Mae traddodiadau llafar holl bobloedd Nilotaidd Dwyrain Affrica yn cyfeirio at darddiad gogleddol. Mae consensws ymhlith haneswyr ac ieithyddion bod y Plains a Highland Nilotes wedi mudo o ranbarth ger ffin ddeheuol Ethiopia a Swdan ychydig cyn dechrau'r Oes Gristnogol ac ymwahanu i gymunedau ar wahân yn fuan wedi hynny. Mae Ehret (1971) yn credu bod cyn-Kalenjin a oedd eisoes yn geidwaid gwartheg ac â setiau oedran yn byw yn ucheldiroedd gorllewin Kenya 2,000 o flynyddoedd yn ôl. Yn ôl pob tebyg, roedd y bobl hyn wedi amsugno poblogaethau eraill a oedd eisoes yn byw yn y rhanbarth. O beth amser ar ôl A . D . 500 i tua A . D . 1600, ymddengys y bu cyfres o ymfudiadau tua'r dwyrain a'r de o ger Mynydd Elgon. Roedd ymfudo yn gymhleth, ac mae damcaniaethau cystadleuol am eu manylion.

Benthycodd y Nandi a Kipsigis, mewn ymateb i ehangu Maasai, rai o'r nodweddion sy'n eu gwahaniaethu oddi wrth Kalenjin eraill gan y Maasai: dibyniaeth economaidd ar raddfa fawr ar fugeilio, trefniadaeth filwrol ac ysbeilio gwartheg ymosodol, a chrefyddol ganolog. - arweinyddiaeth wleidyddol. Mewnfudwyr Maasai o'r bedwaredd ganrif ar bymtheg oedd y teulu a sefydlodd swydd orkoiyot (rhyfelwr/dewinydd) ymhlith y Nandi a Kipsigis. Erbyn 1800, roedd y Nandi a'r Kipsigis yn ehangu ar draul y Maasai. Ataliwyd y broses hon yn 1905 gan ygosod rheolaeth drefedigaethol Brydeinig.

Cyflwynwyd cnydau/technegau newydd ac economi arian parod yn ystod y cyfnod trefedigaethol (talwyd cyflogau i ddynion Kalenjin am eu gwasanaeth milwrol mor gynnar â'r Rhyfel Byd Cyntaf); dechreuodd trosiadau i Gristnogaeth (Kalenjin oedd y frodorol gyntaf o Ddwyrain Affrica i gael cyfieithiad o'r Beibl). Daeth ymwybyddiaeth o hunaniaeth Kalenjin gyffredin i'r amlwg i hwyluso gweithredu fel grŵp diddordeb gwleidyddol yn ystod ac ar ôl yr Ail Ryfel Byd - yn hanesyddol, ysbeiliodd y Nandi a Kipsigis Kalenjin eraill yn ogystal â'r Maasai, Gusii, Luyia, a Luo. Dywedir bod yr enw "Kalenjin" yn deillio o ddarlledwr radio a ddefnyddiodd yr ymadrodd yn aml (sy'n golygu "Rwy'n dweud wrthych"). Yn yr un modd, mae "Sabaot" yn derm modern a ddefnyddir i olygu'r is-grwpiau Kalenjin hynny sy'n defnyddio "Subai" fel cyfarchiad. Roedd Nandi a Kipsigis yn dderbynwyr cynnar o deitlau tir unigol (1954), gyda daliadau mawr yn ôl safonau Affricanaidd oherwydd eu dwysedd poblogaeth hanesyddol isel. Hyrwyddwyd cynlluniau datblygu economaidd wrth i annibyniaeth (1964) nesáu, ac wedi hynny ailgartrefodd llawer o Kalenjin o ardaloedd mwy gorlawn ar ffermydd yn yr hen Ucheldir Gwyn ger Kitale. Mae'r Kalenjin heddiw ymhlith y mwyaf llewyrchus o grwpiau ethnig Kenya. Mae ail arlywydd Kenya, Daniel arap Moi, yn Tugen.