Usmene predaje svih nilotskih naroda istočne Afrike upućuju na sjeverno podrijetlo. Postoji konsenzus među povjesničarima i lingvistima da su ravničarski i planinski Niloti migrirali iz regije blizu južne granice Etiopije i Sudana malo prije početka kršćanske ere i razdvojili se u zasebne zajednice nedugo nakon toga. Ehret (1971.) vjeruje da su prije Kalenjina, koji su već držali stoku i imali određene dobne skupine, živjeli u visoravnima zapadne Kenije prije 2000 godina. Vjerojatno su ti ljudi apsorbirali druge populacije koje su već živjele u regiji. Iz nekog vremena nakon što je A . D . 500 do oko A. D . 1600., čini se da je došlo do niza migracija prema istoku i jugu iz blizine planine Elgon. Migracije su bile složene i postoje suprotstavljene teorije o njihovim detaljima.

Nandi i Kipsigiji, kao odgovor na Maasai ekspanziju, posudili su od Maasaija neke osobine koje ih razlikuju od ostalih Kalenjina: veliku ekonomsku ovisnost o stočarstvu, vojnu organizaciju i agresivnu pljačku stoke te centraliziranu religiju -političko vodstvo. Obitelj koja je uspostavila ured orkoiyot (vojskovođa/vračar) i kod Nandija i kod Kipsigija bili su Maasai imigranti iz devetnaestog stoljeća. Do 1800. i Nandi i Kipsigiji su se širili na račun Maasaija. Taj je proces zaustavljen 1905. godinenametanje britanske kolonijalne vlasti.

Tijekom kolonijalnog doba uvedeni su novi usjevi/tehnike i gotovinska ekonomija (Kalenjin muškarcima je plaćena plaća za njihovu vojnu službu već u Prvom svjetskom ratu); počela su obraćenja na kršćanstvo (kalenjin je bio prvi istočnoafrički vernakular koji je imao prijevod Biblije). Svijest o zajedničkom identitetu Kalenjina pojavila se kako bi se olakšalo djelovanje političke interesne skupine tijekom i nakon Drugog svjetskog rata - povijesno gledano, Nandi i Kipsigiji napadali su druge Kalenjine kao i Maasaije, Gusije, Luyije i Lue. Ime "Kalenjin" navodno potječe od radijskog voditelja koji je često koristio izraz (što znači "kažem ti"). Slično tome, "Sabaot" je moderni izraz koji se koristi za označavanje onih Kalenjin podskupina koje koriste "Subai" kao pozdrav. Nandi i Kipsigis bili su rani primatelji pojedinačnih zemljišnih naslova (1954.), s velikim posjedima prema afričkim standardima zbog povijesno niske gustoće naseljenosti. Sheme ekonomskog razvoja promovirane su kako se približavala neovisnost (1964.), a nakon toga su se mnogi Kalenjini iz gušće naseljenih područja preselili na farme u nekadašnjem Bijelom gorju blizu Kitalea. Današnji Kalenjini su među najprosperitetnijim etničkim skupinama u Keniji. Drugi predsjednik Kenije, Daniel arap Moi, je Tugen.