Emberá og Wounaan skikke, lærte deres kultur fra en insiders perspektiv og lærte dem om at sikre jordrettigheder. Han rådede dem til, at de ved at danne landsbyer kunne anmode regeringen om lærere, skoler og medicinske forsyninger. Gennem mere effektivterritorial kontrol, fortalte han dem, kunne de opnå en comarca, eller et semiautonomt politisk distrikt, som Kuna havde, der garanterede oprindelige rettigheder til jord og ressourcer. En "landsbymodel" med skole, lærerværelse, mødesal og landsbybutik blandt stråtækte huse spredte sig over Darién; i 1968 var der tolv Emberá-landsbyer. General Omar Torrijos' regering støttede disse initiativer, der opmuntrede indianerne til atEn udnævnt Kuna-høvding ( Cacique ) introducerede den politiske Kuna-model ( caciquismo Yderligere 18 landsbyer blev dannet i løbet af de næste to år, og i 1970 vedtog Darién Emberá og Wounaan formelt en ny politisk organisation med høvdinge, kongresser og landsbyledere efter Kuna-systemet. I 1980 var der blevet dannet 50 landsbyer i Darién, og andre udviklede sig i retning af det centrale Panama.

Emberá og Wounaan fik comarca-status i 1983. Comarca Emberá - lokalt kaldet "Emberá Drua" - består af to separate distrikter i Darién, Sambú og Cemaco, der dækker 4.180 kvadratkilometer af Sambú- og Chucunaque-Tuira-bækkenerne. Nogle spansktalende sorte er tilbage, men kun en lille ikke-indiansk by ligger inden for distriktet. I dag har Emberá Drua fyrre landsbyer og over 8.000indfødte indbyggere (83 procent Emberá, 16 procent Wounaan og 1 procent andre).