Nododd alldaith Coronado ym 1540 trwy ganol Mecsico ac i'r De-orllewin Americanaidd gyfoes fod Querechos, a gydnabyddir yn gyffredinol yn gyndeidiau i Apache Dwyreiniol, ar yr Estacado Llano, ardal gwastadedd helaeth yn nwyrain New Mexico, gorllewin Texas, a de-orllewin Oklahoma . Disgrifiwyd y Querechos fel rhai tal a deallus; yr oeddynt yn byw mewn pebyll, yn debyg i eiddo Arabiaid, ac yn dilyn y gyrrau buail, o ba rai yr oeddynt yn sicrhau ymborth, tanwydd, offer, dillad, a gorchuddion tipi — a'r cwbl yn cael ei gludo gan ddefnyddio cwn a'r travois. Roedd y Querechos hyn yn masnachu gyda phobloedd Puebloaidd amaethyddol. Roedd y cyswllt cychwynnol yn heddychlon, ond erbyn canol yr ail ganrif ar bymtheg roedd rhyfel llwyr rhwng y Sbaenwyr a'r Apache. Yn ystod yr ail ganrif ar bymtheg, roedd goruchafiaeth Sbaen yn y De-orllewin yn cael ei gorfodi gyda galwadau amhosibl yn aml ar y Pueblos a oedd, yn eu tro, yn cael eu hunain yn destun cyrchoedd Apache pan nadawodd ecsbloetio Sbaen ddim i'w fasnachu. Ar yr un pryd, roedd yr holl bobl frodorol yn cael eu dinistrio gan glefydau nad oedd ganddyn nhw imiwnedd ar eu cyfer. Roedd pwysau hefyd gan yr Ute a'r Comanche a oedd yn symud tua'r de i'r ardal a oedd gynt yn eiddo i Apache. Mae tystiolaeth ddogfennol yn awgrymu bod y Sbaenwyr yn arfogi Comanche i gynorthwyo yn eu hymdrechion aflwyddiannus i ddarostwng a rheoli'r Apache.

Cododd y Mescalero geffylau yn gyflymgan y Sbaenwyr, gan wneud eu hela, masnachu, ac ysbeilio yn anfeidrol haws. Fe wnaethon nhw hefyd fenthyg yr arfer Sbaenaidd o fasnachu caethweision ac felly rhoddodd arf i'r Sbaenwyr ei ddefnyddio yn eu herbyn gan fod gwladychwyr Sbaen, wrth gymryd caethweision o gaethion Apache, wedi codi ofn yn y Pueblos mai nhw fyddai'r caethweision nesaf yr oedd yr Apache yn eu ceisio. Yn wir, dechreuodd yr Apache ddibynnu llai ar fasnach gyda Pueblos a mwy ar gyrchoedd yn erbyn gwladychwyr Sbaenaidd.

Er gwaethaf polisi Sbaen o osod llwythau yn erbyn ei gilydd, ymunodd yr olaf â'i gilydd ym 1680 yn y Gwrthryfel Pueblo a symud y Sbaenwyr o New Mexico yn llwyddiannus. Dychwelodd llawer o bobl Puebloa, a oedd wedi ffoi o'r Sbaenwyr trwy fynd i fyw gydag Apache a Navajo, adref ac mae'n ymddangos bod y patrwm hŷn o hela Plains a masnachu Puebloan wedi'i ailsefydlu. Ym 1692 dychwelodd y gwladychwyr a chyflymodd y rhyfel yn erbyn Apache.

Ysgrifennwyd hanes y ddeunawfed ganrif a dechrau'r bedwaredd ganrif ar bymtheg mewn gwaed ac addewidion toredig. Yr oedd brad yn rhemp ac nid oedd cytundebau heddwch yn werth yr inc angenrheidiol i'w hysgrifennu. Cyfeiriwyd yn rheolaidd at Mescalero fel "y gelyn, cenhedloedd, Apache" a chawsant y bai am bron bob trychineb a ddigwyddodd i wladychwyr Sbaenaidd. Roedd gwir effaith Sbaen yn fach iawn ac nid oedd Mecsico eto'n wlad annibynnol. Ymddiriedwyd ffin ogleddol New Spain i ychydig o filwyr offortiwn, milwrol a hyfforddwyd yn annigonol, masnachwyr mercenary, setiau cenfigennus o genhadon Catholig, a sifiliaid dewr yn ceisio ennill bywoliaeth o dir anfaddeugar. Ynghanol hyn, mynnai Rhaglywiaid Sbaen drin yr Apache fel grŵp unedig o bobl pan oeddent i raddau helaeth yn sawl band, pob un dan reolaeth enwol prifathro; cytundeb a lofnodwyd â phennaeth o'r fath yn rhwymo neb i heddwch, er gwaethaf dymuniadau Sbaen i'r gwrthwyneb.

Ym 1821 daeth Mecsico yn annibynnol ar Sbaen ac Etifeddodd y broblem Apache - o leiaf am ychydig ddegawdau. Cyrhaeddodd caethwasiaeth, ar ran pob plaid, a pheonage dyled ei anterth yn ystod y cyfnod hwn. Erbyn 1846, roedd y Gen. Stephen Watts Kearney wedi cymryd rheolaeth o rannau mwyaf gogleddol ffin Mecsico a sefydlu pencadlys yn Fort Marcy yn Santa Fe, New Mexico. Fe wnaeth Cytundeb Guadelupe Hidalgo ym 1848 ildio'n ffurfiol rannau helaeth o'r hyn sydd bellach yn Dde-orllewin America i'r Unol Daleithiau ac ychwanegwyd mwy ym 1853 gyda Phryniant Gadsden, gan drosglwyddo "problem Apache" i'r Unol Daleithiau. Roedd cytundeb 1848 yn gwarantu amddiffyniad i wladychwyr rhag Indiaid, y Mescalero; doedd dim sôn am hawliau India. Ym 1867, diddymodd y Gyngres beonage yn New Mexico, a daeth Cyd-benderfyniad 1868 (65) i ben o'r diwedd caethiwed a chaethwasiaeth. Arhosodd problem Apache, fodd bynnag.

Roedd Mescalero wedi bodwedi eu talgrynnu (yn fynych) a'u cynnal (yn anaml) yn y Bosque Redondo o Fort Sumner, New Mexico, er 1865, er bod asiantau'r fyddin a oedd yn gofalu amdanynt yn cwyno'n barhaus eu bod yn dod ac yn mynd yn ddychrynllyd. Cyfunodd pedair canrif o wrthdaro a dirywio bron yn gyson gan afiechyd ynghyd â cholli’r sylfaen tir a oedd wedi’u cynnal i gyd i leihau’r Mescalero i ychydig druenus erbyn sefydlu eu harcheb.

Roedd diwedd y 1870au trwy arddegau’r ugeinfed ganrif yn gyfnod arbennig o anodd, oherwydd diffyg bwyd, cysgod a dillad. Er gwaethaf eu dioddefaint eu hunain, maent yn derbyn eu "perthnasau," yn gyntaf y Lipan ac yn ddiweddarach y Chiricahua, i'w cadw. Erbyn y 1920au roedd gwelliant bach ond sylweddol yn safon byw, er nad yw ymdrechion i wneud ffermwyr Mescalero erioed wedi llwyddo. Canfu Deddf Ad-drefnu India 1934 fod y Mescalero yn awyddus ac yn gallu cymryd rheolaeth dros eu bywydau eu hunain, brwydr y maent yn dal i'w thalu trwy'r llysoedd heddiw ar faterion defnydd tir, hawliau dŵr, awdurdodaeth gyfreithiol, a wardiaeth. Er bod maes y frwydr dros oroesi wedi symud o gefn ceffyl i awyren Tribal sy'n teithio'n aml i Washington, mae'r Apache yn dal i fod yn elynion aruthrol.