Usmena predanja svih nilotskih naroda istočne Afrike odnose se na sjeverno porijeklo. Među istoričarima i lingvistima postoji konsenzus da su ravnice i planinski Niloti migrirali iz regije blizu južne granice Etiopije i Sudana neposredno prije početka kršćanske ere i razišli se u zasebne zajednice ubrzo nakon toga. Ehret (1971) vjeruje da su pre-Kalenjin, koji su već bili stočari i koji su imali starosne grupe, živjeli u planinskim područjima zapadne Kenije prije 2.000 godina. Vjerovatno su ovi ljudi apsorbirali druge populacije koje već žive u regiji. Iz nekog vremena nakon A. D . 500 do oko A. D . 1600., izgleda da je došlo do niza migracija na istok i jug iz blizu planine Elgon. Migracije su bile složene, a postoje suprotstavljene teorije o njihovim detaljima.

Nandi i Kipsigi, kao odgovor na Masai ekspanziju, posudili su od Masaija neke od osobina koje ih razlikuju od ostalih Kalenjina: veliku ekonomsku ovisnost o stočarstvu, vojnu organizaciju i agresivne napade na stoku i centraliziranu vjersku -političko vođstvo. Porodica koja je uspostavila ured orkoiyot (vojskovođa/prorok) među Nandi i Kipsigijima bili su imigranti iz devetnaestog vijeka Masai. Do 1800. i Nandi i Kipsigi su se širili na račun Masaja. Ovaj proces je zaustavljen 1905. godinenametanje britanske kolonijalne vlasti.

Uvedeni su tokom kolonijalne ere novi usevi/tehnike i gotovinska ekonomija (kalenjinci su bili plaćeni za vojnu službu još u Prvom svjetskom ratu); počeli su preobraćenja na kršćanstvo (Kalenjin je bio prvi istočnoafrički narodni jezik koji je imao prijevod Biblije). Pojavila se svijest o zajedničkom identitetu Kalenjina kako bi se olakšalo djelovanje kao političko-interesna grupa tokom i nakon Drugog svjetskog rata - historijski gledano, Nandi i Kipsigi su izvršili napad na druge Kalenjine kao i na Masaje, Gusii, Luyia i Luo. Naziv "Kalenjin" navodno potiče od radio emitera koji je često koristio frazu (što znači "Kažem ti"). Slično, "Sabaot" je moderan izraz koji se koristi za označavanje onih Kalenjin podgrupa koje koriste "Subai" kao pozdrav. Nandi i Kipsigi su bili rani primaoci individualnog vlasništva nad zemljom (1954.), sa velikim posjedima po afričkim standardima zbog njihove povijesno niske gustine naseljenosti. Šeme ekonomskog razvoja promovirane su kako se približavala nezavisnost (1964.), a nakon toga su se mnogi Kalenjini iz naseljenijih područja naselili na farme u nekadašnjoj Bijeloj visoravni u blizini Kitalea. Današnji Kalenjinci su među najprosperitetnijim etničkim grupama Kenije. Drugi predsjednik Kenije, Daniel arap Moi, je Tugen.