Ang mga oral na tradisyon ng lahat ng mga Nilotic na tao ng East Africa ay tumutukoy sa hilagang pinagmulan. May pinagkasunduan ang mga historyador at linguist na ang Plains at Highland Nilotes ay lumipat mula sa isang rehiyon na malapit sa southern border ng Ethiopia at Sudan ilang sandali bago ang simula ng Christian Era at naghiwalay sa magkakahiwalay na komunidad pagkaraan nito. Naniniwala si Ehret (1971) na ang pre-Kalenjin na dati nang mga tagapag-alaga ng baka at may edad ay nanirahan sa kanlurang kabundukan ng Kenya 2,000 taon na ang nakalilipas. Malamang, ang mga taong ito ay sumisipsip ng iba pang populasyon na naninirahan na sa rehiyon. Mula sa ilang oras pagkatapos ng A . D . 500 hanggang halos A. D . Noong 1600, tila nagkaroon ng serye ng mga paglilipat sa silangan at timog mula malapit sa Mount Elgon. Ang mga migrasyon ay kumplikado, at may mga nakikipagkumpitensyang teorya tungkol sa kanilang mga detalye.

Ang Nandi at Kipsigis, bilang tugon sa pagpapalawak ng Maasai, ay hiniram mula sa Maasai ang ilan sa mga katangian na nagpapaiba sa kanila mula sa iba pang Kalenjin: malakihang pag-asa sa ekonomiya sa pagpapastol, organisasyong militar at agresibong pagsalakay ng baka, at sentralisadong relihiyon. -pamumuno sa pulitika. Ang pamilyang nagtatag ng tanggapan ng orkoiyot (warlord/manghuhula) sa mga Nandi at Kipsigis ay mga imigrante ng Maasai noong ikalabinsiyam na siglo. Pagsapit ng 1800, parehong lumawak ang Nandi at Kipsigis sa kapinsalaan ng Maasai. Ang prosesong ito ay itinigil noong 1905 ngpagpapataw ng kolonyal na paghahari ng Britanya.

Ipinakilala noong panahon ng kolonyal ang mga bagong pananim/teknikal at isang cash economy (Ang mga lalaking Kalenjin ay binayaran ng sahod para sa kanilang serbisyo militar noong Unang Digmaang Pandaigdig); nagsimula ang mga conversion sa Kristiyanismo (Kalenjin ay ang unang East African vernacular na may pagsasalin ng Bibliya). Ang kamalayan ng isang karaniwang pagkakakilanlan ng Kalenjin ay lumitaw upang mapadali ang pagkilos bilang isang grupo ng interes sa pulitika sa panahon at pagkatapos ng Ikalawang Digmaang Pandaigdig—sa kasaysayan, sinalakay ng mga Nandi at Kipsigis ang iba pang Kalenjin gayundin ang Maasai, Gusii, Luyia, at Luo. Ang pangalang "Kalenjin" ay sinasabing nagmula sa isang radio broadcaster na madalas gumamit ng parirala (ibig sabihin ay "Sinasabi ko sa iyo"). Katulad nito, ang "Sabaot" ay isang modernong terminong ginamit upang nangangahulugang ang mga subgroup ng Kalenjin na gumagamit ng "Subai" bilang pagbati. Sina Nandi at Kipsigis ay maagang tumanggap ng mga indibidwal na titulo ng lupa (1954), na may malalaking pag-aari ayon sa mga pamantayan ng Aprika dahil sa kanilang dating mababang density ng populasyon. Ang mga scheme ng pagpapaunlad ng ekonomiya ay itinaguyod habang papalapit ang kalayaan (1964), at pagkatapos ay maraming Kalenjin mula sa mas mataong lugar ang muling nanirahan sa mga sakahan sa dating White Highlands malapit sa Kitale. Ang Kalenjin ngayon ay kabilang sa pinakamaunlad sa mga pangkat etniko ng Kenya. Ang pangalawang pangulo ng Kenya, si Daniel arap Moi, ay isang Tugen.