Ustne tradycje wszystkich ludów nilockich Afryki Wschodniej odnoszą się do północnego pochodzenia. Wśród historyków i językoznawców panuje zgoda co do tego, że równinni i górscy Nilotowie migrowali z regionu w pobliżu południowej granicy Etiopii i Sudanu na krótko przed początkiem ery chrześcijańskiej, a wkrótce potem podzielili się na odrębne społeczności. Ehret (1971) uważa, że pre-Kalenjinktórzy byli już hodowcami bydła i mieli zestawy wiekowe, żyli na wyżynach zachodniej Kenii 2000 lat temu. Przypuszczalnie ludzie ci wchłonęli inne populacje żyjące już w tym regionie. Wydaje się, że od pewnego czasu po 500 r. n.e. do około 1600 r. n.e. nastąpiła seria migracji na wschód i południe z okolic góry Elgon. Migracje były złożone i istnieją konkurencyjne teorie.o ich szczegółach.

Nandi i Kipsigis, w odpowiedzi na ekspansję Masajów, zapożyczyli od nich niektóre cechy odróżniające ich od innych Kalenjinów: zależność ekonomiczną na dużą skalę od pasterstwa, organizację wojskową i agresywne najazdy bydła oraz scentralizowane przywództwo religijno-polityczne. Rodzina, która ustanowiła urząd orkoiyot (watażka/wojownik) zarówno wśród Nandi, jak i Kipsigis, byli XIX-wieczni imigranci z Masajów. Do 1800 r. zarówno Nandi, jak i Kipsigis rozwijali się kosztem Masajów. Proces ten został zatrzymany w 1905 r. przez narzucenie brytyjskich rządów kolonialnych.

W epoce kolonialnej wprowadzono nowe uprawy/techniki i gospodarkę pieniężną (mężczyźni Kalenjin otrzymywali wynagrodzenie za służbę wojskową już podczas I wojny światowej); rozpoczęły się nawrócenia na chrześcijaństwo (Kalenjin był pierwszym językiem wschodnioafrykańskim, który miał tłumaczenie Biblii). Świadomość wspólnej tożsamości Kalenjin pojawiła się, aby ułatwić działanie jako grupa polityczno-interepo II wojnie światowej - historycznie Nandi i Kipsigis napadali na innych Kalenjinów, a także Masajów, Gusii, Luyia i Luo. Mówi się, że nazwa "Kalenjin" wywodzi się od nadawcy radiowego, który często używał tego wyrażenia (oznaczającego "mówię ci"). Podobnie "Sabaot" jest współczesnym terminem używanym do określenia tych podgrup Kalenjin, które używają "Subai" jako pozdrowienia. Nandi i Kipsigis byli wczesnymi odbiorcami poszczególnychtytuły własności ziemi (1954), z dużymi gospodarstwami według standardów afrykańskich ze względu na ich historycznie niską gęstość zaludnienia. Programy rozwoju gospodarczego były promowane w miarę zbliżania się niepodległości (1964), a następnie wielu Kalenjin z bardziej zatłoczonych obszarów przesiedliło się na farmy na dawnych White Highlands w pobliżu Kitale. Dzisiejsi Kalenjin należą do najlepiej prosperujących grup etnicznych Kenii.prezydent, Daniel arap Moi, jest Tugenem.