A expedición de Coronado en 1540 polo centro de México e cara ao suroeste americano contemporáneo observou que había querechos, xeralmente recoñecidos como ancestrales dos apaches orientales, no Llano Estacado, unha vasta área de chairas do leste de Novo México, o oeste de Texas e o suroeste de Oklahoma. . Os Querechos foron descritos como altos e intelixentes; vivían en tendas de campaña, que se dicían como as dos árabes, e seguían os rabaños de bisontes, dos que procuraban comida, combustible, apeiros, roupa e fundas de tipis, todo o que se transportaba con cans e travois. Estes querechos comerciaban con pobos agrícolas pobos. O contacto inicial foi pacífico, pero a mediados do século XVII houbo unha guerra total entre os españois e os apaches. Durante o século XVII, a soberanía española no suroeste impúxose con demandas moitas veces imposibles sobre os pobos que, á súa vez, se atopaban sometidos ás incursións dos apacheos cando a explotación española non deixaba nada para comerciar. Ao mesmo tempo, todos os nativos estaban sendo diezmados por enfermidades para as que non tiñan inmunidade. Tamén houbo presión dos ute e dos comanches que se desprazaban cara ao sur cara á zona que antes tiña Apache. A evidencia documental suxire que os españois estaban armando a Comanche para axudarlles aos seus esforzos infructuosos para someter e controlar aos apaches.

O Mescalero colleu axiña cabalosdos españois, facilitando infinitamente a súa caza, comercio e asalto. Tamén tomaron prestada a práctica española do comercio de escravos e así déronlles aos españois unha arma para usar contra eles, xa que os colonos españois, mentres tomaban escravos dos cativos apaches, suscitaron o temor nos Pueblos de que fosen os próximos escravos que buscaban os apaches. De feito, os apaches comezaron a depender menos do comercio con Pueblos e máis das incursións contra os colonos españois.

A pesar da política española de enfrontar as tribos unhas contra outras, estas últimas uníronse en 1680 na Revolta dos Pobos e sacaron con éxito aos españois de Novo México. Moitos pobos, que fuxiran dos españois indo vivir con apaches e navajos, volveron a casa e parece que se restableceu o patrón máis antigo de caza das chairas e comercio de pobos. En 1692 os colonos regresaron e o ritmo da guerra con Apache acelerouse.

A historia do século XVIII e principios do XIX foi escrita con sangue e promesas incumpridas. A traizón era desenfreada e os tratados de paz non valían a tinta necesaria para escribilos. Os mescaleros eran habitualmente referidos como "o inimigo, o pagán, o apache" e foron culpados de practicamente todos os desastres que sufriron os colonos españois. O efecto real de España foi mínimo e México aínda non era un país independente. A fronteira norte de Nova España foi confiada a uns poucos soldados defortuna, uns militares inadecuadamente abastecidos e adestrados, comerciantes mercenarios, celosos grupos de misioneiros católicos e intrépidos civís que intentan vivir dunha terra implacable. No medio disto, os rexedores españois insistiron en tratar aos apaches como un grupo unificado de persoas cando eran varias bandas, cada unha baixo o control nominal dun xefe; un tratado asinado con tal xefe non vinculaba a ninguén á paz, malia os desexos españois en contrario.

En 1821 México independizouse de España e herdou o problema Apache, polo menos durante un par de décadas. A escravitude, por parte de todos os partidos, e a peonaxe por débeda acadaron o seu cénit durante este período. En 1846, o xeneral Stephen Watts Kearney tomara o control das partes máis ao norte da fronteira mexicana e estableceu a sede en Fort Marcy en Santa Fe, Novo México. O Tratado de Guadalupe Hidalgo en 1848 cedeu formalmente grandes porcións do que hoxe é o suroeste americano aos Estados Unidos e en 1853 engadíronse máis coa compra de Gadsden, trasladando "o problema Apache" aos Estados Unidos. O tratado de 1848 garantiu aos colonos a protección dos indios, os Mescalero; non se facía mención aos dereitos dos indios. O Congreso, en 1867, aboliu a peonaxe en Novo México, e unha Resolución Conxunta de 1868 (65) acabou finalmente coa servidume e a escravitude. Con todo, o problema de Apache permaneceu.

Mescalero forareunidos (con frecuencia) e detidos (poucas veces) no Bosque Redondo de Fort Sumner, Novo México, desde 1865, aínda que os axentes do exército ao seu cargo se queixaban continuamente de que ían e viñan con alarmante frecuencia. Catro séculos de conflitos case constantes e de dezamento por enfermidades xunto coa perda da base terrestre que os sustentara todos uníronse para reducir aos Mescalero a uns poucos lamentables cando se estableceu a súa reserva.

A finais da década de 1870 ata a adolescencia do século XX foi un momento especialmente difícil, debido á inadecuada comida, abrigo e roupa. Malia o seu propio sufrimento, aceptaron aos seus "parentes", primeiro os Lipan e despois os Chiricahua, na súa reserva. Na década de 1920 produciuse unha pequena pero significativa mellora no nivel de vida, aínda que os intentos de facer labregos mescaleros nunca conseguiron. A Lei de reorganización india de 1934 atopou aos Mescalero ansiosos e plenamente capaces de asumir o control das súas propias vidas, unha loita que aínda hoxe libran a través dos tribunais en cuestións de uso da terra, dereitos de auga, xurisdición legal e tutela. Aínda que o escenario da loita pola supervivencia pasou de cabalo a un avión tribal que realiza frecuentes viaxes a Washington, os apaches seguen sendo inimigos formidables.