Las tradiciones orales de todos los pueblos nilóticos de África oriental hacen referencia a orígenes septentrionales. Existe consenso entre historiadores y lingüistas en que los nilóticos de las llanuras y las tierras altas emigraron de una región cercana a la frontera meridional de Etiopía y Sudán poco antes del comienzo de la era cristiana y se separaron en comunidades distintas poco después. Ehret (1971) cree que los prekalenjinque ya eran ganaderos y tenían conjuntos de edad vivían en las tierras altas del oeste de Kenia hace 2.000 años. Presumiblemente, estas personas absorbieron a otras poblaciones que ya vivían en la región. Desde algún momento después del 500 d. C. hasta alrededor del 1600 d. C., parece que hubo una serie de migraciones hacia el este y hacia el sur desde cerca del monte Elgon. Las migraciones fueron complejas, y hay teorías que compiten entre sísobre sus datos.

Los nandi y los kipsigis, en respuesta a la expansión maasai, tomaron prestados de los maasai algunos de los rasgos que los distinguen de otros kalenjin: dependencia económica a gran escala del pastoreo, organización militar y asalto agresivo al ganado, y liderazgo religioso-político centralizado. La familia que estableció el cargo de orkoiyot (señor de la guerra/divino) entre los nandi y los kipsigis eran inmigrantes maasai del siglo XIX. Hacia 1800, tanto los nandi como los kipsigis se estaban expandiendo a expensas de los maasai, proceso que se detuvo en 1905 con la imposición del dominio colonial británico.

Durante la época colonial se introdujeron nuevos cultivos/técnicas y una economía monetaria (los hombres kalenjin recibían un salario por su servicio militar ya en la Primera Guerra Mundial); empezaron las conversiones al cristianismo (el kalenjin fue la primera lengua vernácula de África Oriental en tener una traducción de la Biblia). Surgió la conciencia de una identidad común kalenjin para facilitar la acción como grupo de interés político durante yDespués de la Segunda Guerra Mundial, los Nandi y los Kipsigis atacaron a otros Kalenjin, así como a los Maasai, Gusii, Luyia y Luo. Se dice que el nombre "Kalenjin" deriva de un locutor de radio que utilizaba a menudo la frase (que significa "te lo digo"). Del mismo modo, "Sabaot" es un término moderno utilizado para referirse a los subgrupos Kalenjin que utilizan "Subai" como saludo. Los Nandi y los Kipsigis fueron los primeros destinatarios de latítulos de propiedad (1954), con grandes posesiones para los estándares africanos debido a su baja densidad de población histórica. Se promovieron planes de desarrollo económico a medida que se acercaba la independencia (1964), y después muchos kalenjin de zonas más pobladas se reasentaron en granjas de las antiguas White Highlands, cerca de Kitale. Los kalenjin de hoy se encuentran entre los grupos étnicos más prósperos de Kenia. La segunda etnia de Keniapresidente, Daniel arap Moi, es un Tugen.