As tradicións orais de todos os pobos nilóticos de África oriental refírense a orixes do norte. Existe un consenso entre historiadores e lingüistas de que os nilotes das chairas e das terras altas emigraron desde unha rexión próxima á fronteira sur de Etiopía e Sudán pouco antes do comezo da era cristiá e diverxiron en comunidades separadas pouco despois. Ehret (1971) cre que os pre-Kalenjin que xa eran gandeiros e tiñan grupos de idade vivían nas terras altas do oeste de Kenia hai 2.000 anos. Presumiblemente, estas persoas absorberon outras poboacións que xa vivían na rexión. Dende algún tempo despois de A . D . 500 a aproximadamente A. D . 1600, parece que houbo unha serie de migracións cara ao leste e cara ao sur desde preto do monte Elgon. As migracións foron complexas, e hai teorías que compiten sobre os seus detalles.

Os nandi e os kipsigis, en resposta á expansión masai, tomaron prestados dos masai algúns dos trazos que os distinguen doutros kalenjin: dependencia económica a gran escala do pastoreo, organización militar e asaltos agresivos de gando e relixioso centralizado. -Liderado político. A familia que estableceu o cargo de orkoiyot (señor da guerra/adiviño) tanto entre os nandi como os kipsigis eran inmigrantes masai do século XIX. En 1800, tanto os Nandi como os Kipsigis estiveron expandindo a costa dos masai. Este proceso foi detido en 1905 poloimposición do dominio colonial británico.

Durante a época colonial introducíronse novos cultivos/técnicas e unha economía monetaria (os homes de Kalenjin cobraban salarios polo seu servizo militar xa desde a Primeira Guerra Mundial); comezaron as conversións ao cristianismo (Kalenjin foi o primeiro vernáculo de África oriental que tivo unha tradución da Biblia). A conciencia dunha identidade común de Kalenjin xurdiu para facilitar a acción como grupo de interese político durante e despois da Segunda Guerra Mundial; históricamente, os Nandi e Kipsigis atacaron outros Kalenjin, así como os Maasai, Gusii, Luyia e Luo. Dise que o nome "Kalenjin" deriva dunha emisora ​​de radio que usaba a miúdo a frase (que significa "eu dígoche"). Do mesmo xeito, "Sabaot" é un termo moderno usado para significar aqueles subgrupos Kalenjin que usan "Subai" como un saúdo. Nandi e Kipsigis foron os primeiros destinatarios de títulos individuais de terras (1954), con grandes posesións segundo os estándares africanos debido á súa baixa densidade de poboación historicamente. Os esquemas de desenvolvemento económico foron promovidos a medida que se achegaba a independencia (1964), e despois moitos Kalenjin de zonas máis abarrotadas reinstaláronse en granxas nas antigas Terras Brancas preto de Kitale. Os Kalenjin actuais están entre os grupos étnicos máis prósperos de Kenia. O segundo presidente de Kenia, Daniel arap Moi, é un Tugen.