Le tradizioni orali di tutti i popoli nilotici dell'Africa orientale fanno riferimento a origini settentrionali. Gli storici e i linguisti sono concordi nell'affermare che i nilotici delle pianure e degli altipiani migrarono da una regione vicina al confine meridionale dell'Etiopia e del Sudan poco prima dell'inizio dell'era cristiana e si separarono in comunità distinte poco dopo. Ehret (1971) ritiene che i nilotici pre-calenjinche già 2.000 anni fa vivevano sugli altopiani del Kenya occidentale come allevatori di bestiame e con una serie di età. Presumibilmente queste persone hanno assorbito altre popolazioni che già vivevano nella regione. Da qualche tempo dopo il 500 d.C. fino a circa il 1600 d.C., sembra che ci sia stata una serie di migrazioni verso est e verso sud dai pressi del Monte Elgon. Le migrazioni sono state complesse e ci sono teorie concorrenti.sui loro dettagli.

I Nandi e i Kipsigi, in risposta all'espansione dei Maasai, hanno mutuato da questi ultimi alcuni dei tratti che li distinguono dagli altri Kalenjin: la dipendenza economica su larga scala dalla pastorizia, l'organizzazione militare e l'aggressività nelle razzie di bestiame, la leadership politico-religiosa centralizzata. La famiglia che istituì la carica di orkoiyot (signore della guerra/divinatore) sia tra i Nandi che tra i Kipsigi erano immigrati Maasai del XIX secolo. Nel 1800, sia i Nandi che i Kipsigi si stavano espandendo a spese dei Maasai. Questo processo fu interrotto nel 1905 dall'imposizione del dominio coloniale britannico.

Durante l'epoca coloniale sono state introdotte nuove colture/tecniche e un'economia di cassa (gli uomini kalenjin venivano pagati per il loro servizio militare già durante la prima guerra mondiale); sono iniziate le conversioni al cristianesimo (il kalenjin è stato il primo vernacolo dell'Africa orientale ad avere una traduzione della Bibbia). È emersa la consapevolezza di un'identità kalenjin comune per facilitare l'azione come gruppo di interesse politico durante e dopo la guerra.Dopo la seconda guerra mondiale, i Nandi e i Kipsigi hanno storicamente compiuto razzie nei confronti di altri Kalenjin, oltre che dei Masai, dei Gusii, dei Luyia e dei Luo. Si dice che il nome "Kalenjin" derivi da un'emittente radiofonica che usava spesso questa frase (che significa "ve lo dico"). Analogamente, "Sabaot" è un termine moderno usato per indicare quei sottogruppi Kalenjin che usano "Subai" come saluto. I Nandi e i Kipsighi sono stati i primi destinatari di un'azione individualetitoli fondiari (1954), con grandi proprietà per gli standard africani a causa della loro densità di popolazione storicamente bassa. I programmi di sviluppo economico sono stati promossi con l'avvicinarsi dell'indipendenza (1964), e in seguito molti Kalenjin provenienti da aree più affollate si sono reinsediati nelle fattorie delle ex White Highlands vicino a Kitale. Oggi i Kalenjin sono tra i gruppi etnici più prosperi del Kenya. Il secondo gruppo del Kenyapresidente, Daniel arap Moi, è un Tugen.