Wyprawa Coronado z 1540 r. przez środkowy Meksyk i współczesny południowy zachód Ameryki odnotowała, że na Llano Estacado, rozległym równinnym obszarze wschodniego Nowego Meksyku, zachodniego Teksasu i południowo-zachodniej Oklahomy, żyli Querechos, powszechnie uznawani za przodków Apaczów Wschodnich. Querechos byli opisywani jako wysocy i inteligentni; żyli w namiotach, o których mówiono, że są podobne do tych zArabowie i podążali za stadami bizonów, z których pozyskiwali żywność, paliwo, narzędzia, odzież i okrycia tipi - wszystko to było transportowane za pomocą psów i travois. Querechos handlowali z rolniczymi ludami Puebloan. Początkowo kontakty były pokojowe, ale w połowie XVII wieku doszło do wojny między Hiszpanami a Apaczami. W XVII wieku hiszpańska suzerennośćna południowym zachodzie była egzekwowana z często niemożliwymi do spełnienia wymaganiami wobec Pueblos, którzy z kolei stali się przedmiotem najazdów Apaczów, gdy hiszpańska eksploatacja nie pozostawiła nic do handlu. W tym samym czasie wszyscy rdzenni mieszkańcy byli dziesiątkowani przez choroby, na które nie mieli odporności. Istniała również presja ze strony Ute i Comanche, którzy przemieszczali się na południe na obszar wcześniej zajmowany przezDokumenty sugerują, że Hiszpanie uzbrajali Komanczów, aby pomóc im w nieudanych próbach ujarzmienia i kontrolowania Apaczów.

Mescalero szybko przejęli konie od Hiszpanów, co znacznie ułatwiło im polowanie, handel i najazdy. Zapożyczyli również hiszpańską praktykę handlu niewolnikami, dając Hiszpanom broń do wykorzystania przeciwko nim, ponieważ hiszpańscy koloniści, biorąc niewolników od jeńców Apaczów, wzbudzili w Pueblos strach, że będą kolejnymi niewolnikami, których Apacze będą poszukiwać. W rzeczywistościApacze zaczęli mniej polegać na handlu z Pueblos, a bardziej na najazdach na hiszpańskich kolonistów.

Pomimo hiszpańskiej polityki nastawiania plemion przeciwko sobie, te ostatnie połączyły się w 1680 r. w rewolcie Pueblo i z powodzeniem usunęły Hiszpanów z Nowego Meksyku. Wielu Pueblo, którzy uciekli przed Hiszpanami, udając się do Apaczów i Navajo, wróciło do domu i wydaje się, że przywrócono starszy wzorzec polowań na równinach i handlu Pueblo. W 1692 r. powrócili koloniści, którzy w 1692 r. wrócili do Nowego Meksyku.tempo wojny z Apaczami przyspieszyło.

Historia XVIII i początku XIX wieku była pisana krwią i złamanymi obietnicami. Zdrada była powszechna, a traktaty pokojowe nie były warte atramentu potrzebnego do ich napisania. Mescalero byli rutynowo nazywani "wrogami, poganami, Apaczami" i byli obwiniani za praktycznie każde nieszczęście, które spotkało hiszpańskich kolonistów. Rzeczywisty wpływ Hiszpanii był minimalny, a Meksyk nie był jeszcze w pełni rozwinięty.Północna granica Nowej Hiszpanii została powierzona kilku żołnierzom fortuny, nieodpowiednio zaopatrzonemu i wyszkolonemu wojsku, najemnym handlarzom, zazdrosnym grupom katolickich misjonarzy i nieustraszonym cywilom próbującym wywalczyć sobie życie na bezlitosnej ziemi. W środku tego hiszpańscy regenci nalegali na traktowanie Apaczów jako jednolitej grupy ludzi, podczas gdy byli oni bardzo zróżnicowani.wiele grup, każda pod nominalną kontrolą wodza; traktat podpisany z takim wodzem nie zobowiązywał nikogo do pokoju, pomimo hiszpańskich życzeń, by było inaczej.

W 1821 r. Meksyk uniezależnił się od Hiszpanii i odziedziczył problem Apaczów - przynajmniej na kilka dziesięcioleci. Niewolnictwo, ze strony wszystkich stron, a także niewolnictwo za długi osiągnęły w tym okresie swój zenit. Do 1846 r. gen. Stephen Watts Kearney przejął kontrolę nad najbardziej wysuniętymi na północ częściami meksykańskiej granicy i założył kwaterę główną w Forcie Marcy w Santa Fe w Nowym Meksyku. Traktat z 1846 r. został podpisany w Santa Fe w Nowym Meksyku.Guadelupe Hidalgo w 1848 r. formalnie scedował na rzecz Stanów Zjednoczonych duże części dzisiejszego Południowego Zachodu, a w 1853 r. dodano do nich jeszcze więcej poprzez Zakup Gadsdena, przenosząc "problem Apaczów" na Stany Zjednoczone. Traktat z 1848 r. gwarantował kolonistom ochronę przed Indianami, Mescalero; nie było w nim żadnej wzmianki o prawach Indian.Wspólna Rezolucja z 1868 r. (65) ostatecznie położyła kres niewolnictwu. Problem Apaczów jednak pozostał.

Mescalero byli łapani (często) i przetrzymywani (rzadko) w Bosque Redondo w Forcie Sumner w Nowym Meksyku od 1865 roku, chociaż agenci wojskowi odpowiedzialni za nich nieustannie narzekali, że przychodzą i odchodzą z niepokojącą częstotliwością. Cztery wieki niemal ciągłego konfliktu i dziesiątkowania przez choroby wraz z utratą bazy lądowej, która ich utrzymywała, połączyły się w celu zmniejszenia ich liczebności.Mescalero do żałosnej garstki do czasu ustanowienia ich rezerwatu.

XX wieku był szczególnie trudnym okresem z powodu niewystarczającej ilości żywności, schronienia i odzieży. Pomimo własnego cierpienia, przyjęli swoich "krewnych", najpierw Lipan, a później Chiricahua, do swojego rezerwatu. W latach dwudziestych XX wieku nastąpiła niewielka, ale znacząca poprawa standardu życia, chociaż próby uczynienia MescaleroUstawa o reorganizacji Indian z 1934 r. wykazała, że Mescalero są chętni i w pełni zdolni do przejęcia kontroli nad własnym życiem, a walka, którą do dziś toczą w sądach w kwestiach użytkowania gruntów, praw do wody, jurysdykcji prawnej i zarządzania. Chociaż arena walki o przetrwanie przeniosła się z koni do samolotu plemiennego, który często podróżuje do Waszyngtonu, to jednak nie jest to jedyny sposób na przetrwanie.Apacze to wciąż potężni przeciwnicy.