Coronado'nun 1540 yılında Orta Meksika'dan geçerek günümüz Amerika'sının güneybatısına yaptığı keşif gezisinde, doğu New Mexico, batı Teksas ve güneybatı Oklahoma'da geniş bir düzlük alan olan Llano Estacado'da, genellikle Doğu Apaçilerinin ataları olduğu kabul edilen Querecho'ların yaşadığı kaydedilmiştir.Araplar ve bizon sürülerini takip ederek yiyecek, yakacak, alet, giyecek ve çadır örtüsü elde ettiler; bunların hepsini köpekler ve travois kullanarak taşıdılar. Bu Querecholar tarımsal Puebloan halklarıyla ticaret yaptılar. İlk temaslar barışçıldı, ancak on yedinci yüzyılın ortalarında İspanyollar ve Apaçiler arasında topyekün savaş vardı. On yedinci yüzyıl boyunca İspanyol hükümdarlığıGüneybatı'da İspanyol sömürüsü ticaret yapacak bir şey bırakmadığında kendilerini Apaçi baskınlarına maruz kalmış bulan Pueblolar üzerinde genellikle imkansız taleplerle zorlanıyordu. Aynı zamanda, tüm yerli halklar bağışıklıkları olmayan hastalıklar tarafından yok ediliyordu. Ayrıca, daha önce Ute ve Comanche tarafından tutulan bölgeye güneye doğru ilerleyen Ute ve Comanche'nin baskısı da vardı.Belgesel kanıtlar, İspanyolların Apaçileri bastırma ve kontrol altına alma konusundaki başarısız çabalarına yardımcı olmak için Komançileri silahlandırdıklarını göstermektedir.

Mescalerolar İspanyollardan çabucak atlar alarak avlanmalarını, ticaret yapmalarını ve baskın yapmalarını son derece kolaylaştırdılar. Ayrıca İspanyolların köle ticareti uygulamasını ödünç aldılar ve böylece İspanyollara kendilerine karşı kullanabilecekleri bir silah verdiler, çünkü İspanyol sömürgeciler Apaçi esirlerden köleler alırken Pueblolarda Apaçilerin aradığı bir sonraki kölelerin kendileri olacağı korkusunu uyandırdılar.Apaçiler Pueblolarla ticaretten çok İspanyol sömürgecilere karşı baskınlara bel bağlamaya başladı.

İspanyolların kabileleri birbirine düşürme politikasına rağmen, kabileler 1680'de Pueblo İsyanı'nda bir araya geldi ve İspanyolları New Mexico'dan başarıyla çıkardı. Apaçi ve Navajolarla yaşamaya giderek İspanyollardan kaçan birçok Pueblo halkı evlerine döndü ve eski Ova avcılığı ve Pueblo ticareti modeli yeniden kurulmuş gibi görünüyor. 1692'de sömürgeciler geri döndü veApaçi ile savaşın hızı arttı.

On sekizinci yüzyılın ve on dokuzuncu yüzyılın başlarının tarihi kanla ve tutulmayan sözlerle yazıldı. İhanet yaygındı ve barış anlaşmaları onları yazmak için gerekli mürekkebe değmezdi. Mescalero'dan rutin olarak "düşman, dinsiz, Apaçi" olarak bahsedilir ve İspanyol sömürgecilerin başına gelen hemen hemen her felaketten sorumlu tutulurdu. İspanya'nın gerçek etkisi çok azdı ve Meksika henüzYeni İspanya'nın kuzey sınırı birkaç servet askerine, yetersiz tedarik ve eğitimli bir orduya, paralı tüccarlara, kıskanç Katolik misyoner gruplarına ve affetmeyen topraklardan geçimini sağlamaya çalışan cesur sivillere emanet edilmişti. Tüm bunlar olurken, İspanyol Vekiller Apaçilere birleşik bir halk olarak davranmakta ısrar ediyorlardı.Her biri bir reisin nominal kontrolü altında olan çok sayıda grup; böyle bir reisle imzalanan bir antlaşma, İspanyolların aksi yöndeki isteklerine rağmen kimseyi barışa bağlamadı.

1821'de Meksika İspanya'dan bağımsızlığını kazandı ve Apaçi sorununu -en azından birkaç on yıllığına- devraldı. Tüm taraflar açısından kölelik ve borç köleliği bu dönemde zirveye ulaştı. 1846'da General Stephen Watts Kearney Meksika sınırının en kuzey kısımlarının kontrolünü ele geçirdi ve Santa Fe, New Mexico'daki Fort Marcy'de karargah kurdu.Guadelupe Hidalgo 1848'de bugün Amerika'nın güneybatısında kalan toprakların büyük bölümünü resmen ABD'ye bıraktı. 1853'te Gadsden Purchase ile bu topraklara yenileri eklendi ve "Apaçi sorunu" ABD'ye devredildi. 1848 anlaşması sömürgecilere Mescalero Kızılderililerinden korunma garantisi veriyordu; Kızılderili haklarından söz edilmiyordu. 1867'de Kongre New Mexico'da köylülüğü kaldırdı ve1868 Ortak Kararı (65) sonunda esaret ve kölelik sona erdi. Ancak Apaçi sorunu devam etti.

Mescalerolar 1865'ten beri (sık sık) toplanıp New Mexico, Fort Sumner'daki Bosque Redondo'da (seyrek olarak) tutuluyorlardı, ancak onlardan sorumlu ordu ajanları sürekli olarak endişe verici sıklıkta gelip gittiklerinden şikayet ediyorlardı. Dört yüzyıl boyunca neredeyse sürekli çatışma ve hastalıklar nedeniyle yok olma ve onları ayakta tutan toprak tabanının kaybı birleşerekMescalerolar, rezervasyonlarının kurulduğu zaman acınacak bir azınlığa düştüler.

1870'lerin sonlarından yirminci yüzyılın ilk yıllarına kadar olan dönem, yetersiz yiyecek, barınak ve giyecek nedeniyle özellikle zor bir dönemdi. Kendi acılarına rağmen, önce Lipan ve daha sonra Chiricahua olan "akrabalarını" rezervasyonlarına kabul ettiler. 1920'lere gelindiğinde yaşam standartlarında küçük ama önemli bir iyileşme olmasına rağmen, Mescalero'yuÇiftçiler hiçbir zaman başarılı olamadılar. 1934 Kızılderili Yeniden Yapılanma Yasası, Mescalero'yu kendi yaşamları üzerinde kontrol sahibi olmaya istekli ve tam olarak muktedir buldu; bugün hala arazi kullanımı, su hakları, yasal yargı yetkisi ve vesayet konularında mahkemeler aracılığıyla yürüttükleri bir mücadele. Hayatta kalma mücadelesinin arenası at sırtından Washington'a sık sık seyahat eden bir Kabile uçağına taşınmış olsa daApaçiler hala zorlu düşmanlar.