Tidak pasti sama ada penutur Emberá dan Wounaan tinggal di Amerika Tengah semasa zaman pra-Hispanik. Wilayah Darién di timur Panama adalah wilayah Kuna antara akhir abad keenam belas dan abad kelapan belas. Di sanalah orang Sepanyol menubuhkan El Real pada tahun 1600 untuk melindungi laluan hulu dari lombong emas Cana, yang pernah dilaporkan terkaya di benua Amerika. Satu lagi kubu dibina berhampiran muara Río Sabanas dan penempatan perlombongan placer kecil dibangunkan di tempat lain. Pada tahun 1638, mubaligh Fray Adrián de Santo Tomás membantu mengumpulkan keluarga Kuna yang tersebar ke kampung-kampung di Pinogana, Capetí, dan Yaviza. Kuna menentang tuntutan Sepanyol bahawa mereka bekerja dalam operasi perlombongan dan berjuang, kadangkala bersama lanun, untuk memusnahkan penempatan misi semasa tahun 1700-an. Orang Sepanyol menyenaraikan "Chocó" (dengan senapang yang digeruni mereka) dan tentera upahan Hitam dalam serangan balas; Kuna telah ditolak ke kawasan pedalaman Darién dan memulakan penghijrahan bersejarah mereka merentasi bahagian benua ke pantai San Blas. Akibatnya, usaha penjajahan gagal, dan orang Sepanyol membongkar kubu mereka dan meninggalkan wilayah itu pada akhir abad kelapan belas.

Emberá mula menetap Darién pada akhir abad kelapan belas, dan pada awal 1900-an telah menduduki kebanyakan lembangan sungai. Beberapa orang Eropah akhirnya menetap di sana, membentuk bandar baru, yang kini dikuasai olehHitam berbahasa Sepanyol. Orang Emberá menetap jauh dari bandar-bandar ini dan dua kawasan Kuna yang tinggal. Emberá ditemui sejauh barat sebagai saliran terusan pada tahun 1950-an. Keluarga Wounaan telah memasuki Panama pada tahun 1940-an.

Kehidupan Emberá dan Wounaan berubah secara mendadak di Panama pada pertengahan abad kedua puluh. Keinginan untuk produk Barat membawa mereka ke dalam ekonomi tunai. Mereka berdagang dengan ahli perniagaan Hitam, berbahasa Sepanyol, menukar tanaman dan hasil hutan dengan wang tunai. Antara ratusan barangan perkilangan yang kini penting ialah parang, kepala kapak, periuk dan kuali, senapang, peluru, dan kain. Organisasi kampung timbul daripada keperluan untuk bercakap bahasa Sepanyol dengan orang luar ini. Para penatua Emberá memohon kepada kerajaan negara untuk menyediakan guru bagi sektor sungai mereka, dan sekolah telah ditubuhkan di Pulida, Río Tupisa, pada tahun 1953 dan di Naranjal, Río Chico, pada tahun 1956. Pada mulanya, "kampung" hanyalah segelintir isi rumah yang berkumpul di sekitar jerami- rumah sekolah beratap. Aktiviti dakwah yang berterusan bermula pada masa yang sama. Mennonites, yang ditaja oleh Kementerian Pendidikan Panama, memulakan program celik huruf yang direka untuk merekodkan bahasa Emberá dan Wounaan supaya menghasilkan terjemahan bahan keagamaan untuk mengajar orang India. Keluarga India berkumpul di sekitar rumah mubaligh di Lucas pada tahun 1954 dan El Mamey di Río Jaqué pada tahun 1956. Tiga "kampung sekolah" dan tiga "misikampung" wujud pada tahun 1960.

Seorang pengembara dermawan, Harold Baker Fernandez (digelar "Peru"), yang mula tinggal bersama Emberá pada tahun 1963, mengamalkan cara Emberá dan Wounaan, mempelajari budaya mereka dari perspektif orang dalam, dan mengajar mereka tentang mendapatkan hak tanah. Dia menasihatkan mereka bahawa, dengan membentuk kampung, mereka boleh membuat petisyen kepada kerajaan untuk guru, sekolah, dan bekalan perubatan. Melalui kawalan wilayah yang lebih berkesan, dia memberitahu mereka, mereka mungkin mendapat comarca, atau daerah politik separa autonomi, seperti Kuna, menjamin hak orang asli ke atas tanah dan sumber. "model kampung", dengan rumah sekolah, asrama guru, dewan mesyuarat dan stor kampung di tengah-tengah rumah beratap jerami, tersebar di Darién; oleh 1968, terdapat dua belas kampung Emberá. Kerajaan Jeneral Omar Torrijos menyokong inisiatif ini, yang menggalakkan orang India untuk menentukan struktur politik mereka sendiri. Ketua Kuna yang dilantik ( cacique ) memperkenalkan model politik Kuna ( caciquismo ) sebagai ketua pertama telah dipilih. Tambahan lapan belas kampung telah dibentuk dalam tempoh dua tahun akan datang, dan pada tahun 1970 Darién Emberá dan Wounaan secara rasmi menerima pakai organisasi politik baharu yang menampilkan ketua, kongres dan pemimpin kampung, bercorak sistem Kuna. Menjelang tahun 1980, lima puluh kampung telah dibentuk di Darién dan lain-lain dibangunkan ke arahtengah Panama.

Emberá dan Wounaan menerima status comarca pada tahun 1983. Comarca Emberá—secara tempatan dipanggil "Emberá Drua"—terdiri daripada dua daerah berasingan di Darién, Sambú, dan Cemaco yang meliputi 4,180 kilometer persegi Sambú dan Chucunaque- Lembangan Tuira. Beberapa orang kulit hitam berbahasa Sepanyol kekal, tetapi hanya satu bandar kecil bukan India berada dalam daerah itu. Hari ini Emberá Drua mempunyai empat puluh kampung dan lebih 8,000 penduduk asli (83 peratus Emberá, 16 peratus Wounaan, dan 1 peratus lagi).