Coronados ekspedition i 1540 gennem det centrale Mexico og ind i det moderne amerikanske sydvest bemærkede, at der var Querechos, der generelt anerkendes at være forfædre til østlige Apache, på Llano Estacado, et stort sletterområde i det østlige New Mexico, vestlige Texas og sydvestlige Oklahoma. Querechos blev beskrevet som høje og intelligente; de boede i telte, der siges at være ligesom dem fraArabere, og fulgte bisonflokkene, hvorfra de fik mad, brændstof, redskaber, tøj og tipi-betræk - alt sammen noget, der blev transporteret ved hjælp af hunde og travois. Disse Querechos handlede med Pueblo-folket, der drev landbrug. Den første kontakt var fredelig, men i midten af det syttende århundrede var der total krig mellem spanierne og apacherne. I løbet af det syttende århundrede blev det spanske overherredømmei Sydvesten blev håndhævet med ofte umulige krav til Puebloerne, der til gengæld blev udsat for Apacheangreb, når den spanske udnyttelse ikke efterlod noget at handle med. Samtidig blev alle indfødte decimeret af sygdomme, som de ikke var immune over for. Der var også pres fra Ute og Comanche, der bevægede sig sydpå ind i det område, der tidligere blev holdt afDokumentarisk bevismateriale tyder på, at spanierne bevæbnede comancherne for at hjælpe dem i deres mislykkede forsøg på at underkue og kontrollere apacherne.

Mescalero fik hurtigt heste fra spanierne, hvilket gjorde deres jagt, handel og plyndringstogter uendeligt meget lettere. De lånte også spaniernes praksis med slavehandel og gav dermed spanierne et våben at bruge mod dem, idet de spanske kolonister, mens de tog slaver fra apache-fanger, skabte frygt i Pueblos for, at de ville blive de næste slaver, som apacherne søgte. Faktisk varApacherne begyndte at forlade sig mindre på handel med pueblos og mere på togter mod spanske kolonister.

På trods af den spanske politik med at sætte stammerne op mod hinanden, sluttede de sig sammen i 1680 i Pueblo-oprøret og fjernede spanierne fra New Mexico. Mange Pueblo-folk, der var flygtet fra spanierne ved at bo hos Apache og Navajo, vendte hjem, og det ser ud til, at det gamle mønster med jagt på sletterne og handel med Pueblo blev genindført. I 1692 vendte kolonisterne tilbage ogblev tempoet i krigen mod Apache sat op.

Det 18. og tidlige 19. århundredes historie blev skrevet i blod og brudte løfter. Forræderi var udbredt, og fredsaftaler var ikke det blæk værd, der var nødvendigt for at skrive dem. Mescalero blev rutinemæssigt omtalt som "fjenden, hedningen, apachen" og fik skylden for praktisk talt enhver katastrofe, der ramte de spanske kolonister. Den reelle effekt af Spanien var minimal, og Mexico var endnu ikkeDen nordlige grænse af Ny Spanien blev overladt til nogle få lykkeriddere, et utilstrækkeligt forsynet og trænet militær, lejesoldater, jaloux katolske missionærer og frygtløse civile, der forsøgte at tilkæmpe sig et levebrød fra et ubarmhjertigt land. Midt i dette insisterede de spanske regenter på at behandle apacherne som en samlet gruppe mennesker, selv om de var meget forskellige.Mange af banderne var under nominel kontrol af en overhoved; en traktat underskrevet med en sådan overhoved bandt ingen til fred, på trods af spanske ønsker om det modsatte.

I 1821 blev Mexico uafhængigt af Spanien og arvede apacheproblemet - i det mindste i et par årtier. Slaveri, fra alle parters side, og gældsstiftelse nåede sit højdepunkt i denne periode. I 1846 havde general Stephen Watts Kearney taget kontrol over de nordligste dele af den mexicanske grænse og etableret hovedkvarter på Fort Marcy i Santa Fe, New Mexico. Traktaten omGuadelupe Hidalgo overdrog i 1848 formelt store dele af det, der nu er det amerikanske sydvest, til USA, og mere blev tilføjet i 1853 med Gadsden-købet, der overførte "Apache-problemet" til USA. 1848-traktaten garanterede kolonisterne beskyttelse mod indianere, Mescalero; der var ingen omtale af indianske rettigheder. Kongressen afskaffede i 1867 bondefangeri i New Mexico, og et1868 Joint Resolution (65) gjorde endeligt en ende på trældom og slaveri. Apache-problemet var der dog stadig.

Mescalero var blevet samlet (ofte) og holdt (sjældent) i Bosque Redondo i Fort Sumner, New Mexico, siden 1865, selvom hærens agenter, der havde ansvaret for dem, konstant klagede over, at de kom og gik med alarmerende hyppighed. Fire århundreder med næsten konstant konflikt og decimering af sygdomme sammen med tabet af den jordbase, der havde opretholdt dem, kombinerede alt sammen for at reducere deMescalero til et ynkeligt fåtal, da deres reservat blev oprettet.

De sene 1870'ere til teenageårene i det 20. århundrede var en særlig vanskelig tid på grund af utilstrækkelig mad, husly og tøj. På trods af deres egne lidelser accepterede de deres "slægtninge", først Lipan og senere Chiricahua, i deres reservat. I 1920'erne var der en lille, men betydelig forbedring i levestandarden, selvom forsøg på at gøre MescaleroMed 1934 Indian Reorganization Act blev Mescalero-indianerne ivrige efter og fuldt ud i stand til at tage kontrol over deres eget liv, en kamp de stadig fører ved domstolene i dag i spørgsmål om brug af jord, vandrettigheder, juridisk jurisdiktion og værgemål. Selvom arenaen for kampen for overlevelse er flyttet fra hesteryg til et stammefly, der foretager hyppige ture til Washington, harApacherne er stadig formidable fjender.