Les tradicions orals de tots els pobles nilòtics de l'Àfrica oriental fan referència als orígens del nord. Hi ha un consens entre historiadors i lingüistes que els nilotes de les planes i les terres altes van emigrar des d'una regió propera a la frontera sud d'Etiòpia i el Sudan poc abans de l'inici de l'era cristiana i van divergir en comunitats separades poc després. Ehret (1971) creu que els pre-Kalenjin que ja eren ramaders i tenien grups d'edat vivien a les terres altes de l'oest de Kenya fa 2.000 anys. Presumiblement, aquestes persones van absorbir altres poblacions que ja vivien a la regió. Des d'un temps després d'A. D . 500 a aproximadament A. D . 1600, sembla haver-hi hagut una sèrie de migracions cap a l'est i cap al sud des de prop del mont Elgon. Les migracions eren complexes i hi ha teories contraposades sobre els seus detalls.

Els Nandi i els Kipsigis, com a resposta a l'expansió dels Maasai, van prendre manllevats dels Maasai alguns dels trets que els distingeixen d'altres Kalenjin: dependència econòmica a gran escala de la ramaderia, organització militar i atacs agressius de bestiar, i religió centralitzada. -Lideratge polític. La família que va establir l'oficina d' orkoiyot (senyor de la guerra/endevinador) tant entre els nandi com els kipsigis eren immigrants massai del segle XIX. Cap al 1800, tant els Nandi com els Kipsigis s'estaven expandint a costa dels Maasai. Aquest procés va ser aturat l'any 1905 per laimposició del domini colonial britànic.

Durant l'època colonial es van introduir nous conreus/tècniques i una economia en efectiu (els homes de Kalenjin cobraven sous pel seu servei militar des de la Primera Guerra Mundial); van començar les conversions al cristianisme (Kalenjin va ser el primer vernacle d'Àfrica oriental a tenir una traducció de la Bíblia). La consciència d'una identitat Kalenjin comuna va sorgir per facilitar l'acció com a grup d'interès polític durant i després de la Segona Guerra Mundial; històricament, els Nandi i els Kipsigis van assaltar altres Kalenjin així com els Maasai, Gusii, Luyia i Luo. Es diu que el nom "Kalenjin" deriva d'una emissora de ràdio que utilitzava sovint la frase (que significa "jo t'ho dic"). De la mateixa manera, "Sabaot" és un terme modern utilitzat per significar aquells subgrups de Kalenjin que utilitzen "Subai" com a salutació. Nandi i Kipsigis van ser els primers destinataris de títols de terra individuals (1954), amb grans propietats segons els estàndards africans a causa de la seva densitat de població històricament baixa. Els esquemes de desenvolupament econòmic es van promoure a mesura que s'acostava la independència (1964), i després molts Kalenjin de zones més concorregudes es van reassentar a granges a les antigues Terres Altes Blances prop de Kitale. Els Kalenjin actuals es troben entre els grups ètnics més pròspers de Kenya. El segon president de Kenya, Daniel arap Moi, és un tugen.